文章 uniref50 数据库下载及格式化

#wget -c https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/uniref/uniref50/uniref50.fasta.gz wget -c https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/uniref/uniref90/uniref90.fasta.gz #wget -c https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/uniref/uniref100/uniref100.fasta.gz #gunzip *gz #wget https://...

文章 ggplot2 笛卡尔坐标系x、y轴互换

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

问题 单细胞测序数据分析时，修改seurat对象的Idents，并添加细胞类型信息到metadata中，并增加mycelltype列时，增加不上

单细胞测序数据分析时，修改seurat对象的Idents，并添加细胞类型信息到metadata中，并增加mycelltype列时，增加不上，Rscript $scripts/seurat_add_celltype.r -i $workdir/04.seurat_integrate/pbmc.rds \   -c celltype.tsv  -p pbmc.added.celltype   -n mycelltype，tsv...

文章 win10系统docker 重装提示 Exising installation is up to date 解决方法

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

问题 从NCBI上下载的SRA测序数据如果带有adaptor，但是不知道adaptor序列是什么，有哪些方法可以得到adaptor序列呢？

问题 老师，在建立索引时整个基因组跑数据需要内存大，能不能把基因组分开不同的染色体，做完索引在合并？

问题 tcga_gene_exp_download.r 运行后只得到临床数据，为啥的不到基因表达的counts，tpm，fpkm

问题 老师，您好，请问string数据库中没有丹参，可以选择物种为拟南芥，然后根据同源蛋白推测丹参中的互作蛋白吗？

问题 老师我对多个品种叶片重测序，并调查表型 油脂含量，做GWAS关联时的表型数据只测一年的可以吗

问题 老师您好，不同引物产生的扩增子数据的长度应该是不一样的，如果放在一起分析的话会不会对结果产生影响呢？

问题 一个基因家族包含两个结构域，对应interpro数据库两个hmm模型文件，请问怎么同时鉴定包含以上两个结构域的家族成员？

问题 R下载GEO数据没有显示GSM1625995 = col_double()

你好，视频里用R下载GSE数据时,输入gset = getGEO(GSE, GSEMatrix = TRUE, AnnotGPL = TRUE,destdir = workdir)后有一段红字显示： Parsed with column specification:cols(     ID_REF = col_character()     GSM1625995 = col_double()     ....     ....）File stored at: F:/GEO...

问题 单细胞测序数据差异基因KEGG富集分析

 单细胞测序数据分析时，差异基因/marker 基因功能GO/KEGG富集分析，执行此代码Rscript $scripts/enrichKEGG_pip.r --gene.list FindMarkers.deg.Enterocyte.AvsB.tsv -o KEGG -n deg.Enterocyte.AvsB --pvalueCutoff 0.05 --ann.db org.Ss.eg.db --organism ssc  --idtype SYMBOL报错：...

问题 生存分析datExpr数据的bcr_patient_barcode列是 . 号分隔，后续报错

我的文件里都是-符号，结果输入进来就变成了 . 号。并且在进行下一步 # 3. 合并临床信息和表达量信息############################################################clin <- clin[clin_info$bcr_patient_barcode %in% datExpr$bcr_patient_barcode,]exprSet<-merge(clin_...

文章 Rocky Linux安装 时报错： DNF error

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...