找到约 15 条结果

文章 轻松搞定iTOL注释文件

...解压安装目录下的 table2itol_help.txt 文件或者直接调用帮助信息查看。大家灵活选择使用的选项即可。 生成注释文件 文件准备完成后就需要生成注释文件了，有两种方式生成：一种为linux下命令行运行方式，另一种是在R或Rstudio...

文章 python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性

...rtical alignment (va), 和 基因组 BED 文件.最后是连线的绘制，信息来自grape.peach.anchors.simple文件。 grape.peach.anchors.simple由以下命令生成： $ python -m jcvi.compara.synteny screen --minspan=30 --simple grape.peach.anchors grape.peach.anchors.new  然...

文章 16S聚类还是降噪？

...出不穷，让我们不断地认识新概念、发现新问题、挖掘新信息，更好的探索微生物的神奇世界。   课程推荐：微生物扩增子分析课程实操     微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读 一个小问题 不同方法对丰度阈值的选择存...

文章 deseq_analysis.r 差异基因分析DESeq2

... 5.350846 2.209351 1.53802 -m metadata文件路径,样本的分组信息，第一列必须和表达文件的样本名称对应： barcode subtype.hclust StromalScore ImmuneScore ESTIMATEScore TumourPurity TCGA-B7-A5TK-01A-12R-A36D-31 S1 1026.057 2386.835 3412.892 0.4...

文章 R高效数据处理包—reshape2 长数据 vs 宽数据

... 4 4 6 6 5 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 会得到警告信息：Aggregation function missing: defaulting to length。数据集显示的是每个cyl和gear组合的总的观测数。这是因为dcast函数不能唯一标识每个数据点。然而，它还有其他用处。例如...

文章 GATK外显子测序数据肿瘤体细胞突变数据分析

... 参数可以指定捕获区域#--panel-of-normals 指定正常人的突变信息#质控过滤gatk FilterMutectCalls -R Homo_sapiens_assembly38.fasta \ -V 154.raw.somatic.vcf.gz  -O  154.filter.checked.vcf.gz &&\ zcat 154.filter.checked.vcf.gz |awk '$0~/#/ || ($7 =="PASS"){p...

文章 一秒让你读懂 DevOps 的本质及行业现状与趋势

...促进对于接任务的人员有效负起责任，并能够及时同步到信息。 二、持续测试： 在这个阶段，开发的软件将被持续地测试bug。CORNERSTONE平台覆盖完整的测试流程，可进行测试用例的编写，建立用例库，减少重复性操作，让...

文章 为什么大公司一定要使用 DevOps？

...促进对于接任务的人员有效负起责任，并能够及时同步到信息。   持续测试：   在这个阶段，开发的软件将被持续地测试bug。CORNERSTONE平台覆盖完整的测试流程，可进行测试用例的编写，建立用例库，减少重复性操作，让研...

文章 三代全长转录组鉴定红花黄酮类次代物合成相关相关基因-附原文献下载！

...分析motif结构及后续每个家族内基因在不同样本中表达量信息；此种将三代转录组与基因家族分析内容结合起来很是加分，值得借鉴。 3.结果4中：半定量PCR分别对6个组织中候选的黄酮合成相关基因进行表达定量分析中，作者将...

文章 HMMER ——hmmsearch 用法，参数

... version and usage基本用法：-h ：显示版本和用法的简要帮助信息 Options directing output:输出定向选项 -o <f> : direct output to file <f>, not stdout输出到文件中，而不是到标准输出-A <f> : save multiple alignment of all hits to file <f>...

问题 ANNOVAR变异注释报错：Erro: invalid record found in exonic_variant_function file (exonic format error)

... -remove -protocol refGene -operation g -nastring . -vcfinput 报错所有信息：NOTICE: the --polish argument is set ON automatically (use --nopolish to change this behavior) NOTICE: Running with system command <convert2annovar.pl  -includeinfo -allsample -withfreq -format vcf4 /work/bdor...

文章 从老板到项目成员,如何从燃尽图中洞悉团队工作?

...避风险。 五、燃尽图有何局限？ 燃尽表无法呈现所有信息 例如，它仅显示已经完成的用户故事工作量，无法预知任何变化，例如在工作范围内估算待办列表（backlog）的所有points。因此，我们很难判断燃尽图中的变化是由于...

文章 同是转录组，人家发6分，你为什么发2分？

...，罗列的也很详细，笔者未能详尽体会，其中更为详细的信息请各位读者再去原文里细细揣摩；通过这篇文章笔者也感悟出一些真理----写篇好文章，就得多多多多读文献吧！ 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖...

文章 R语言计算两组数据相关性及对应p值的方法——psych包和Hmisc包

...每一列的类型 可在读数据的时候使用row.names = 1等将其余信息变为行名列名。 gene <- read.table("1.txt",sep="\t",header=T,row.names = 1)meta <- read.table("2.txt",sep="\t",header=T,row.names = 1) 以下分别是构建的差异基因与差异代谢物的数据 df1和...

问题 有参转录组数据分析，样品和基因组比对效率只有零点几，这是为什么？

...的文件从ensemble plants上下载，构建索引的代码为 #基因组信息下载到服务器/home/us024/Imranrnaseq/my_rnaseq/ref wget https://ftp.ensemblgenomes.ebi.ac.uk/pub/plants/release-61/fasta/oryza_sativa/dna/Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel.fa.gz wget https://ftp.ensemblgenome...