问题 转录组学习中遇见的问题

...测序的文件来自己分析，生成热图。我目前正在学转录组数据挖据这门课程，里面好像没有涉及到表达量数据的过滤，校准和聚类方面的知识。请教一下，我想从网站上下载别人发表文章的转录组数据或者基因芯片数据，针对我...

文章 Graphpad Prism一张图中绘制多个直方图

...hpad 完全可以实现这一功能。方法如下： 1.将所有直方图数据放在Data Tables 下，打开新的Data Table方法为 "File" 下 "打开"  ->  "New Data table and..."。 2.数据填好后，双击"Layouts" 选择布局方式。 选中后界面中会出现三个方框，...

问题 我用docker omicsclass/rnaseq 下载ncbi上转录组数据总是出现下面的问题

 fastq-dump.2.10.3 err: timeout exhausted while waiting condition within process system module - failed SRR8428909

文章 NCBI下载的10X 空间转录组数据如何读入spaceranger

10x的数据可以使用 cellranger mkfastq 产生，下面的例子是两个样本同一个lane测序拆分后分析；第二个例子是同一个样本两个lane测序，需要合并一起分析； 大家注意文件命名方式，蓝色和红色部分； spaceranger命名规则 [Sample Name]...

问题 单细胞测序数据对合并后的样本进行聚类分析时报错

老师您好！我在对整合后的单细胞测序数据进行降维聚类时，执行该代码后报错Rscript $scripts/seurat_sc_cluster.r --rds all.sample.merged.rds  \  --resolution 0.5 -d 30 \  -p pbmc   -o pbmc 报错内容为：Error: cannot open file '/share/work/biosoft/R/R-v4.0.3/...

问题 请问老师植物叶绿体基因组数据GFF和CDS等怎么下载？

请问老师做叶绿体共线性分析可以用组学上基因家族分析上的物种间的共线性分析方法做吗？请问老师下面这个图的共线性分析用什么方法做的？

文章 R语言中实现T检验及可视化

...的差异是否显著。在R语言中T检验用的方法为:t.test(),如果数据不符合正态分布，也就是数据当中有较大的离群值时，可选用非参数秩和检验法，如Wilcoxon test，R语言中对应的方法为：wilcox.test()。关于检验方法的选择可参考：差异...

文章 Mapchart绘制基因染色体位置图时加标尺

绘制图片时可以直接显示基因位置数据，此外还可以转换成标尺的形式显示位置，方法如下： 选择tools -> chart options , 在 Loci 中选择 Ruler at page margin。 结果如下： 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可...

问题 可不可以用转录组重测序的原始数据来分析其中microRNA等ncRNA的变化差异？

问题 老师，请问一下做转录组数据分析处理，需要什么样的电脑配置呢（笔记本电脑呢）

问题 老师，您能讲一下qPCR相对定量里的数据计算吗？他里面的p值是什么？

问题 老师您好想想您请教一下这个wgcna中临床表型如何转换为数字性状数据呢，不知该如何定义

问题 测序数据质控中Q20、Q30是什么意思？包括合同中写的Q30大于80%。

问题 老师您好，我在下载GSE119767数据的时候，打开GPL，里面没有注释文件，该如何解决？谢谢老师。

问题 老师，我想请问一下16S数据分析的这套代码，必须安装docker镜像才能运行吗？