...师，您好，在学习《动植物基因组组装与注释分析实操》中的基因组重复序列注释时，想确认两个问题： （1）为什么不直接用genome.fa做注释，而是先用contig.fa做注释，然后再用liftOver将contig repeat GFF 转换成 genome repeat gff？ （2...
...玩能学的学生。学霸之类的就不要来找我了，我很惭愧带不了你。” 还有： 图：来源于西南交通大学官网 天呐，这种搞笑幽默有趣还爱玩游戏的导师，我也想拥有！ 表面上说自己成果寥寥，其实手上项目一堆，还主持过面...
... 通过名称获取sheet table = data.sheet_by_name("sheet") # 返回book中所有sheet的名字 names = data.sheet_names() # 传入索引或sheet名检查某个sheet是否导入完毕 table.sheet_loaded("sheet") table.sheet_loaded(0) # sheet名 table.name # sheet列数 table.ncols # sheet行...
...期刊：International Journal of Biological Macromolecules（IF=6.953，中科院分区：2区），下面我们一起看看这篇文章内容。 文章简介 海藻糖在植物的代谢、生长发育和抗逆性等方面发挥着重要作用，而海藻糖-6-磷酸合成酶(TPS)和海藻糖-6-...
我组装的这个物种的基因组大小为 400 Mb，一共12条染色体，在 划分GROUP的时候，其中第一条GROUP很长，有 395 Mb，其余都很小。如下： 1. sample.clean.counts_GATC.12g1 394863216 2. sample.clean.counts_GATC.12g10 160144 ...
...渐有取代reshape2包之势, 是值得关注的一个R包。 在tidyr包中，有四个常用的函数，分别是： gather()：宽数据转换为长数据，将行聚集成列spread()：长数据转换为宽数据，将列展开为行unite()：多列合并为一列separate()：将一列分离...
docker run --rm -v /home/us180/gene-family:/work -it omicsclass/gene-family:v2.0
...做所有差异分析 使用方法： docker pull omicsclass/rnaseq:v2.0docker run -it -v ~/rnaseq:/work omicsclass/rnaseq:v2.0 如果需要用到最新的软件分析数据可以使用这个2.0版本的镜像，老用户重新下载示例数据压缩包 课程链接：https://bdtcd.xe...
下图是KaKs Calculate的运算结果。Ks中有一个大于1的数。 这是Ks的定义式，根据这个公式，怎么会得出大于1的数呢？同义突变率大于100%，是这个意思吗？还是我理解错了？
老师您好，重测序中绘制circos图出现问题，查阅其他同学的提问但是没看懂怎么解决，尝试将ref文件中的fai文件的其他不相关染色体给删掉后还是出现这样的情况，其中有个问题老师您回答“基因组没有组装到染色体 ，这个图...
老师您好！在一篇分析单个基因和免疫关系时TIMER，MCP-counter，EPIC和quanTIseq， ESTIMATE，ssGSEA这几个应该怎么用，可以选择哪几个组合吗？
老师，请问我在cytoscape中使用conet插件绘制互作网络图，我上传了两个文件，第一个文件是图一，第二个文件是图二，我不想用OTU的ID号做分析相，想做门水平的细菌，第二个表是抗性基因的数据，想观察抗性基因和门水平菌的...
...转录组数据以及eQTL遗传变异数据来筛选类风湿性关节炎中潜在的致病T细胞标志基因。 类风湿关节炎(RA)是一种常见的自身免疫性疾病，全球约有0.5%–1%的人口患有该病。RA的发病机制尚未阐明，仍缺乏有效的治疗方法。T 细胞调...