问题 GEO在线分析工具--GEO2R进行基因差异表达分析

你好，我对这个GEO2R分析时，数据分组不理解。 在GEO中检索出所有样品之后，选择Define groups，选定差异比较分组的样品（如果是多平台数据，请先确定平台）。在Define groups下拉输入框中，先输入control，点击Enter键，确定第一个...

问题 GEO在线分析工具--GEO2R进行基因差异表达分析

你好，我对这个GEO2R分析时，数据分组不理解。 在GEO中检索出所有样品之后，选择Define groups，选定差异比较分组的样品（如果是多平台数据，请先确定平台）。在Define groups下拉输入框中，先输入control，点击Enter键，确定第一个...

文章 植物单细胞转录组文章

...过程中对低温信号的转录调控反应。研究团队通过采集5个春化时间点的白菜叶片样本，利用scRNA-seq技术绘制了包含58,282个细胞的转录图谱，系统识别出叶片中17种细胞类型，并揭示叶肉细胞对低温最敏感，维管组织高表达开花调...

问题 motif绘图时，tbtools图上显示的motif跟meme.txt文件的不一致

搜索10个motif，-minw 6 -maxw 100  生成meme.xml文件放进tbtools里，图上显示几乎每个基因都有motif7、1、8、2，但是检查meme.xml文件和meme.html文件里只有部分基因具有这些motif，遇到这种情况怎么办？有没有遇到过相同问题的同学老师，...

文章 CRISPR基因编辑MC-3T3细胞系—骨相关研究的神器-源井生物

...一种预防或逆转骨质疏松症的新途径: 骨质疏松症是一个巨大且日益严重的公共健康问题。骨质疏松症以低骨量和骨微结构缺陷为特征，导致骨折的易感性增加。骨骼健康的维持有赖于骨吸收的破骨细胞和成骨细胞的协调和平...

文章 R语言绘制差异表达火山图

...如何使用R语言绘制一张类似的火山图。来自文章：Cell Rep. 2024;43(3):113784. 1.安装R包 #设置镜像， local({r <- getOption("repos") r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" options(repos=r)}) # 依赖包列表：自动加载并安装 package_lis...

问题 分歧时间算不出来结果

...我的序列是cds序列，我输入的树文件是：(((A,(C,S)'U(0.15)')'B(0.47,0.58)',((((B,LA),BK),DR),(H,W))),Ho)'B(0.728,0.783)';我的控制文件如下，请问是哪里出了问题： seed = -1        seqfile = single_copy.cds_msa_trimed.phy       treefile = input.tree       ...

问题 在做hic挂载时，运行juicer时出现这三个问题，请问是什么原因以及该怎么解决呢？运行的命令是bash ../juicer/CPU/juicer.sh -d ~/data/hicassembly/hic -s MboI -t 48 -y genome_MboI.txt -z genome.fasta -p genome.chrom.sizes -D ../juicer/CPU

文章 win10/win7系统下无法重命名和打开文件提示文件名太长怎么解决

这里分享一段python代码批量修改文件名字： import os,sys,re mydir=os.path.abspath(sys.argv[1]) os.chdir(mydir) cwd = os.getcwd() #group ID map id={"A79_A103_A104_A246_A356_A357_A375_A378_A379_A381_vs_A37_A409_A5_A48_A32_A221_A41_A241_A406_A408":"CW_vs_AW", "A11_A12_A13_A19_A20...

问题 Meme搜索蛋白motif网页结果显示与TB-tools打开.xlm文件的不一致

...索蛋白质的motif，-nmotifs设置为10， 但是网页上只显示了5个且motif location里面没有图片显示，而用tb-tools打开.xlm文件里面有10个 请问导致网页与Tb-tools结果不一致的原因是什么呀？ 以下为网页结果： 以下为tb-tools结果 还...

文章 python中列表、字符串和数组之间的互相转换

...) print(a_list) （3）数组转字符串，array 转 str arr = ['a','b'] #方法1 str1 = ''.join(arr) print(str1) #方法2 str2 = ''.join(str(i) for i in arr) print(str2) （4）字符串转数组，str 转 array str_x = 'avfg' #方法1 st_list = list(str_x) #使用list() pr...

文章 GEO 数据介绍及在线下载

...论文，论文中涉及到的基因表达检测的数据都可以通过这个数据库中找到。 最重要的是这个数据库里的数据是免费的。 2、GEO提供的数据类型有那些呢？ GEO数据库里的数据是免费的，可以直接在线下载。但是，在下载数据之...

文章 当潜规则遇见科技服务，都是套路

潜规则，一个贬义词，提到它时，大多数人自然而然的想到的是娱乐圈、经济圈、政治圈等。 那么在我们生命科学的科技服务领域存在“潜规则”么？是提供科技服务的公司潜规则了需要服务的客户，还是客户套路了公司？ ...

问题 Circos画图时，想把连接的线换成不同的颜色，配置文件怎么改，基因ID的颜色怎么改？

...=/Ga[01]/<ideogram&gt;    fill=yes    label_font=default    label_parallel=no    label_radius=dims(image,radius)-350p    label_size=25    radius=0.90r    show_label=yes    <spacing&gt;        default=0.005r    </spacing&gt;    stroke_color=dgrey    stroke_thickness...

文章 UbuntuLinux系统环境变量配置

...配置，由于Linux系统严格的权限管理，造成Ubuntu系统有多个环境变量配置文件，如果不了解其调用顺序，很有可能遇到配置了环境变量，而没有其作用的问题。本文将介绍Ubuntu Linux系统的环境变量。 一、UbuntuLinux系统环境变量配...