... H48_N12）， 算上重复共30个样本。我参考这篇文章TCGA临床数据中的TNM分期，如何转换成WGCNA分析中的性状数据 - 组学大讲堂问答社区 (omicsclass.com)，用0和1制作了性状数据 ，不知道是否正确。
数据介绍： 来自谷歌翻译： 对癌症的免疫反应变化很大，特别是与错配修复缺陷（MMRd）的结直肠癌肿瘤相比，错配修复良好的肿瘤表现出免疫细胞的存在和活性升高。为了了解免疫反应模式以及这些类型结直肠癌之间的主要...
...Rophetic包是一个比较古老的R包，主要用途就是从基因表达数据预测表型（即使用癌症基因组计划CGP细胞系数据预测临床结果），预测外部细胞系（CCLE）的药物敏感性，也可用于临床数据的预测。 这个包不能在Rstudio直接安装，...
...测序的文件来自己分析，生成热图。我目前正在学转录组数据挖据这门课程，里面好像没有涉及到表达量数据的过滤，校准和聚类方面的知识。请教一下，我想从网站上下载别人发表文章的转录组数据或者基因芯片数据，针对我...
...hpad 完全可以实现这一功能。方法如下： 1.将所有直方图数据放在Data Tables 下，打开新的Data Table方法为 "File" 下 "打开" -> "New Data table and..."。 2.数据填好后，双击"Layouts" 选择布局方式。 选中后界面中会出现三个方框，...
fastq-dump.2.10.3 err: timeout exhausted while waiting condition within process system module - failed SRR8428909
老师您好！我在对整合后的单细胞测序数据进行降维聚类时，执行该代码后报错Rscript $scripts/seurat_sc_cluster.r --rds all.sample.merged.rds \ --resolution 0.5 -d 30 \ -p pbmc -o pbmc 报错内容为：Error: cannot open file '/share/work/biosoft/R/R-v4.0.3/...
...的差异是否显著。在R语言中T检验用的方法为:t.test(),如果数据不符合正态分布，也就是数据当中有较大的离群值时，可选用非参数秩和检验法，如Wilcoxon test，R语言中对应的方法为：wilcox.test()。关于检验方法的选择可参考：差异...
请问老师做叶绿体共线性分析可以用组学上基因家族分析上的物种间的共线性分析方法做吗？请问老师下面这个图的共线性分析用什么方法做的？
绘制图片时可以直接显示基因位置数据，此外还可以转换成标尺的形式显示位置，方法如下： 选择tools -> chart options , 在 Loci 中选择 Ruler at page margin。 结果如下： 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可...
从TCGA下载的甲基化数据是包含了样品中不同甲基化位点的甲基化程度β值和位点的注释信息。该数据的表头解释如下： Composite ElementA unique ID for the array probe associated with a CpG siteBeta ValueRepresents the ratio between the methylated array intensi...