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问题 WGCNA分析中,模块保守型分析需要两类样本的基因数目一致么

在官方示例中,进行模块保守性检测,作者用了3600雄鼠基因和雌鼠的3600基因。我有两类样本,每一类样本都进行了WGCNA分析,若这两类样本基因数目不一致,还能进行模块保守型分析么?

问题 piranha输出文件如何筛选显著的peak

piranha输出的bed文件会把每一bin给出一p值,大部分bin的p值都小于0.01,要怎么筛选出显著的peak去找motif?如果一peak跨两bin,给出的p值是bin的而不是peak的,这种要怎么处理?

文章 excel批量去除单元格中的换行符

有人使用Excel时会不小心在单元格最后加换行符,如果比较少,可以直接删掉,但是如果较多,一删就会很费劲。 这里有一种快速解决的方法。 1、选择要替换的单元格区域2、按CTRL+H快捷键,弹出查找与替换对话框3、...

文章 GEO数据库dataset和profiles区别

...量基因表达数据的公共仓库。目前,GEO存储了大约10亿单基因表达的数据,来自于100多种生物,内容广泛涉及到各种生物学问题。这些大容量的数据可以使用用户友好的以Web为基础的工具进行有效的挖掘,检索和可视化表达。G...

问题 circos 字体大小与比例问题

染色体的ID在图中无法展示全,我加了radius*=4000p的参数就变成第二图,但是整体的字体缩小,看不清染色体的ID,无法一目了然,尤其是染色质刻度上。我在Circos官网上没找到,所以想问一下改哪参数保证是第一张图的字...

问题 GO分析结果的如何挑选有用信息

...不同的参考基因组进行分析的,最终选择了差异较大的17基因(不同基因组均有涉及的)进行验证,那GO分析的时候是利用差异基因进行分析,如果采用不同的参考基因组,GO的结果应该是受到影响的吧?但是不同基因组注释的...

问题 16S扩增子测序抽平问题。

...大是对tags数进行了抽平之后聚类生成OTU table,获得了1400OTU物种。我们课题组拿到数据后进行了OTU过滤,过滤后保留了300多OTU。这时样本OTU总丰度波动范围从2w到6w。在过滤后的OTU table基础上进行后续的分析(多样性,差异特...

问题 纯生信无实验验证的基因家族文章,比较推荐下面期刊的哪一

想问一下,Genes、scientific reports、plos one、Horticulturae、Protoplasma、Frontiers in Genetics期刊,纯生信无实验验证的基因家族文章比较推荐投这六期刊中的哪一?投哪一可以不用补实验,更容易中?

文章 使用python绘制卡方分布函数(一)

...是他的别称。他的泛用毋庸置疑,可非数学出生的计算这还是颇为麻烦,因此我们用简单的python语言来实现卡方分布的计算,这内容比较多,分两节说,这一节主要是基础语句首先看一下定义:假设k随机变量相互独立,...

文章 CAR-T疗法:综合概述及临床应用

...。   抗CD19 CAR-T细胞可有效治疗R/R(复发性或难治性)B细胞恶性肿瘤,如儿童和成人患者的B细胞非霍奇金淋巴瘤(NHL)、ALL和慢性淋巴细胞白血病。CD19是表达于B细胞表面表达免疫球蛋白超家族成员,是CAR靶向治疗的理想靶点之...

问题 RepeatMasker输出没有.divsum文件

我运行下面的你们给的代码 RepeatMasker -e rmblast -gff -xsmall -html -norna   -source  -no_is -pa ${threads} -s -lib allRepeats.final.lib contig.fa# -e rmblast 指定搜索引擎为rmblast,还可以选择crossmatch、abblast或者hmmer# -species "Danio rerio" 指定物种为斑马鱼...

问题 关于treemix的几问题

treemix 老师您好,感谢您的课程,帮助到了我。 我有几关于treemix的问题要问您: 1.关于做出来的图,我的图标太大了,跑到了图外面,根本显示不全;而且,字有重叠,不美观;似然树的红黄图标都压着主图了,想调到主...

问题 扩增子:真菌ITS分析unite不匹配

...到最新的参考序列  qiime deblur denoise-other \    --i-demultiplexed-seqs demux-joined-filtered.qza \    --i-reference-seqs $dbdir/qiime2/unite_ver9_99_25.07.2023-Q2-2023.7.qza \    --p-trim-length -1 \    --p-sample-stats \    --p-jobs-to-start 10 \    --p-min-reads 1 \ ...

问题 MCScan共线性分析画图问题:list index out of range

老师您好 我已经找到了我在chr1A,chr1B,chr1D上同源的一段序列,上面的基因也同源,我相用MCScan画这几基因的共线性图。但是会报错 我的bed 文件和cds都没什么问题

文章 github 打开的慢,或者打不开解决办法

GitHub 这几年国内普通用户越来越难以访问,github 作为全球最大的开源平台,里面有用的内容很多,不管是对专业用户还是普通用户,无法访问都是很严重的问题,使用频率高的直接拉到页面最下方使用自动更新 IP 方法,替换...