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文章 IF=4.8 | 不同耐旱性小麦品种在干旱胁迫下的转录组代谢组联合分析

... seedlings with varying drought tolerance” 的转录组 - 代谢组联合分析文章。” 01 — 研究背景 小麦（Triticum aestivum L.）是全球最重要的粮食作物之一，但在其生长周期中常遭受干旱胁迫，严重威胁产量与品质及全球粮食安全。尽...

文章 linux使用ossutil下载阿里云数据

...ssutil软件，但数据量很大的时候例如100G+，用windows软件下载就太慢了。 这个软件也提供了Linux版，使用它在Linux上下载阿里云数据非常方便， 一、软件下载 软件下载地址：安装ossutil (aliyun.com) 如果有sudo权限，还可以使用以下...

问题 TB-tools打不开

老师，我从《组学大讲堂——基因家族分析》下载的TB-tools打开后不现实全部界面，应该怎么办呢？电脑也装了java了。  

文章 胃癌预后signature数据挖掘-自噬基因

...抵抗中起着至关重要的作用。然而，很少在胃癌（GC）中分析自噬相关基因（ARG）。本研究的目的是使用生物信息学分析来分析 GC 中的 ARG，筛选 GC 患者与胃癌相关的预后biomarker。 文章： Front Genet (IF: 3.258; Q1). 2021 Feb22;12:615834...

文章 群体遗传进化与GWAS分析动植物文献

...  数据过滤:maf 0.05NG-日本2016年水稻开花相关基因性状GWAS分析·        文章:Genome-wide association study using whole-genome sequencing rapidly identifies new genes influencing agronomic traits in rice·        基础数据:176japonica,5.8X,383g,426k snp,67k indelN...

问题 结构变异注释结果文件为空

老师，您好，我在进行结构变异分析的注释这一步后，发现输出的文件都是空的，前面的代码跑出来也没有问题，不知道是什么原因造成的。我的VCF文件中只有插入和缺失数据，见下图。

文章 转录本组装软件StringTie的使用说明

...B | -b <dir_path>}   选项:     --version : 输出软件的版本信息     -G 参考序列的基因注释文件 (GTF/GFF3)     -l 输出转录本的名称前缀 (default: STRG)     -f 最少转录本的比例 (default: 0.1)     -m 组装转录本的最小长度 (default:...

文章 R 包 osqp安装报错

...orrectly. ERROR: configuration failed for package ‘osqp’ 解决版本，降低版本： wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/osqp/osqp_0.6.0.7.tar.gzR CMD INSTALL osqp_0.6.0.7.tar.gz

文章 BSA分析之MutMap分析原理详解！

BSA分析原理 BSA（分离体分组混合分析法或混合分组分析法，又称 集团分离分析法，Bulked Segregant Analysis）分析法首次由Michlmore等提出并成功地在莴苣中筛选出与目的基因相连锁的标记。该方法首先从一对具有目标基因的表型差...

问题 WGCNA分析生成的单个模块txt文件非常大，请问老师有没有什么好的方法能打开？以及找到的如下代码如何使用？谢谢

找到了一种R的方法，不知道对不对，如果不对，老师是否有代码能够打开或者拆分大的txt文件？大概5G 这段代码，有个问题，就是filename这里是否要改成自己的文件名？eachfile_lines_num这里呢？就这样放着，还是改成一个数值？ ...

文章 SNP分析中由于基因组序列过长导致报错解决方法

SNP分析过程中，由于基因组序列长度过长，会导致GATK软件报错。如下所以： Exception in thread "main" htsjdk.samtools.SAMException: Exception when processing alignment for BAM index A00253:355:H75GLDSX2:2:1334:20989:8625 1/2 150b aligned read.        at htsjdk.samtoo...

文章 你懂荧光定量PCR吗？要点一二三帮你解惑

...过内参或者外参法对待测样品中的特定基因序列进行定量分析的方法。 Q-PCR三个重要指标1 扩增及溶解曲线 扩增曲线是PCR过程中，以循环数为横坐标，以荧光强度为纵坐标所绘制的曲线。主要用于反映Q-PCR的动态进程。 溶解...

文章 你懂荧光定量PCR吗？要点一二三帮你解惑

...过内参或者外参法对待测样品中的特定基因序列进行定量分析的方法。 Q-PCR三个重要指标 1 扩增及溶解曲线 扩增曲线是PCR过程中，以循环数为横坐标，以荧光强度为纵坐标所绘制的曲线。主要用于反映Q-PCR的动态进程。 ...

问题 monocle2是不能用了吗?

官网上已经显示不能用了 但是已经下载好的旧版本是不是也用不了了TAT linux上的r语言也用不了了

文章 如何将GEO芯片注释文件整理成GSEA能使用的芯片注释文件？

在作GSEA分析时，有时候我们会使用GEO数据库中的芯片数据，使用芯片数据分析就必须要有芯片注释文件，下面就跟大家分享如何将GEO数据库中的注释文件整理成GSEA软件可以使用的芯片注释文件。 下图是GSEA分析需要的芯片注释...