1、一般差异基因的筛选是针对不同样品组成的差异对比分组进行分析获得，而此对比组样品的基因表达量是依据相同的参考基因组分析之后进一步分析获得的，虽然我不知道你差异分析的时候怎么做到的，毕竟你也说到了不同基因组注释信息差异，编号不一样，你怎么统一编号做的差异比较呢？这样比较可靠性如何。
2、如果差异比较能做到基因编号和实际序列统一，注释结果很明显也能，毕竟注释是基于序列比对实现的。
3、差异基因一般是进行富集分析后，进行通路或功能讨论，对实验的解释应该更准确。选择显著性富集的GO term或者pathway具体讨论会更有价值。