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文章 TCGA数据发表5分文章

...:4.95)上的挖掘TCGA数据的文章“A 15-long non-coding RNA signature to improve prognosis prediction of cervical squamous cell carcinoma”。 研究思路 该文章的研究目的是找到宫颈鳞癌生存相关的biomarker，构建生存分析相关模型，为疾病的治疗和预后进...

文章 群体进化和GWAS文章没那么难发！

...析了三个性状的关联结果（100-seed weight、Plant height 、Days to 50% ­flowering）。 04 在讨论部分，作者对遗传多样性的分析结果和性状关联结果进行了多方面的讨论，也对接下来的研究进行了展望。最后也进行了总结性的概括。...

文章 ggplot2点图geom_point中aes(shape)映射

...定，点的shape 映射必须转化成因子，连续变量无法mapped to shape，譬如基于上一文章相同数据dat dat   X Y shape1  1 6     02  2 6     13  3 6     24  4 6     35  5 6     46  1 5     57  2 5     68  3 5   ...

文章 16S多样性分析docker镜像发布及使用

...kdir/5.pick_otu_qiime/pick_de_novo_otus/rep_set.tre --retain_intermediate_files --min_rare_depth 40 --max_rare_depth 2032 --num_steps 10#多样性指数差异比较qiime 自带检验与绘图compare_alpha_diversity.py \    -i alpha_div_collated/chao1.txt \    -o alpha_chao1_stats...

问题 蛋白三维结构预测遇到问题：当在swiss-model中选择使用模板的方法时，在上传模板的时候发现因为以下问题没法上传

...rd (e.g. miss-aligned columns). This prevents loading structures from this file

文章 pROC包绘制ROC曲线

...s100b对outcome进行分析 > outcome=roc(response=aSAH$outcome,predictor = aSAH$s100b)> outcomeCall:roc.default(response = aSAH$outcome, predictor = aSAH$s100b)Data: aSAH$s100b in 72 controls (aSAH$outcome Good) < 41 cases (aSAH$outcome Poor).Area under the curve: ...

文章 blast在linux上的用法

...名称 i：要查询(要研究的物种序列)的序列文件名(Query File)，fasta格式 -e(数学)：期望值(Expectation value)，E值是个统计阈值，缺省值10，意指比对结果中由于随机偶然性产生的匹配结果不大于10,E值越小结果越可靠 -o：查询结...

文章 统计不同样品-生物学重复基因表达量数据合并和绘图统计

...<-read.table("All_gene_fpkm.xls",header=TRUE,comment.char="",sep = "\t",check.names=FALSE,row.names=1)head(myfpkm)group=factor(c(rep(c("DAF2", "DAF5", "DAF11", "DAF16"),each=3),rep(c("GDAF2", "GDAF5", "GDAF11", "GDAF16"),each=3)),levels = c("DAF2","DAF5","DAF11","DAF16","GDAF2","GDAF5","GDAF11","...

问题 请问老师有根据基因ID一次性提取UTR,EXON,INTRON的脚本吗？

...========= IDs that you used as input do       NOT present in gff/gtf file.      Examples of valid IDs is showed as bellowedGuess FileType is:GTFtranscript:AT1G03987.1transcript:AT1G01020.6transcript:AT1G01010.1transcript:AT1G01020.3transcript:AT1G01020.2transcript:AT1G01020.5transcript:AT1...

问题 vcftools过滤除了等位基因选项外，其他参数通通没用

...fter filtering, kept 560 out of 560 Individuals      26 Outputting VCF file...      27 After filtering, kept 118111 out of a possible 118111 Sites      28 Run Time = 121.00 seconds 请问老师可能原因是什么？

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-肝细胞癌（HCC）(GSE149614)

...xt.gz \ --nUMI.min 500 \ --nUMI.max 75000 \ --nGene.min 250 \ --mito.gene.pattern "^MT.*-" \ --percent_mito 20 \ --log10GenesPerUMI 0.7\ -o 01.qc -p GSE149614 #单细胞聚类分群分析 Rscript $scripts/seurat_sc_cluster.r --rds 01.qc/GSE149614.afterQC.rds \ -p GSE149614 --reso...

文章 python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性

...suming --qbed=grape.bed --sbed=peach.bed 20:34:31 [blastfilter] Load BLAST file `grape.peach.last` (total 403868 lines) 20:34:31 [base] Load file `grape.peach.last` 20:34:38 [blastfilter] running the cscore filter (cscore>=0.70) .. 20:34:39 [blastfilter] after filter (294217->31229) .. 20:34:3...

文章 IF=3.47|非肿瘤-眼部老年黄斑变性ceRNA文章思路

...-miRNA-mRNA network in age-related macular degeneration: From construction to identification. Exp Eye Res. 2021 Feb;203:108427. doi: 10.1016/j.exer.2020.108427. Epub 2020 Dec 29. PMID: 33383027. 延伸阅读 GEO数据库挖掘—WGCNA鉴定骨肉瘤转移相关基因GEO、TCGA多数据库联合挖...

文章 群体遗传进化与GWAS分析动植物文献

...    文章:Whole-genome sequencing of giant pandas provides insights into demographic history and local adaptation·        基础数据:34只熊猫,4.7x覆盖深度 NC-牦牛群体进化-2015·        文章:Yak whole-genome resequencing reveals domestication signatures and prehis...

文章 VirtualBox虚拟机网络设置（四种方式）

...口，映射到主机的 80 端口。使用下面的命令。 'C:\Program Files\innotek VirtualBox\VBoxManage.exe' setextradata 'debian' 'VBoxInternal/Devices/pcnet/0/LUN#0/Config/huzhangsheng/Protocol' TCP 'C:\Program Files\innotek VirtualBox\VBoxManage.exe' setextradata 'debian' 'VBoxInternal/De...