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文章 组学大讲堂QIIME2(v1.5)镜像更新说明

...学大讲堂提供的扩增子分析docker镜像(v1.4)使用的qiime2 版本为:Qiime2.2020.8版本。目前qiime2的最新版本为2022.8,相较于2020.8版本有很多大的更新,更新信息如下: 扩增子docker镜像更新说明 为使大家使用上最新的qiime2软件,我...

问题 老师您好,我在参考基因组建立索引时,系统报错说有1700个基因区域没有ORF,但是我的参考基因组和注释文件都是从文献链接里下的,知是否会影响我的后续关于群体进化的分析呢?

文章 python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性

...析: 好了,到这里我们就结束了,想了解MCscan python版本的更多内容,可以查看MCscan 官网:https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version) 6. 共线性结果说明 1.基因组共线性详细结果文件,过滤掉可靠的共线性区块...

问题 运行WGCNA代码时出现下图报错,下packageGO.db显示版本对,是支持最新版本吗。这一步解决无法进行下面所有操作,请问老师如何解决

问题 基因组数据版本更新导致无法根据旧的蛋白ID或基因locus提取相应序列,如何解决?

...),已经无法匹配现有的蛋白序列文件(下图右)了,老版本蛋白序列文件已经删除,只剩cds和gff文件。 新版本的基因和蛋白ID命名与老版本相比已有较大改动,感觉联系是很大。(基因组网站是文献给出的) 请问在这种...

问题 基因家族分析,用CDD确认结构域的时候,根据统计的表格,怎么找到那些未匹配到相应结构域的基因或者序列是哪个?

如截图中表格,有一个没有含有目标结构域,那这个基因怎么被快速找到呢?

问题 stringtie分析后没有基因名字

在用stringtie进行转录本组装拼接定量后,从服务器上下定量后的文件t_data.ctab文件,打开后发现gene_names一列没有基因名字,在R中用ballgwon包进行差异基因筛选后发现,同样没有基因名字,这是为什么呢?我的参考基因组和注释...

文章 GATK 4.4.0报错“ A JNI error has occurred, please check your installation and try again”

...,请检查安装并重试。 出现报错的原因: 1. javac与java版本同所致,可以采用以下方法进行检查。如果真的一致就安装或者指定一个一致的。 javac -versionjava -version 2. 安装了多个版本的JDK,可以把匹配的都卸了,留...

文章 VScode文档列对齐插件-code alignment

VScode有一个文档列对齐的插件: 该插件可以根据同的符号,甚至正则表达式作为列分割符号实现文档的列对齐,对于文档阅读很友好,下地址: https://marketplace.visualstudio.com/items?itemName=cpmcgrath.Codealignment 插件同符号...

问题 老师,你好!

...种目前参考基因组刚刚公布,转录组和全基因组的id并匹配。我准备做的是WRKY家族,现在打算是用拟南芥钓出来的我的物种的WRKY蛋白序列(全基因组),然后用我的WRKY蛋白序列再去转录组蛋白序列中钓WRKY蛋白序列,用钓到的...

问题 docker支持Windows11版本

文章 eclipse当中R插件StatET安装

1.StatET插件来源及安装要求: 官网地址:http://www.walware.de/ 插件地址:http://download.walware.de/eclipse-4.6 2.安装步骤: 手动添加地址安装,点击菜单栏 help>Install New Software: 选中要安装的插件: 然后就可以安装完成。 3....

问题 老师,请问我在cytoscape中使用conet插件绘制互作网络图,我上传了两个文件,第一个文件是图一,第二个文件是图二,我想用OTU的ID号做分析相,想做门水平的细菌,第二个表是抗性基因的数据,想观察抗性基因和门水平菌的共现性网络。但是总是显示报错,请问您知道大概有什么原因吗?

文章 教你在线绘制circos图-简单!

...件的安装和使用稍微有一点麻烦。其实,circos图也是可以在线绘制的,这样就简单多了!一起来了解一下吧! 在circos官网(http://circos.ca/)的最右方有个“CIRCOS ONLINE”选项,这里可以实现在线绘制部分circos图。 打开后界面如...

问题 CoNet和cytocluster这两个APP的插件

能传我CoNet和cytocluster这两个APP的插件吗,我的电脑没法下