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问题 老师，您好！我在用-SortGenotypeFilePlugin排序vcf文件时，得出来的文件比原始文件小很多。

...93InsertionPos:0Name:SHIC_SCAFFOLD_9_117578893Variants:G/AMAF:NaNRef:G out of order.

文章 文本种单列数据频数统计

...test.txt |sort|uniq -c      3 A      1 B      1 C      2 D      1 DF      1 E      2 F      4 G      1 R      1 V

问题 泛基因家族分析执行循环时报错

 cat ../id.txt|while read ind;do > hmmsearch --domtblout ./${ind}.2_hmmerOut.txt --cut_tc ./2.hmm ./${ind}.gene.pep.fasta

问题 测序数据比对

...q的压缩文件，这和课程中相比没有.gz后缀是否有区别？ 2.利用cleandata可以直接bwa比对吗，不再做课程中讲的质控/ 3.由于是120个样本，所以数据是120个文件夹名为（W1A-W120A），每个文件夹里面包含了两个测序数据文件-1.fq和-2.fq(...

问题 我使用的服务器，由于文件很多，在使用FOR循环的时候一直出错，老师可以帮忙看一下是哪里有语法错误吗？

/public/singularity exec /public/reseq.sif  for i in FP180000114BR_L01_142 FP180000114BR_L01_143 FP180000114BR_L01_144 FP180000114BR_L01_146 FP180000114BR_L01_147 FP180000114BR_L01_148; do  echo "RUN CMD: fastp --thread 30 --qualified_quality_phred 10 \     --unqualified_percent_limit 50 \ ...

问题 conet构建网络图参数设置

...lt;0.01) detected with both methods (Pearson and Spearman) were included into network analyses to minimize false-positive correlations. ”结果部分提高“A Procrustes analysis based on bacterial OTUs and ARG abundancesshowed that ARGs significantly correlated with the bacterial community comp...

问题 Fam_genelist中基因个数超出了所有的鉴定的数据

...PAV文件中不同的fam号对应了同一个基因后，我检查我在32个材料中共鉴定了12359个基因，但生成的Fam_gene.list文件中基因总数为12436 我尝试了重新跑perl $scriptsdir/PAV_list.pl -pangenel apple.WRKYgene.pan-genes.list -spid new_id2.txt -unigenel apple.WRKYg...

问题 想请教一下，如果在stringtie定量后，得到的某基因有多个转录本，那么它的定量结果，即FPKM值应该如何取舍？

...835     3860     1000     -    .     gene_id "STRG.20"; transcript_id "STRG.20.1"; cov "13.755408"; FPKM "2.461453"; TPM "1.513562";FAN_iscf00000040.1     StringTie     exon     1835     2465     1000     - .     gene_id "STRG.20"; transcri...

问题 在做叶绿体组装时，出现了如下错误，该如何解决呢

OSError: [Errno 122] Disk quota exceeded      60      61 Total cost 493.19 s      62      63 ##############################      64 For trouble-shooting, please      65 Firstly, check https://github.com/Kinggerm/GetOrganelle/wiki/FAQ      66 Secondly, check if there are o...

文章 TCGA-ceRNA网络构建

...差异表达分析，获得差异表达的分子，进行下游的分析 2. miRNA靶位点预测：分别预测一下差异表达的miRNA 能调控哪些差异表达的lncRNA,和编码蛋白的基因。 有了上面的两个分析，基本上就可以构建ceRNA调控网络。但是也有几个问...

问题 用perl脚本提取顺势作用元件的序列是显示zsh: killed ，是因为内存不够吗？

...参考基因组分析，做到提取基因的上游1500bp时，显示out of memory,然后我修改了虚拟机内存，再运行还是同样问题。于是我想可能是小麦基因组太大，所以我单独提取了每条染色体上基因家族的位置信息，有单独下载了每天染色体...

文章 安装R包报错C++17

再安装R包是遇到以下报错，解决方法记录一下。 这个是GCC版本问题;设置一下用新版本就行了;这个在终端运行;立竿见影。 #module load GCC/7.2.0-2.29 然后: mkdir -p ~/.R echo 'CXX17 = g++ -std=c++17 -fPIC' > ~/.R/Makevars

文章 BWA mem比对报错 paired reads have different names 解决

...列比对时出现：[mem_sam_pe] paired reads have different names: "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:2582:12633:UMI_AAT_GTA", "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:1624:12633:UMI_CGG_GTA" 相同行出现非paired reads情况，导致比对出错 问题解决：采用bbmap进行fastq文件的修复 1.软件...

文章 使用R包(VennDiagram)进行韦恩图绘制时相关参数调整

...组数据为例，下同)filename = NULL， #指定不输出到屏幕lwd = 2，#圆形边的宽度alpha = 0.75，#着色透明度cex = 2，#区域内部数字的大小cat.cex = 2，#类名称(区域的label)字体大小cat.col = c("cornflowerblue", "darkorchid1")，#类名称颜色cat.pos = c(-15, -...

文章 电脑连接了无线网却显示无internet连接的解决

...win + R 输入  service.msc，唤起任务管理器的服务界面   2. 找到这三个选项进行重启 方法二： 1. 右下角wifi选项点击该wifi的属性选项 2. ip设置界面选择编辑，改成手动 3. IPv4进行编辑： IP地址需要选择一个无其他...