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问题 基因家族分析 基因家族基因在不同物种之间的进化同源关系

...源关系这一步最后画图时，现如下问题： 我一共做了5个物种的比较，以下是我的文件内容截图： 我看主要是TAO和FN的基因在bed文件里找不到，，但是我在bed文件手动搜索报错的第一对：evm.model.chr0.498 evm.model.chr0.533 ONI03914 ...

文章 库文件位置问题

... 15 Execution halted 在qsub投放任务时遇到报错，提示没有这个libudunits2.so.0库文件，但自己手动跑这个任务是可以的，很奇怪 ，不过locate 这个库发现在usr/lib64里，这就是问题所在，不同节点的有几个目录是不同的，比如和这个/usr...

文章 基因组Hic挂载AGP文件格式说明

...end) 4. 该段序列在大片段上的编号(part_number)     一般一个大片段由多个小片段和gap组成。此处则为这些小片段和gap在大片段上的编号。 5. 该段序列的类型(component_type)     常用的是W、N和U。W表示WGS contig；N表示指定大小的gap...

文章 Excel数据分析技巧之方差分析

...得出的均方，F值为两个均方的比值（效应项/误差项），P值为显著性。 以上就是使用Excel 2010软件进行单因素方差分析方法的介绍。在“网易云课堂”上搜索“组学大讲堂”有更多精彩教程视频供您观看学习，亦可点击“阅读原...

问题 重测序

...，我重测序call SNP 的时候用并行命令运行 nohup ParaFly -c  gatk.sh -CPU 4 > gatk.sh2.o& ，每条命令是gatk --java-options '-Xmx100g' HaplotypeCaller -R /work/ref/GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.fna       -I /work/3.map/result/SRR1999390.sorted.dedup.bam     -O SRR1999...

问题 请问转录组测序得到的同一基因序列在不同数据库得到的注释为什么不一样？

我做转录组测序，结果中有2个基因序列，它们在NR库中得到了相同的注释（gb编码相同），在Swissprot中得到的注释却不同。能解释一下数据库比对的原理吗？为什么会出现这种现象？

文章 AI 写代码之绘制GWAS 曼哈顿图

没有做任何修改，全靠 对话AI，利用AI给的R代码绘图结果，还是不错的： 这是对话链接大家可以看看：https://www.doubao.com/thread/w1d46b45b18549316

文章 iTOL绘制好看的系统发育树

...为系统发生树、聚类树或者进化树。它以树状结构表示各个节点的进化和亲缘关系，枝点可以是物种和基因等，在系统发育分析、基因家族和物种进化分析中经常会看到此类图片。 像这个 还有这个 是不是很漂亮？你的呢...

文章 tassel PCA报错

...为输入，先使用tassel生成距离矩阵： run_pipeline.pl -Xmx200G -fork1 -h hapmap.ordered.hmp.txt -DistanceMatrixPlugin -endPlugin -export DistanceMatrix -runfork1 然后运行MDS： run_pipeline.pl -Xmx200G -fork1 -importGuess DistanceMatrix.txt -MultiDimensionalScalingPlugin -endPlugin...

文章 对R包的操作（查询、版本、更新等）

...，涉及从包的安装、查询、更新、卸载等等。这里介绍几个常见的操作 1、安装 install.packages()（括号内指定包的名字）         可以指定具体的安装路径和包的下载链接 2、加载 library()或require() (括号内指定包的名字） 3、包...

文章 Pacbio Sequel 下机数据介绍

Pacbio Sequel 下机数据， 一般包括如下几个数据： m54134_180724_220656.scraps.bam m54134_180724_220656.subreads.bam m54134_180724_220656.scraps.bam.pbi m54134_180724_220656.subreads.bam.pbi m54134_180724_220656.baz2bam_1.log m54134_180724_220656.sts.xml m54134_180724_220656.subreadset...

问题 是否可以将同源聚类的结果命名成TPS1/2/3

课程中是用数量进行的TPS1/2/3命名，但是我感觉这个对研究命名好像没有什么意义，听课程里老师也是这么说的，因为是泛基因组中的，我按照别的问答中老师说pan.list用同源聚类，这个是26个玉米基因组中的TPS，我是否可以按照...

问题 tassel新报错，求老师们看一下[Thread-8] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - Index 0 out of bounds for length 0

....matrixalgebra.Matrix.DoubleMatrixFactory - TasselBlas library for system-specific BLAS/LAPACK not found. Using system-independent EJML for DoubleMatrix operations. [Thread-8] INFO net.maizegenetics.pipeline.TasselPipeline - net.maizegenetics.analysis.association.FixedEffectLMPlugin: time: Aug 15, ...

问题 所有基因都只含一个相同的结构域，没有其他结构域了，这正常吗？

...基因家族的HMM模型，搜索物种的蛋白质数据库，得到了10个该基因家族的基因， 但是拿到ncbi和pfam去做蛋白质结构域检测，发现，这10个基因的结构域除了都只含有同一个结构域，没有包含其他的结构域了，这正常吗？ 是我在...

问题 IBD计算

计算IBD 时，找不到cibd.py这个脚本， python3: can't open file '/work/script/cibd.py': [Errno 2] No such file or directory python3: can't open file '/work/script/cibd.py': [Errno 2] No such file or directory python3: can't open file '/work/script/cibd.py': [Errno 2] No such file or dire...