问题 基因家族鉴定

老师你好，我所鉴定的基因对应的物种的基因注释文件有1.2和2.0版本的，我用2.0版本的进行鉴定可以得到八十多条基因，但是用1.2版本的去鉴定用同样的方法却得到几百条基因，这是什么原因呢？

问题 老师好，基因家族聚类结果怎么统计每个物种这两种情况的基因数量啊，multi_ortholog:该家族在所有物种均存在，且至少在1个物种中的成员数大于等于2个；other_ortholog:该家族在至少两个物种中存在，且至少在一个物种不存在；

问题 基因家族分析时，提取cds与pep序列报错显示 no sequence

Error, no sequence for Scaffold1 at /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl line 84. 应该如何解决？代码与报错如下， 我的基因组gff文件是这样的，我看课程示例文件是ID=XX;Parent=xx,是因为这个才提取不出来吗

文章 Unicycler二代、三代混合组装

... 注意：需要自行安装依赖软件：spades、racon、pilon、bowtie2、blast、samtools、java、bcftools 二、Unicycler混合组装 组装命令 unicycler -t 50 \-1 clean_data/R1_paired.fq -2 clean_data/R2_paired.fq \-l clean_data/pacbio.fq -o unicyc 其中，-1 和 -2 指定二代...

问题 如何利用perl程序实现批量ID名称的替换？

...DEYLLHAPGGGGGDANDGQAMWGSNGIQFQQGGAANMQQAGYGFQPCITTSSSGAGMESYHLLMAPD 文件2：名称1            名称2 AtAGL28 AT1G01530 AtAGL100 AT1G17310 AtAGL65 AT1G18750 ....... 目标新生产的文件，想把文件2里的名字替换文件1里的名字：>AtAGL28MGRRKVSMGLIGNRRVRA...

文章 cytoscape软件安装与使用-绘制蛋白互作网络图

...DK安装，建议jdk 8，安装方法：https://www.omicsclass.com/article/2982.cytoscape软件下载安装，必须上一步java jdk安装完成之后才可以安装cytoscape软件，因为cytoscape软件为java软件。https://cytoscape.org/ 2.基本使用，网络图绘制，分析等等 2....

文章 qiime2 安装-使用国内镜像避免网络原因报错：

qiime2 安装Linux中安装，采用conda安装，下载qiime2官方的yml文件： wget https://data.qiime2.org/distro/amplicon/qiime2-amplicon-2024.10-py310-linux-conda.yml conda env create -n qiime2-amplicon-2024.10 --file qiime2-amplicon-2024.10-py310-linux-conda.yml 注意这里的文件...

问题 做无参转录组分析，用（讲堂课程提供的）linux系统安装/使用Trinity老有问题

...行reads拼接）老有问题，不知道为什么？？ Trinity version 2.1.1 版本可以安装上，但是运行报错，如图： Trinity version 2.10.0版本直接安装不上，报错如下： python有2.7版本（输入python显示），也有3.7版本（输入python3.7显示） 实在...

文章 TCGA 拷贝数变异下载 CNA

...区间的拷贝数的表，共6列。最后一列Segment_Mean值就是 log2(copy_number/ 2), 正常来说人是二倍体生物则此value值为0，如果拷贝数小于2（删除）则小于0，拷贝数大于2（扩增）则大于0.query <- GDCquery(project =  "TCGA-STAD",              ...

问题 老师您好，我根据您的方法从GFF信息，从基因组里提取基因的蛋白序列和 cds序列，但是显示command not found，请您看看是怎么回事呢？上面写的代码要在分析镜像2.0中进行，但是课程给我们的只有v1.0.1，不知道是不是这个原因呢？

问题 合并选择区域时出现错误，请教一下，要怎么解决呢？是不是把前面的- 删掉

...n.txt Error: Sorted input specified, but the file - has the following out of order record hic_scaffold_13100014100002.170817908590890.004903580.00525442 -0.0996961085700556FS_D selected region

问题 转录组测序数据fastq统计结果怎么看？ 双端测序怎么计算reads数量？

...比如说我要算重复1的总reads大小，是应该把YX-001-1和YX-001-2的reads相加，还是只要算一个就行了？ ②我要算本次寄生植物的总reads（重复1+重复2+重复3），是应该把6个测得的reads都相加吗？ ③假如在重复1中，双末端测序（YX-001-1...

问题 老师，您好！我在进行基因家族的分析时，在利用.aln文件获得新的hmm文件后，利用新的hmm进行hmmsearch，得到的新的domain.txt中我的目的基因的E-value的值已经达到2.2，是不是可以说明我的目的基因不属于我现在分析的这个家族？

问题 请问老师用McscanX做基因组内共线性分析，在准备family.ctl文件时，对染色体编号有撒要求没，我的染色体编号中还有chrA01,chrC01，以及chrA01_random,以及 chrAnn_random，我看有人说染色体编号只能有2个字母加数字，谢谢！

问题 各位老师好，按照组学大讲堂的方法，blast手动方法查找，得到的基因对都只符合1，两个基因相似度大于75% 2，比对长度大于75%（相对于较长的基因），但是都不符合基因在同一条染色体且距离小于100kb，请问得到的这些基因对是什么？应该不是串联重复基因吧？谢谢