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文章 在使用miRDeep进行miRNA预测的时候报错

...e.arf none -d  -g 100000 -l 500  -m 11 -v -P -n d 报错: The debug file is called error.output.mrd_04_09_2023_t_17_09_26 查看 error.output.mrd_04_09_2023_t_17_09_26 报错文件: > The candidate has been discarded because the structure is inconsistent with Dicer processing: no matu...

文章 ggplot2图片保存

... https://www.omicsclass.com/article/92   的图片保存为例 pdf(file = "p.pdf",width =12,height = 9)print(p)dev.off()png(filename = "p.png",width = 1200,height = 900,res = 300)print(p)dev.off() 但是ggplot2自带一个图片保存函数ggsave(),一句命令可以保存文...

文章 circos当中的颜色介绍

...sion of color vl{name} - very light l{name} - light {name} - default tone d{name} - dark vd{name} - very dark vvd{name} - very very dark 另外,还支持梯度设置颜色,和上面提到的方法等价,例如把红颜色分成7等分,那么vvlred可以表示成reds-7-seq-1,具...

文章 叶绿体或线粒体重复序列圈图绘制

...></ticks> <links> #共线性links <link> file=link.f.txt bezier_radius=0r # #设置贝塞尔曲线半径,该值设大后曲线扁平。 #bezier_radius_purity=0.75 color=yellow #crest=0.5 radius=0.85r #设置link半径 thi...

文章 RDA CCA 分析Hellinger转化问题

...table.txt', sep = '\t', row.names = 1, stringsAsFactors = FALSE, check.names = FALSE)otu_hel <- decostand(otu, method = 'hellinger') pca_sp1 <- rda(otu, scale = FALSE)      #使用 Hellinger 转化前的数据pca_sp2 <- rda(otu_hel, scale = FALSE)    ...

问题 我在使用SSR引物设计时,使用课程视频里面的脚本和示例文件,跑出来的结果文件里面是空的,提示好像是路径的问题?

...CLUDED_REGION=201,10 PRIMER_ERROR=thermodynamic approach chosen, but path to thermodynamic parameters not specified =

文章 世界500强常用的管理方法和工具推荐

...DCA循环 Plan:制定目标与计划 Do:任务展开,组织实施 Check:对过程中的关键点和最终结果进行检查 Action:纠正偏差,对成果进行标准化,并确定新的目标,制定下一轮计划 意义:每一项工作,都是一个pdca循环,都需要计划...

文章 circos|修改不同染色体之间区块block及连线link的颜色

...  bezier_radius_purity=0.75     crest=0.5     ribbon=yes     file=./genome.blocklink.txt #输入文件     radius=0.98r     <rules>         <rule>             condition = var(intrachr)             show = no    #通过设置 ...

文章 plot单独画出pheatmap返回的聚类结果(聚类树)

...ow),type="fan") typea character string specifying the type of phylogeny to be drawn; it must be one of "phylogram" (the default), "cladogram", "fan", "unrooted", "radial" or any unambiguous abbreviation of these.cladogramunrootedradial …… 如果想提升自己的绘图技能,我们...

文章 修改单细胞转录组分组

...te.table(  data.frame(barcode=row.names(obj@meta.data), obj@meta.data),  file=paste("cnv_celltype_all_stage", ".metadata.tsv", sep=""),  sep="\t",           # 使用制表符作为分隔符  quote=F,            # 不对字符串添加引号  row.names=F         # 不输出行...

文章 敏捷实践经验分享,企业如何在敏捷开发中实施DoD

...的缺陷和问题。 1.  下班前必须检入当天编写的代码,check in的backlog要填写清晰 2.  当天的代码必须在当天或者第2天邀请同伴进行代码评审 3.  检入的功能代码必须要有对应的单元测试(严格采用TDD) 4.  每天晚上触发静...

文章 性价比超高5个重测序发IF=6遗传进化文章

...通过ABC贝叶斯模型结合SNP数据推断出:分离时间在14,800 to 260,000年,同时在这一时期出现bottleneck;有效群体大小分析高海拔种群体大小小于低海拔群体,与分离时bottleneck相关; 选择消除分析 通过高低海拔样品的对比进行...

文章 R语言包安装方法,设置国内镜像加快安装速度

...主要来自两个地方:1. 官方网站的资源库CRAN  2 . bioconductor上的包不同来源的R包安装方法不同,见下面:CRAN上的R包安装方法: R 在线安装包,设置全局镜像(选择中国的镜像),加快安装进度;  推荐以下方法 #设置镜像,这...

文章 NCBI高通量测序数据SRA数据库下载新方法

... while read line> do> echo $line> /home/wuzengding/biosoftware/sratoolkit.2.8.2-1-centos_linux64/bin/fastq-dump.2.8.2 ${line}> done   注:另外一种更简单方法 在找到这个界面时 点击send to  最后得到SraRunInfo.csv文件,文件内容是各个samp sequence的列...

文章 R 包 osqp安装报错

...S-NOTFOUND" -- Generating done CMake Generate step failed.  Build files cannot be regenerated correctly. ERROR: configuration failed for package ‘osqp’ 解决版本,降低版本: wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/osqp/osqp_0.6.0.7.tar.gzR CMD INSTALL osqp...