...载方式，现在来介绍一下patyway 相关数据的下载方式。这个主要采用KEGG 的API 进行获取，思路如下： 1. KEGG 有那些pathway ? 访问的API地址是： http://rest.kegg.jp/list/pathway 通过该API ，可以获得所有pathway的列表。 2. pathway 上有那...
...异分析，这样得到的结果会比较多，而且都是相互独立的个体, 我们一般想将两者联系起来。 2. 相关分析 采用共表达网络，比如WGCNA，可以将表达模型类似的基因和lncRNA聚集在一起。 3. ceRNA 网络 基于miRNA的调控作用，可以预...
...路径）mysql>source /home/abc/abc.sql;方法二：mysql -u用户名 -p密码 数据库名 < 数据库名.sql#mysql -uabc_f -p abc < abc.sql
... Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7 Chr8 Chr9 Chr10 Chr11 Chr12; do echo "gatk --java-options "-Xmx100g" HaplotypeCaller \ -R $REF \ -I $workdir/3.map/result/${i}.sorted.dedup.bam \ -O ${i}.${Chr}.g.vcf.gz \ --max-alternate-alleles 4 \ --sample-ploi...
连锁不平衡 (linkage disequilibrium, LD)：指在某一群体中，不同座位上某两个基因同时遗传的频率明显高于预期的随机频率的现象。下面通过一个例子来说明。 基因A的两个allele 分别用A和a 表示，基因B的allele分别用B和b表示，如果这...
...你的国自然中了没? 话说，学霸姐姐最近在圈内看到了一个好玩儿的朋友圈截图，给大家分享一下—— 如图： “我爸爸一到三月，脾气就变得不好了。” 开题点睛：一到三月!为何要三月呢?因为那时，正是国自然(NSFC)最紧...
#, S1 为免疫侵润高组 DESeq2Rscript $scriptdir/deseq_analysis1.r -i $workdir/4.expression/all_gene_count.tsv \ --fdr 0.01 --fc 2 -m normal_vs_tumor.compare.txt -t group\ --case tumor --control normal -p normal_vs_tumor.deseq#免疫亚型之间差异表达, S1 为免疫侵润高...
老师，你好，我有个gff文件，但其中只有gene,mRNA,exon，cds的信息，如何获取intron的位置信息，我想写个脚本获取基因组intron的长度，请问老师思路大概是怎么样的？谢谢老师
利用《群体遗传进化课程》提供的原始数据，步骤如PCA，structure等都能重复出结果，但LDdelay绘图时，出不了图。 教程中此步本应该输出更多文件，包括LD绘制图，但是实际只输出了以上3个文件。
...能被定性抄袭或者学术不端，前期给大家分享过好用的几个论文查重网站，感兴趣的可以点击此链接查看：论文查重？给你推荐几个好用的网站！；其中Plagiarisma网站小编是比较喜欢的，该网站主打查重和语法检查，注册后可免...
在进行双亲和混池四个样本的比对分析后，转换成排好序的bam文件，然后利用GATK进行标记重复reads时出现如下情况，没有生成标记后的bam文件，求指教
...ability and Mutation） 其一：生长信号的自给自足 在人体这个迄今为止最为复杂的系统中，倘若一个细胞想要改变其现有状态（如从静止到生长分化状态的改变），必须接收到一系列相关指令，这一过程才能进行，就像军队中的令...
老师在课程中使用的示例文件中vcf文件中四个样本的顺序是双亲，然后子代。但是我发现我的vcf文件的顺序是双亲在后面，两个子代池在前面，这种怎么调整顺序呢，或者会不会影响qtlseq的运行
...的，比较建立在一定的假设上面，所有Cox 模型提出了几个假设： 1. 比例风险假定 各危险因素的作用不随时间的变化而变化，即 不随时间的变化而变化。因此，公式(1)又称为比例风险率模型(PH Model)。这一假定是建立Cox回...
...它体内的器官，包括心脏、肝脏、脾脏、肺和皮肤等，多个组织部分均由猴细胞组成， 虽然猴细胞的比例很低，大约在千分之一和万分之一之间， 但是这确实是一只不折不扣的猪猴嵌合体。 据悉，一共有4000个带有猴基因的...