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文章 TCGA数据库中应该下载哪种表达量数据HTSeq-Counts，HTSeq-FPKM，HTSeq-FPKM-UQ

...alculation normalizes read count by dividing it by the gene length and the total number of reads mapped to protein-coding genes. Upper Quartile FPKM The upper quartile FPKM (FPKM-UQ) is a modified FPKM calculation in which the total protein-coding read count is replaced by the 75th percentile read...

文章 bioperl批量计算蛋白质分子量等电点pI

...:pICalculator;use Data::Dumper; #读入序列 my $in = Bio::SeqIO->new(-file   => "$ARGV[0]",-format => 'Fasta');open OUT,">$ARGV[1]" or die "$!";print OUT "#ID\tlength\tMV(Da)\tpI\n";my $calc = Bio::Tools::pICalculator->new(-places => 2,-pKset => 'EMBOSS');#逐条读取序列...

文章 群体进化和GWAS文章没那么难发！

...析了三个性状的关联结果（100-seed weight、Plant height 、Days to 50% ­flowering）。 04 在讨论部分，作者对遗传多样性的分析结果和性状关联结果进行了多方面的讨论，也对接下来的研究进行了展望。最后也进行了总结性的概括。这...

问题 建立索引时报错，有很多关于mRNA的错误输出文件为部分为0KB

... seq and strand RUN CMD: retrieve_seq_from_fasta.pl --format refGene --seqfile elepant_grass_genome.fa  unknown_refGene.txt --out unknown_refGeneMrna.fa NOTICE: Reading region file unknown_refGene.txt ... Done with 4143 regions from 1 chromosomes /public/home/majieyu/perl5/ppgwas/reseq/reseq_dem...

文章 Clustal Omega多序列比对使用方法（命令行及在线网站）

...的二进制可执行文件就行了。 网址为：https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/ 2.软件的基本用法 clustalo -i seq.fasta > align.fa -i 指定输入的序列文件，默认输出结果打印在屏幕上，可以重定向到指定文件中。该软件支持多种格式...

文章 基因家族分析--低成本SCI文章思路

...元件预测，利用在线工具（http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/）搜索了Hsp20基因家族成员启动子区域的顺式作用元件，发现StHsp20s除StHsp20-41外至少具有一种与胁迫相关顺式元件 6、利用转录组数据对Hsp20基因家族成员进...

文章 DevOps 从理论到实践指南

...定义 DevOps 就是一个争论不休的话题。 这篇文章，CORNERSTONE认为基本诠释了 DevOps 的定义：DevOps 是什么不是什么 如果你没有耐心把这篇文章看完，维基百科还给出了一个太长不读版： DevOps (a clipped compound of “development” and “o...

文章 非小细胞肺癌（GSE148071）

...et -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE148071&format=file" -O GSE148071_RAW.tartar xvf GSE148071_RAW.tar 数据map.txt 准备： GSM4453576 P1 71 female LUSC advanced GSM4453577 P2 62 male LUAD advanced GSM4453578 P3 67 male LUSC advanced GSM4453579 P4 58 male LUSC advanc...

文章 非小细胞肺癌 （GSE139555）

...et -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE139555&format=file" -O GSE139555_RAW.tartar xvf GSE139555_RAW.tarcat map.txt|while read g s p;do  mkdir $p  cd $p  ln -s ../${g}_$s-$p.matrix.mtx.gz matrix.mtx.gz  ln -s ../${g}_$s-$p.barcodes.tsv.gz barcodes.tsv.gz  ln -s ../${g}_$s-...

文章 OthroFinder-物种同源基因分析工作原理

...ult = fasttree] Options: iqtree, fasttree, raxml-ng, raxml     -s <file> 用户提供的有根物种树     -o <txt> 非默认的结果文件路径     2.3 运行命令 orthofinder -f ./ -S diamond -M msa -A mafft -T fasttree -t 20     -f是输入文件所在路径，...

文章 win7使用“远程桌面连接”连接到另一台计算机

https://support.microsoft.com/zh-cn/help/17463/windows-7-connect-to-another-computer-remote-desktop-connection 使用远程桌面连接，你可以从运行 Windows 的计算机连接到另一台运行 Windows 的计算机，条件是两台计算机连接到相同网络或连接到 Internet。例...

文章 如何计算蛋白序列的长度、分子量、等电点等信息

...Data::Dumper;#读入序列my $in = Bio::SeqIO->new(        -file   => "$ARGV[0]",        -format => 'Fasta');open OUT,">$ARGV[1]" or die "$!";print OUT "#ID\tlength\tMV(Da)\tpI\n";my $calc = Bio::Tools::pICalculator->new(-places => 2,-pKset =>...

文章 VG 泛基因组call 变异

#this script report the commands used to call variants from the 16 Illumina WGS barn swallow individuals.#for steps 1-3, this github solution was followed: https://github.com/vgteam/vg/issues/3411#for steps 4-9, the section "Calling the graph by first splitting into components" of this tutorial was ...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE146771)

...6771 \ --nUMI.min 500 \ --nUMI.max 50000 \ --nGene.min 250 \ --mito.gene.pattern "^MT.*-" \ --percent_mito 2 \ -o 01.qc \ -p GSE146771 --metadata metadata.tsv.gz #单细胞聚类分群分析 # 由于 smartseq数据输入的为TPM数据，已经做了标准化，这里不需要No...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-CRC直肠癌(GSE178341)

...295v4_submit_metatables.csv.gz #合并数据 Rscript $scripts/merge_tsv_files.r -i GSE178341_crc10x_full_c295v4_submit_metatables.csv.gz GSE178341_crc10x_full_c295v4_submit_cluster.csv.gz --sep "," -b cellID sampleID -p metadata zcat metadata.tsv.gz|awk 'NR==1|| $2=="T"'|gzip - >met...