文章 NCBI 数据下载

...信息 执行命令： prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt ③ 格式转换：sra变成fq # 双端测序：fastq-dump --split-3 sra文件# 单端测序：fastq-dump  sra文件 更快的转换方式： fasterq-dump --split-3 sra文件 (2) Aspera 直接下载，需要去除前面...

问题 请问利用MCScan软件进行共线性分析时，输入的蛋白序列是所有转录本的蛋白序列，还是最长转录本的蛋白序列？谢谢啦

文章 KEGG富集分析弦图绘制

...layers区进行修改删除 四、结果图导出，可保存为不同格式。 svg格式可通过AI进行细节修改，比如为连线添加边框线。 最终结果图如下 ************************************************************************** 除弦图以外，该工具还可绘...

问题 老师好，想问下将蛋白质序列提交的MEME在线软件后，几天后为什么没有结果啊?显示工作已完成，却没有结果，谢谢

问题 这个脚本如果直接从ensamble下载cds和pep还需要去提取吗，是不是可以直接转换格式

...rot >$species.pep.fa   #提取cds 转换成OrthoFinder 需要的序列格式   perl $scriptsdir/get_gene_longest_fa_for_OrthoFinder.pl -l 150 --gff $species.longest_isoform.gff3 --fa $species.cds.fa -p $species -o cds   #提取pep 转换成OrthoFinder 需要的序列格式   perl $scripts...

问题 结合转录组分析时，查找GEO号后没有EXCEL下载，只有一个压缩包，里面有三个TXT格式的数据，请问是物种的问题还是别的原因，如果没有问题，这三个txt该如何取舍，谢谢。

问题 老师您好，请问使用mapman软件时为什么在网上下载的mapping文件中的identifier和我的基因id号会对不上呢?

问题 使用docker 镜像中的plink软件跑PCA Admixture 分析时都遇到以下类似报错 segmentation fault(core dumped) 请帮忙解答.

文章 群体结构分析structure原理

...为K值。那么我可以预设群体亚群数等于1~n，即K=1~n。那么软件就会模拟在K=x的情况下，使用贝叶斯算法推算群体是如何分群的，以及每个个体的血统构成是如何的。例如下图，就是在蚕重测序文章中假设群体结构数的先验值K=2~4...

文章 TCGA数据库中癌症最新缩写中英文对照表获取方法 Project号 与癌种之间对应关系

...ical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma 宫颈鳞状细胞癌和宫颈内膜腺癌 TCGA-CHOL Cholangiocarcinoma 胆管癌 TCGA-LCML Chronic Myelogenous Leukemia 慢性粒细胞性白血病 TCGA-COAD Colon adenocarcinoma 结肠腺癌 TCGA-ESCA Esophageal carci...

问题 基因家族共线性绘图时

运行程序时出现下列问题： AT.gff格式如下： AT.collinearity格式如下： 做的是水稻的一个基因家族，用的文件（AT.gff，AT.collinearity）做基因加倍分析绘图，circos没有问题，怀疑是family.ctl，或者MADS_box_family.txt文件出现问题， ...

问题 老师您好 我在做转录组找snp用的软件是gatk，在 HaplotypeCaller call 完 没有0/0基因型这是我哪里出了问题吗

文章 TCGA SNV 体细胞突变下载

#########################################################################################################加载需要的包 ，包不存在就安装#############################################################package_list <- c("TCGAbiolinks","tidyverse","maftools")for(p in package_list){  if(!su...

文章 NCBI 10X 单细胞原始数据下载 解压注意：--include-technical

GSE189381 GSM5700357E13.5GSM5700358E14.5GSM5700359E16.5 GSM5700360P3.5GSM5700361P7.5 wget -nc https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos1/sra-pub-zq-38/SRR017/17015/SRR17015697/SRR17015697.lite.1wget -nc https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos1/sra-pub-zq-38/SRR017/17015/SR...

文章 Linux 服务器 安装Jupyter notebook 并开启远程访问

...2. 创建密码使用python中的passwd()创建密码，终端输入ipython打开ipython并输入:In [1]: from notebook.auth import passwd In [2]: passwd() Enter password: ****** Verify password: ****** Out [2]: 'sha1:...' 复制Out [2] 显示的密码（'sha1:...' 包括引号）。新版notebook7 ...