问题 GO富集二级分类柱状图和显著性气泡图的问题

...O富集情况时，显著性气泡图是以TOP几的P值或者Q值来衡量和呈现的。而GO二级分类柱状图是直接以富集在该条目上的基因数量来呈现的。有的条目上富集的基因特别多，但是P值或者Q值比较大，达到0.99，选择气泡图时并不能体现...

文章 剑桥女大学生跳机自杀：学术研究遇到瓶颈到底怎么解决?

...出现了一些问题； 当时飞机上的飞行员和她的一位朋友一起拉住了她， 他们经过了大约5分钟的“生死搏斗”， 最后还是没能拉住要往下跳的阿兰娜。 到底是什么样的原因，能让一个正值青春年华、有着大好前途的女孩子...

文章 环境因子分析

... ``` 加入参数order=”AOE”，使相关性高的一类因子放在一起。另外”FPC”，”hclust”也有类似的效果。 Hb, hemoglobin; ALB, albumin; BUN, blood urea nitrogen; SCr, serum creatinine; eGFR, estimated glomerular filtration rate; P, phosphate. Hb，血红蛋白...

问题 位点注释老师出错，跑不出想要的VCF+txt文件,使用annotate_variation.pl不会报错

...astring . -otherinfo>（请问老师这是为什么？哪里出错了？怎么一直出错啊，我应该怎么跑啊？） annotated_variants.refGene.exonic_variant_function.orig文件内容：line3523389 nonsynonymous SNV Os10g0100200:Os10t0100200-01:exon1:c.G87C:p.W29C chr10 44989 44989 ...

问题 老师您好，我在文件共享时出现不能共享的问题，具体操作如下： biolinux sudo mount -t vboxsf windows-share /home/manager/share 结果为：/sbin/mount.vboxsf: mounting failed with the error: No such device，该怎么解决，谢谢

问题 老师，我在构建泛基因列表时，做cat pangene_filter.*lifted.anchors | grep -v "^#" | awk '{print $1"\t"$2}'> ../03.jcvi-pan-vs-genome/syn.txt这一步，找不到pangene_filter.*lifted.anchors 是怎么回事

问题 老师您好，我在转录组数据中筛选了一个转录因子（NAC），前期我对这个转录因子相关的6个基因做了克隆及表达分析，现在问题是怎样将这些基因的表达量和转录组数据的转录因子表达量联系起来？

...6个品种，5个时期； 现在怎样把基因和转录因子联系到一起，看文献都说做相关聚类热图，或者WGCNA,但相关聚类热图只能做组内的，WGCNA是和表型联系在一起，现在不知道咋样分析，想请老师解答一下或者推荐一下课程

文章 农艺性状表型数据与环境关联互作分析R代码

...v")write.csv(g2.res,file="聚类树分组统计标准差.csv")#表型数据在不同环境下变异for (i in traits){  mydata1[,i]=as.double(mydata1[,i])}SD=round(apply(mydata1[,traits],2,sd),2)MEAN=round(apply(mydata1[,traits],2,mean),2)RANGE=round(apply(mydata1[,traits],2,range),2)CV=round(SD/MEA...

文章 国宝吃竹子并非发自内心-比较基因组学分析揭示大熊猫“心路历程”

...以竹子为主食？还带着远房亲戚干脆面君（小熊猫）天天一起吃素。今天就从比较基因组学的角度解析一下原因。 基因组获取和同源基因筛选 为了实现后续一系列的分析目的，需要获得大熊猫和小熊猫的基因组信息。然而之...

文章 Mfuzz做时间聚类分析

...件数据的基因表达分析而设计。它广泛应用于生物信息学和基因组学研究中，尤其适用于处理具有时间序列的数据集，比如基因表达时间序列。 Mfuzz 使用模糊 C均值聚类算法，将数据点分配到多个聚类类别中，同时计算每个数...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-CRC直肠癌(GSE178341)

...癌肿瘤相比，错配修复良好的肿瘤表现出免疫细胞的存在和活性升高。为了了解免疫反应模式以及这些类型结直肠癌之间的主要差异，我们对来自 28 名 MMRp 和 34 名 MMRd 患者的 371,223 个肿瘤细胞和邻近正常细胞进行了转录分析。...

文章 IT项目管理经验分享， 如何做好IT项目管理

...情况、市场和客户的反馈、自身能力等，这些因素综合在一起决定了项目资源的投入和走势。远程办公情况，项目经理和负责人需要更加依赖项目的数字，在大多数项目进行中的汇报都会用过程性描述，那是不够的。辅助项目管...

文章 Bugbase表型预测

...可以选择不同治疗方法，比如知道胃肠道中革兰氏阴性菌和革兰氏阳性菌的比例，可以采用更具针对性的抗生素治疗；确定粪便样品的厌氧菌和病原体含量可以帮助预测肠胃道的健康等。 3、BugBase工作流程图：输入两个文件，...

问题 基因家族共线性绘图时，画出来的图上只有一对基因连了红线

...中的一对基因显示在图上。是不是那些文件得怎么合并在一起呢？谢谢

问题 dadi 分析

...物种是山羊， 我想知道这个T是不是指的基因交流时间？怎么计算出这个时间，还需要哪些参数？另外，nu1 和  nu2是指的种群大小吗，怎么计算出这个具体的值，m12 和 m21 代表的什么？                                    ...