合并CNV结果失败

[root@510c5a5186b8 14:51:56 /work/my_reseq/7.cnv]# SURVIVOR merge sample_files 1000 2 1 1 0 30 all_sample_cnv.vcf

merging entries: 0

# ee all_sample_cnv.vcf后什么都没有，文件大小0kb。原本echo $REF显示空路径，我自己重新设置了 $REF，

echo $REF是 /work/my_reseq/ref/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.chromosome.4.fa，但是运行之后还是一样上面还是0000.

默认排序时间排序

1 个回答

Ti Amo 2天前

sample_files 的内容需要检查一下,以及里面的内容是不是都在当前文件夹下？可以看一下同样的软件做的SV合并有没有问题，如果SV没问题可能vcf里面没有什么能合并的cnv