问题 泛基因家族分析cds提取出现killed

[root@c4bf00d21ba0  09:33:02 /work]# cd 01.cotton_data_prepare [root@c4bf00d21ba0  09:33:29 /work/01.cotton_data_prepare]# ll total 1.8G -rw-r--r-- 1 root root  23M Dec 20 15:55 AD4_JGI.annotation.gff3.gz -rw-r--r-- 1 root root 1.3G Dec 20 15:55 AD4_JGI.genome.fa.gz -rw-r--r-- 1 root root 46...

问题 BSA分析，野生型亲本，抗性混池

...out  --max-missing 1 --minDP 4  --maxDP 1000  --minQ 30  --min-alleles 2  --max-alleles 2  |gzip - > merge.snp.clean.vcf.gz；mutplot -v merge.snp.clean.vcf.gz -r SZCTP1 -b SZCTR5  --N-bulk 29 -m 0.3 --out merge_pl。怎么几乎所有染色体都有定位啊？

问题 老师您好，做基因家族分析有几个问题不明白想问问您：（1）实在找不到组装到染色体的基因组，可以用scaffold水平的画基因重复性图吗？会不会影响发文章 （2）能不能分析两个比较有相关性的基因家族或者结合转录组分析，增加一点文章接受几率？（3）用hmmsearch筛选蛋白，构建新模型，再筛选，筛出来200多个蛋白，但是alignment之后发现保守结构域差别很大，gap特别多，是出了什么问题吗？

文章 bedtools安装报错cc1plus: error: unrecognized command line option "-std=c++11"

最新版本bedtools 下载地址：https://github.com/arq5x/bedtools2/releases 安装方法：https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/installation.html $ wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.25.0/bedtools-2.25.0.tar.gz $ tar -zxvf bedtools-2.25.0.tar.gz $ cd bedt...

问题 kneaddata做质控的时候，服务器卡死了，用trimmomatic+bowtie2分开跑是可以的吧

tail -n+2 $datafile/metadata_WBBW_all.txt | cut -f1 | rush -j 4 'java -jar /share/work/biosoft/Trimmomatic/Trimmomatic-0.39/trimmomatic-0.39.jar PE \   -threads 6 \   "$datafile"/{}_1.fq.gz "$datafile"/{}_2.fq.gz \   "$workdir"/1.host_del_and_qc/kneaddata/{}_forward_paired.fq.gz "$workdir"/1.h...

文章 抗体纯化方法概览：四种策略及其优缺点详解

...含有目标抗体的混合物加入到预先平衡好的凝胶柱中。 2. 使用缓冲液进行洗脱，较大分子无法通过凝胶柱而流出。 3. 目标抗体分子大小适中，可通过凝胶柱并被保留下来。 4. 最后使用洗脱缓冲液将目标抗体从凝胶柱中洗脱出...

文章 JASPAR网站预测启动区域有那些转录因子结合位点

...测蛋白是不是转录因子，查找转录因子的结合位点特征 2. 预测一段序列(启动子区)中有那些转录结合位点 其中预测启动子区的结合位点可以采用网站提供是“Scan” 实现。具体如下： 1. 首先搜索转录因子结合位点，比如搜索...

文章 duplicate_gene_classifier统计全基因组不同类型复制事件的数目

...，如下图。 Dl.blast是BLAST比对结果，具体格式如下： 2：Dl.gff文件；是全基因组基因ID对应转录本的位置信息，如下图。染色体\t基因\t起始位点\t终止位点 命令运行屏幕会输出每种基因类型对应的数量，同时在当前目录下...

问题 如何提取一个冷门物种（NCBI下载）的CDS序列

...别ID（除了GeneID）都无法对应CDS文件中某个识别ID（如图2，包括transcript_ID,Protein_ID）那我如何提取某个基因的代表性CDS序列呢？ 为了查看方便已将相关文件上传到百度网盘中供查看：链接：https://pan.baidu.com/s/1Zan0B4Ltn65vfSmjMJLu1Q ...

文章 单细胞转录组如何将UCell CytoTRACE2 infercnv等结果添加到总的rds中

...ut -f 1,27- infercnv.metadata.tsv >infercnv.metadata1.tsvcut -f 1,27- CytoTRACE2.metadata.tsv >CytoTRACE2.metadata1.tsv 合并这些信息： -b barcode 指定共同的列名字 Rscript $scripts/merge_tsv_files.r -i infercnv.metadata1.tsv UCell1.metadata1.tsv CytoTRACE2.metadata1.ts...

问题 tassel导入表型数据和Q文件，一直报错格式有误

...shared.corrected.Q.   Error: Unrecognized format for a phenotype. [pool-2-thread-2] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - Problem loading file: /home/liuyunxiu/GWAS/intersection_data/FE.phenotype.fixed.txt.   Error: Unrecognized format for a phenotype. 验证了行数、列数，...

问题 根据HSF基因的pfam模型在转录组结果中找到很多基因，这些基因都是HSF吗？

老师好，请问一下根据HSF基因的pfam模型在转录组结果中找到2基因，这2个基因都是HSF吗？有什么区别，如果要克隆这个基因应该按照哪个

问题 tassel导入表型数据和Q文件，一直报错格式有误

...shared.corrected.Q.   Error: Unrecognized format for a phenotype. [pool-2-thread-2] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - Problem loading file: /home/liuyunxiu/GWAS/intersection_data/FE.phenotype.fixed.txt.   Error: Unrecognized format for a phenotype. 查看了行数、列数、...

文章 天天加班,为什么团队研发效能还是那么低?

...品经理所匹配的前端、后台、安卓、IOS等为一小组。项目2周一版本，碰着大需求的时候就3周一版本。但一定要保证版本迭代的方式落地项目，而不是一次性几个月才上线一个完整的项目。 这样的研发方式：敏捷开发scrum 第...

文章 VIP-转录组数据鉴定病毒

...列进行比对，找到那些reads多，覆盖度高的病毒序列。 2. 精确模式发现新病毒：这个模式是将转录组的序列与病毒的核酸库进行比较，再与病毒的蛋白库进行比较，这样能发现一些蛋白序列保守，但是核酸序列可能差别较大的...