circos不能正常生成配置文件

把准备的几个文件都放在circos目录下,几个文件如下

gff文件CM.gff:

attachments-2019-10-jeQDn2ns5d9cb64b268a7.png


list文件CM_WRKY.collinear.pairs:

attachments-2019-10-1CLAenZl5d9cb682efee8.png

colline文件CM.collinearity:

attachments-2019-10-HDGKLd205d9cb6b425f3a.png


生成配置文件的命令如下:

perl ../script/colline_v2.pl -gff CM.gff -list CM_WRKY.collinear.pairs -colline CM.collinearity -od data -name WRKY


生成的data目录里只有WRKY.txt的文件是正常的

attachments-2019-10-vzPYSHLv5d9cb74e5c0a7.pngalign文件只显示第一列

attachments-2019-10-8voyn0cS5d9cb77756a14.png


其余三个文件都是空的。

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2 个回答

安生水
擅长:perl,基因家族,linux,chip-seq

输入文件格式都没问题,运行的时候有报什么错误吗?

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omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

输入的GFF文件里面的空格你搜索删除一下,可能是不必要的空格导致程序出错:

或者试试新脚本:

脚本下载:colline_v3.pl

使用方法:

#准备circos绘图数据文件,脚本从gff里面获得位置信息并整理数据
perl ../script/colline_v3.pl -gff ../MCScanX/AT.gff -list WRKY.collinear.pairs -colline AT.collinearity -od data -name WRKY


注意:gff文件是用于mcscanX分析的生成的GFF文件。

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  • zhoy 提出于 2019-10-09 00:22