叶绿体基因组组装、注释、建树

我的最终目的是想通过叶绿体的基因组建树,有7个体,但是组装出的叶绿体基因组其中3个不成环,CPGAVAS2没法对不成环的叶绿体基因组进行注释,而建树需要叶绿体的注释文件。请问有没有办法跳过不成环这个情况进行建树?

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