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文章 使用AI批量统计fastq文件的测序量

我的文件夹下面几十样本的双端测序数据,需要进行数据量的统计,让AI帮我批量编写代码整理一下: AI误解了统计数据量的意思,我需要的是统计碱基数而不是统计reads条数,于是我和deepseek重新正确的描述了一下我的要求...

文章 在使用miRDeep进行miRNA预测的时候报错

运行命令:Rhi_mature.fa 是物种miRNA成熟序列;Rhi_hairpin.fa 是物种miRNA前体序列; perl miRDeep2.pl Total_reads_collapsed.fa GCA_000334115.1_Rhisol_AG1IA_1.0_genomic.fa Total_reads_collapsed_vs_genome.arf none -d  -g 100000 -l 500  -m 11 -v -P -n d 报错: The debug file ...

问题 我研究的物种没有基因组,能做基因家族分析吗?

最近做了转录组实验,导师让我加点基因家族的东西进去,增加点分析内容,可是我们研究的物种没有参考基因组啊,网上的资料都是基于有参考去分析的。

问题 CombineGVCFs报错:htsjdk.samtools.SAMFormatException: Did not inflate expected amount

老师们好,我最近在合并300份样品的gVCF,但是遇到了如题目所示的问题。 我的重测序物种染色体较长,我将每条染色体按350000000bp+剩余长度进行了分段,并分染色体进行gVCF合并。目前,只有一条染色体出现如题所示的问题(...

文章 GEO数据挖掘生物信息文章解读(拟南芥重金属)

...述分别是多少了。 查找共同的关键基因:作者用了一RRA的分析方法用于查找11组数据中差异基因中关键的基因。该方法简单介绍:每基因在每实验中按照表达量进行秩次排序,如果不是关键基因理论上应该是随机排序,...

问题 R脚本画相关性散点图时报错

...脚本画图时,提示报错如下 Error in `[.data.frame`(metadata, , opt$cor_name) : 选择了未定义的列 Calls: print ... scales_add_defaults -> lapply -> FUN -> [ -> [.data.frame 我的数据为两列污染数据,类似: 已转为tsv格式 源代码如下: #!/usr/bi...

问题 我之前看了课程说是不做进化树,但是在这图片中的代码中,直接把进化树文件删了之后,我就是t后面的删掉,a多样性和b多样性就做不了了,结果是空的…

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-BCC 基底细胞癌(GSE123813)

...的代码就可以照抄分析,提高分析数据效率,今天是第1数据,后续还有数据慢慢给大家分享: 数据介绍: BCC 基底细胞癌(GSE123813),NCBI GEO数据下载地址: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE123813。 这数据作者...

文章 TCGA数据库介绍

...CGA),通过收集整理癌症相关的各种组学数据,提供了一大型的,免费的癌症研究参考数据库。试图通过应用基因组分析技术,特别是采用大规模的基因组测序,将人类全部癌症(近期目标为50种包括亚型在内的肿瘤)的基因...

问题 isoseq3分析lima去除测序引物问题

...m primers.fasta test.demux.ccs.bam --isoseq --no-pbi  有谁能给我建议问题在哪里吗? 谢谢! 静静

文章 vcf文件annovar的注释结果绘制瀑布图maftools分析

1.vcf文件annovar注释: table_annovar.pl  154.raw.somatic.vcf.gz   humandb/hg38/ -buildver hg38 -out  154 -remove -protocol \ refGene,cosmic70,nci60,esp6500siv2_all,clinvar_20210501,1000g2015aug_all,1000g2015aug_eas,1000g2015aug_sas,avsnp150,gwasCatalog,ljb26_all,cytoBand,dgvMerged,phastConsE...

问题 根据蛋白质序列的批量Go注释和富集

如题, 已经筛选得到了一批蛋白质序列,其分别属于六物种的不同基因家族,有fasta文件,基因的ID是基因组注释locus_ID,david识别不了。很多网站只能一条条的注释,请问有没有能够应用蛋白序列批量进行注释的工具或者方...

问题 请问我按照TCGA 生存分析教程做的森林图,发现与COX多因素的结果不一致。比如说mic-320b-1,在多因素中p0.05,HR值跨过了1。怎么理解森林图的结果与COX不一致?谢谢

问题 maxquant蛋白组数据搜库报错

想请教老师一问题,我用maxquant搜CPTAC一数据库中的264文件,结果报错如下maxquantImpl has stopped working.A problem caused the program to stop working correctly, Windows wil close the program and notify you if a solution is available,不知为何,希望老师可以...

文章 如何做好项目管理,避免“计划”和“执行”两张皮?

...的计划是成功的一半。任何事情,要取得成功,离不开一科学合理的计划。在项目管理领域中,项目计划同样扮演者非常重要的角色。好的项目计划是项目实施的前提,贯穿整项目活动,它能够帮助项目经理理清整项目的...