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问题 老师您好！我在使用ParaAT是报错，提示Generating homologous group files for alignments: 0，请问这个如何解决？

...ultiple sequence aligner = muscle Output format = axt Genetic code = 1-The Standard Code  KaKs_Calculator used = FALSE Remove gap = FALSE Remove mismatched codons = FALSE Verbose output = FALSE Reading homologous groups from homo_pairs.txt1: 100 groups Reading nucleotide sequences f...

文章 GATK ERROR MESSAGE

... ERROR MESSAGE: Bad input:We encountered a non-standard non-IUPAC base in the provided reference: '10'， 检查了输入文件也没有发现问题在哪，一直没有找到原因。后来在网上查了一下了问题可能是参考基因组序列文件编码格式有问题。然后我试着改...

问题 基因组注释Braker里面的报错

...t;/work/work/genome_annotation/03.Braker/braker/errors/GeneMark-ET.stderr The most common problem is an expired or not present file ~/.gm_key!” 更新了gm_key文件还是同样的报错

文章 如何预测CpG岛

...gff-version 3##sequence-region Gbar_A01 1 115039178#!Date 2024-05-17#!Type DNA#!Source-version EMBOSS 6.5.7.0Gbar_A01        cpgplot sequence_feature        25906   26237   .       +       .       ID=Gbar_A01.1Gbar_A01        cpgplot seque...

问题 GATK 将VCF文件导入db出现问题

...------------------------------------14:56:31.556 INFO  GenomicsDBImport - The Genome Analysis Toolkit (GATK) v4.4.0.014:56:31.556 INFO  GenomicsDBImport - For support and documentation go to https://software.broadinstitute.org/gatk/14:56:31.556 INFO  GenomicsDBImport - Executing as root@ed01a5f7c...

文章 病毒衍生的small RNAs： 宿主与病毒互作的分子“证据”

...体可以被宿主的不同抗病毒途径RNA decay、RNA interference、 and RNase L pathways识别并降解，从而产生大量的病毒衍生小RNA（Virus-derived small RNAs）。这些小RNA具有反映其来源的分子特征。首先，可以使用小RNA来组装病毒序列并识别它们...

文章 2022年基因家族第1篇—大型动物基因家族分析怎么写？！

...Bos Indicus (19), Bos grunniens (19), Bos mutus (19), Bubalus bubalis (19) and Bison bison bison (18)，不同牛基因组中Wnt家族数量稍有差异。下图为s Bos taurus中Wnt家族基因详细信息。 2. Wnt蛋白家族基因进化及结构分析 作者用19个牛Wnt家族基因保守...

文章 FGF21突变让你吃多甜食也不发胖？

...gar Intake Is Associated with Body Shape, Lower Total Body-Fat Percentage, and Higher Blood Pressure[J]. Cell Reports, 2018, 23(2): 327-336.

文章 BiocManager::install("seqinr")时报错

...source* package ‘Rcpp’ ... ** package ‘Rcpp’ successfully unpacked and MD5 sums checked ** using staged installation ** libs g++ -std=gnu++14 -I"/share/work/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/include" -DNDEBUG -I../inst/include/ -I/share/work/biosoft/zlib/include -I/share/work/biosoft/bzip2/bzip2-v...

文章 p值还是 FDR ?

...设计了几种不同的估算模型。其中使用最多的是Benjamini and Hochberg方法，简称BH法。该方法分两步完成，具体如下：  2.1  假设总共有m个候选基因，每个基因对应的p值从小到大排列分别是p(1),p(2),…,p(m)  2.2  若想控制FDR不能超过q...

文章 deepseek绘图之--多组学相关性热图

...on")# 绘制热图corrplot(  correlation_results,  method = "circle",  type = "full",  tl.col = "black",  tl.srt = 45,  diag = FALSE  # 交叉矩阵无对角线意义) 更多生信课程：

问题 请问为什么GWAS用tassel mlm模型画的manhattan图什么都没有呢 也没有报错 能生成一个什么都没有的图片 只有坐标和题

...nicle_manhattan -c 1.3e-6 --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: www.omicsclass.com --> Recommended to learn R language: --> https://study.163.com/course/introduction/1209073807.htm?share=1&shareId=1030291076 Loading required package: ggplot2 input chromosome nam...

文章 怎么得到基因组之间的结构变异结果？​

... 3. plotsr 绘图： # 整理绘图config文件 echo -e "##ft = File type (fa:fasta/cl:chromosome_length, default = fa. cl files are fasters)##lc  =  line colour##lw  =  line width##file  name  tagsref.fa\t参考基因组名字\tft:fa;lw:1.5genome1_standard.fa\t查询基因组名字\tft:f...

问题 cc1plus: error: unrecognized command line option "-std=gnu++11"

...rce* package ‘later’ ... ** package ‘later’ successfully unpacked and MD5 sums checked ** using staged installation Running configure script -latomic linker flag not needed. ** libs g++ -std=gnu++11 -I"/share/work/biosoft/R/R-v3.6.1/lib64/R/include" -DNDEBUG -pthread -DSTRICT_R_HEADERS...

文章 华大stereo-seq 添加上底片转换成10X格式方便scanpy和seurat读入分析

...criptomics \    --kit-version="Stereo-seq T FF V1.3" \    --sequencing-type="PE75_50+100" \    --chip-mask=./C04042E3/fastq/C04042E3.barcodeToPos.h5 \    --organism=mouse \    --tissue=brain \    --threads-num 20 \    --fastqs./C04042E3/fastq \    --reference=/share/ref/Mus_musculus/...