问题 log2 (FPKM) 画热图

已经有了基因在根、茎、叶中的表达数据，想根据FPKM值来绘制热图。在处理FPKM值时遇到问题：log2 (FPKM) 是指以2为底数，算这个值吗？还是以10为底数，2倍FPKM来算值？请知道的同学或老师帮忙回答一下，谢谢大家~

问题 各位老师好，我买了你家的基因家族的课程，我咨询一下几个问题：（1）我分析NBS-LRR基因家族，其中CC结构域没有hmm文件，你们分享的文献中说用Paircoin2软件，我想问一下，这个软件怎么使用；（2）我用figtree美化进化树，为什么树枝上的Bootstrp是小数，而不是MEGA建树中的整数。

问题 单细胞测序数据分析#相同细胞不同处理之间差异B细胞差异时报错

...p FindMarkers.deg.B  --group.by   "stim"   --ident.1 "stim"  --ident.2 "ctrl"    --subset.ident "B" \  --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25  后报错：Error in DESeq2DETest(data.use = data.use, cells.1 = cells.1, cells.2 = cells.2,  :    Please install DESeq2 - learn more...

问题 变异结果过滤，gatk VariantFiltration

...00左右（图1），我看课程演示里能达到几万到十几万（图2），导致我跑完这一步需要花上一个月左右，是我服务器性能方面的原因吗？这一步我分配了500g内存。（图1） （图2）

文章 docker 报错 error during connect: In the default daemon configuration on Windows,

...uration on Windows, the docker client must be run with elevated privileges to connect.: Get "http://%2F%2F.%2Fpipe%2Fdocker_engine/v1.24/images/search?limit=25&term=omicsclass": open //./pipe/docker_engine: The system cannot find the file specified. 是因为docker没有打开，打开一下...

问题 运行mcmctree报错

11.time_tree_BV_2.sh.o 日志文件显示如下 ————————————  mcmctree mcmctree1.ctl >run1.o 日志文件显示如下： PAML 软件中的 MCMCTREE 工具， finetune 参数现在已经被废弃了。 ————————-—— mcmctree mcmctree2.ctl > run2....

问题 用R包TCGAbiolinks下载TCGA的miRNA数据报错

执行代码GDCdownload(query = query, method = 'client', directory = DataDirectory)，R会先从GDC官网下载gdc-client工具压缩包，接着就报错了： Error in unzip(basename(bin)) : zip名字参数不对 然后我把method换成api，也报错了： Error in GDCdownload.aux(server, ...

问题 泛基因集执行命令时，由syn.txt文件到最后output.txt和final.last.gene.pair.txt文件生成时会丢失一些基因吗？我做自己的物种分析时发现丢失了一些基因，是什么原因？这正常吗

...三段命令 # 匹配位置信息 awk 'NR==FNR{a[$4]=$0;next}NR>FNR{if($2 in a)print a[$2]}' all.bed output.txt \  | awk '{ print $1"\t"$2"\t"$3}' | sed "s/_/\t/g" | paste output.txt - > last.gene.pair.txt     # 把第二列的前缀去掉 awk '{split($2, a, "_"); $2 = a[length(a)] " " $3;...

问题 基因表达量的相对表达

老师您好，我想做的是组织的基因的相对定量表达，按照2^-ΔΔCt法(Livak法)计算出倍数后，想分析这个显著性， 因为我想做的是按照归一化法，2^-ΔΔCt这种形式的柱状图，这个显著性是实验组和对照组ct值的比较还是怎样比较啊...

问题 #提取cds 用基因的id，作为序列的id；；1.这条指令如何修改，我想保留第一个pbr013511.1，这条指令只能保留中间部分 2.提取完cds和pep后，>DAnjou后面的内容，没有基因ID，ANQ为他的gff3文件 3.同样也是提取完cds和pep之后，>后面内容无基因id；DL为gff文件

文章 Gene ID、Gene Symbol、UniProtKB等ID的转换你会么？

...ID/名称转换方法1、打开uniprot网站，https://www.uniprot.org；2、点击“Retrieve/ID mapping”，跳转页面进入ID转换界面；3、上传ID列表，选择转换类型，进行转换；4、查看并下载转换后的数据。BioDBnet基因ID/名称转换方法1、打开网站https:...

文章 MarkDuplicates 过程中报错：Value was put into PairInfoMap more than once

...由于fq文件中出现了两次这个reads，在 双端测序的1.fq 和2.fq 文件，发现了两次相同的reads。 采用下面的方法解决： 1. 过滤 samtools view -f 0x2 原始bam文件 -o 过滤后bam文件 采用过滤后的bam继续做markdup就没有问题了 2. 按照reads ...

问题 关于ka/ks报错

...在进行ka/ks计算的时候，发现输入指令/biosoft/KaKs_Calculator2.0/src/AXTConvertor dup_gene_paired1.phy dup_gene_paired1.axt，总是出现错误，zsh: no such file or directory: /biosoft/KaKs_Calculator2.0/src/AXTConvertor，应该怎么处理？我用的是咱们网站上下载的虚...

文章 windows 中的docker如何设置容器的内存与计算资源 WSL

...config ，然后记事本编辑 C:\Users\<UserName>\.wslconfig [wsl2] memory=2GB processors=2 swap=0 localhostForwarding=true memory: 表示最大使用 2GB 内存swap: 表示不设置 swaplocalhostForwarding: 默认值为 true。如果 WSL 2 VM 中绑定到通配符或 localhost 的端...

文章 p值还是 FDR ?

...ochberg方法，简称BH法。该方法分两步完成，具体如下：  2.1  假设总共有m个候选基因，每个基因对应的p值从小到大排列分别是p(1),p(2),…,p(m)  2.2  若想控制FDR不能超过q，则只需找到最大的正整数i，使得 p(i)<= (i*q)/m . 然后，...