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文章 多基因间共线性及局部基因水平的共线性

... Tcacao_233_cds.fa.gz cacao.cds $ python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=Name Tcacao_233_gene.gff3.gz -o cacao.bed 2.共线性搜索 $ python -m jcvi.compara.catalog ortholog peach cacao --cscore=.99$ python -m jcvi.compara.synteny screen --minspan=30 --simple p...

文章 如何将ENSEMBL ID转换成Gene ID(ENTREZID)或者Symbol

...YMBOL"), keytype="ENSEMBL")'select()' returned 1:many mapping between keys and columns> dim(list)[1] 29140 3> head(list,5) ENSEMBL ENTREZID SYMBOL1 ENSG00000121410 1 A1BG2 ENSG00000175899 2 A2M3 ENSG00000256069 3 A2MP14 ENSG00000171428 9 NAT15 E...

文章 投稿时-SCI期刊文章中图片大小如何设置

... 原文地址:https://www.elsevier.com/authors/author-schemas/artwork-and-media-instructions/artwork-sizing TARGET SIZEImage widthPixels at 300 dpiPixels at 500 dpiPixels at 1000 dpiMinimal size30 mm (85 pt)3545911181Single column90 mm (255 pt)1063177235431.5 column140 mm (397 pt)16542756551...

文章 indel vcf文件转化为SNPT输入文件

...                     ) or &USAGE;&USAGE unless ($infile and $out);sub USAGE {#        my $usage=<<"USAGE";Program: $0Version: $version==================================================================================================Discription:        This script is u...

文章 NCBI上传高通量测序数据到SRA数据库 aspera 支持续传

...x-linux-xx-release.sh 安装到自己的home目录下面: Aspera CLI in the ~/.aspera/cli directory. 2. 添加环境变量 $ export PATH=~/.aspera/cli/bin:$PATH 3. 添加说明文档,然后就可以使用了: $ export MANPATH=~/.aspera/cli/share/man:$MANPATH 下面是使用说明...

文章 perl语言标量SCALAR

...符 取消字符含义:   取消$的变量标识       print "the \$var is $var \n";   取消双引号"             print "A quote \" in a string \n";   取消反斜杠\            print "A quote \\ in a string \n"; \nnn (n表示数字)   八进制表示的 ACSII...

文章 生成OTU方法如何选择,OTU/ASV?

...Sequence Patterns 2.UNOISE2: improved error-correction for Illumina 16S and ITS amplicon sequencing 3.DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data 此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,有兴趣可以了解一下: 1.docker 生物信息工具安装...

文章 怎样提高论文投稿命中率?这些“潜规则“你一定要知道!

...: 这篇论文是2016年4月发表在Physica A: Statistical Mechanics and its Applications上。 (学霸姐姐内心os:看到没,又是4月,请叫我神算子。。。) 感兴趣的朋友可以自己去看一下,这篇文章有详细的数据分析,还算是一个比较严谨的一...

文章 subset_column.r 根据ID列表,取对应列的数据:

...IDoptional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i input, --input input                        input matrix data [required]  -m idlist, --idlist idlist                        input column ID list ,default first column [required]  -c col...

文章 HKT 基因家族分析-家族成员只有个位数10个以内该如何发文

...家族成员,完成基因家族分析:     杂志:Ecotoxicology and Environmental SafetyIF: 3.9 HKT基因家族成员在9个物种中的鉴定流程 进化树分析-分类 通过MEGA进行多序列比对,HKT家族成员根据序列相似性分为5大类 基因结构-Motif分析 ...

文章 利用vcftools分析玉米和大刍草基因组区域或基因区域是否受到选择

...查看一些基因区域是否选择,非常有代表性。文章发表在the plant journal 上,题目:A common resequencing-based genetic marker data set for global maize diversity 数据下载来源: https://ars-usda.app.box.com/v/maizegdb-public/folder/189779501832, 该数据把每个...

文章 基因组重复序列分类 转座子

...转座子讲解视频: https://dls.ym.edu.tw/course/hb/lec07-chromosome-and-genome.html https://www.youtube.com/playlist?list=PLubKl2ZLAkpp-LLpS1SUbXjLR7LZf0I9E

文章 华西博士3年发46篇SCI论文,论文高产的秘诀你知道吗?

...l research 16篇,其它Comments 9篇,Meta分析10篇,另有letter to the editor若干。 平均下来,每篇大概是2~3分的影响因子, 总体来看,邓博士基本上走的是低分高产的路线, 但是,能发表这么多真的也是不容易呀, 平心而论,很多童...

文章 fastqc质控报告查看

...&courseId=1005231058 2.Basic Statistics Filename:文件名 File type: 文件类型 Encoding:测序平台的版本和相应的编码版本号 Total Sequences: total reads的数量 Sequence length: 测序长度 %GC: GC含量,表示整体序列的GC含量,由于二代测序GC偏好...

文章 某网络小说作者:我要去发篇Nature了,小说停更。。。。

...2-4分之间挑选了3个,希望对大家有帮助。 1,Biochemical and Biophysical Research Communications,简称 BBRC IF: 2.559 (连续5年基本都在2.5左右) 中国来源稿件:42.56%(友好但没泛滥) 生物化学与分子生物学(4区) 版面费:可以选择不OA就不用付...