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文章 安装R包的几种方法

...R镜像仓库，提高下载速度 install.packages(c('dply','plyr','ggplot2'),repos='http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/') 2.  bioconductor 安装生信类相关的包 if (!requireNamespace("BiocManager")) install.packages("BiocManager") # 输入包的名称即可 BiocManager::install(...

文章 Linux下载数据

... 下载及安装linuxnd软件：http://data-deliver.novogene.com/download 2. 登录 $/share/work/biosoft/nuohe/linuxnd/lnd login -u 用户名 -p 密码 3. 查看目录 $/share/work/biosoft/nuohe/linuxnd/lnd list    #list用户根目录$/share/work/biosoft/nuohe/linuxnd/lnd list oss://xxxx...

问题 docker虚拟机安装失败

...mum >containers.txtfor /f %%i in ('findstr /i . containers.txt 2^>nul') do dism /online /norestart /add-package:"%SystemRoot%\servicing\Packages\%%i"del containers.txtDism /online /enable-feature /featurename:Containers -All /LimitAccess /ALLpause

文章 食管癌 10X多样本（GSE145370）

...0 \ --nUMI.min 500 \ --nUMI.max 50000 \ --nGene.min 250 \ --mito.gene.pattern "^MT.*-" \ --percent_mito 25 \ --log10GenesPerUMI 0.7 \ -p $b \ --metadata.col.name accession SampleID gender age pathological_stage tissue_type patient \ --metadata.value $a $b $c $d $e $f $g done ...

问题 TCGA生存分析cut off值疑问

TCGA COX教程里的cut off值是2500， 请问老师 1、这个值是怎么计算出来的？ 2、文献里一般都用risk score中位值作为cut off进行高低风险分组，然后再通过ROC曲线确定最佳cut off再进行高低风险分组。教程里的这个cut off是否恰当？为...

问题 circos不能正常生成配置文件

...rity： 生成配置文件的命令如下： perl ../script/colline_v2.pl -gff CM.gff -list CM_WRKY.collinear.pairs -colline CM.collinearity -od data -name WRKY 生成的data目录里只有WRKY.txt的文件是正常的 align文件只显示第一列 其余三个文件都是空的。

问题 structure_plot.r 停止调用

...调用：＜Anonymous＞->parse_args_output->.stop 执行已停止 2.Error in `[.data.frame`(groupfile, , opt$group, drop = FALSE) :undefined columns selected Calls: [ -> [.data.frame Execution halted  执行已停止 structure 运行显示版本停止运行，怎么修改?

问题 verkko组装后怎么生成.hic和.assembly文件

通过verkko v2.2.1版本进行基因组组装后，直接生成了挂载好的genome.fa文件，但是里面有些染色体需要手动调整，我如何区生成.hic和.assembly文件，我看教程里似乎要组装后genome.fa文件进行与hic数据的比对，但是verkko的组装结果文件...

问题 合并CNV结果失败

...a5186b8  14:51:56 /work/my_reseq/7.cnv]# SURVIVOR merge sample_files 1000 2 1 1 0 30 all_sample_cnv.vcf merging entries: 0 merging entries: 0 merging entries: 0 merging entries: 0 # ee all_sample_cnv.vcf后什么都没有，文件大小0kb。原本echo  $REF显示空路径，我自己重新...

文章 Linux里安装Maxquant

...ownload.mono-project.com/sources/mono/ ./configure --prefix=mono/mono-v6.12.0.199makemake install 2.安装Maxquant 下载地址：https://www.maxquant.org/ 下载后解压。 chmod 755 MaxQuant.exe 3.安装SDK 下载地址：https://dotnet.microsoft.com/zh-cn/download/dotnet/thank-you/sdk-3.1...

问题 juice box调整hic挂载数据

juice box调整hic挂载数据，hic数据用3d-DNA 进行了-r 2进行了两轮矫正，后面产生了很多小的scaf,不属于我的染色体（已经划分出20条了），这些小的片段怎么处理呢，3d-DNA中-m 是选单倍体好呢，还是二倍体模式，我的材料是自交的二...

问题 怎么将一个perl命令（或者说脚本）变成shell脚本的形式

如何将这行命令 perl bin/indel_p3in.pl QT4indels2.in genome.fa con.txt，写成一个shell脚本即*.sh的形式

文章 IF=4.2 | 不同西瓜品种果实品质的转录组代谢组联合分析

...为“Combined transcriptome and metabolome analysis reveals the mechanism of fruit quality formation in different watermelon (Citrullus lanatus) cultivars”的转录组代谢组联合分析文章。” 01 — 研究背景 西瓜作为夏季最受欢迎的水果之一，因其清甜可口的味...

文章 TCGA中转录因子的调控分析

...meCancer   1. 转录因子调控基因的预测和相关性分析 2. 生存分析：输入非常的简单，选择不同转录因子和不同的癌症即可，生存分析的曲线就显示出来了，通过p value值就可以知道该转录因子是不是对癌症的生存率有影响 如...

问题 如何利用perl脚本批量提取多个物种的CDS

已有资料： 1，基因家族课程中的get_fa_by_id的那个脚本，2，多个物种的ID 3，几个物种的CDS库 现在我有上百个ID文件，是按照分类划分好的，想按照TXT文档名字循环运行这个脚本，从CDS总库中提取出每个文件ID对应的CDS序列， 请...