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问题 老师您好,我线下上过您的基因家族培训课程,目前在尝试用大豆基因组进行分析,但我发现从ENSEMBLEPLANT下载的基因组序列格式跟拟南芥的注释格式不一样,我已经尝试着进行了 一些编辑,但还是无法统一ID,麻烦您帮我解决一下这种基因组注释格式修改问题

...e_max_v2.1.cds.all.fa , Glycine_max.Glycine_max_v2.1.pep.all.fa ,格式信息如截图所示(我在基因家族培训QQ群里发布的那张图是我自己尝试编辑修改后的),期待您的帮助,非常感谢!

问题 泛基因集执行命令时,由syn.txt文件到最后output.txt和final.last.gene.pair.txt文件生成时会丢失一些基因吗?我做自己的物种分析时发现丢失了一些基因,是什么原因?这正常吗

...put.txt  #显示文件含有的基因数  #第三段命令 # 匹配位置信息 awk 'NR==FNR{a[$4]=$0;next}NR>FNR{if($2 in a)print a[$2]}' all.bed output.txt \  | awk '{ print $1"\t"$2"\t"$3}' | sed "s/_/\t/g" | paste output.txt - > last.gene.pair.txt     # 把第二列的前缀去掉 aw...

文章 要想让955≥996≥007,提升效率是关键!

...流是合作的基础,合作是提高工作效率的核心,只有加强信息交流的质量,才会对工作效率的提高起到实质性的帮助。 总结: 996是否真的能提升企业的核心竞争力我们无从得知,但可以肯定的是:高效率,永远是做好工作的...

文章 如何预测CpG岛

...文件会生成如下所示的gff文件,记录所有预测的CpG岛位置信息: ##gff-version 3##sequence-region Gbar_A01 1 115039178#!Date 2024-05-17#!Type DNA#!Source-version EMBOSS 6.5.7.0Gbar_A01        cpgplot sequence_feature        25906   26237   .   ...

文章 Science乌龙论文:不好意思,作者把狗狗左右脑弄反了.....

...的是——错误是发生在作者方, 是那种小错误或是遗漏的信息,但并不会影响论文的结论。 勘误代表的是——诚实的错误,并不影响论文本身。 如果是诚实的错误,不用怕,不用迟疑,立马自己去联系修改发声明。 还有一种...

文章 脱发、失眠、焦虑、不敢玩、不敢休息......考研人太南了!

...   考研后:   在自习室整个大环境的影响下,你的信息检索能力,思考问题方式,知识学习方法,时间整体规划等方面都在发生潜移默化的改变。   总的来说,你的执行力大大提升了!    2,去自习室的目的  ...

问题 老师好,我在做群里遗传进化算pca时,得到的文件都是0。但是没有报错

这是输入的vcf文件,200万个SNP nohup文件信息:PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017)           www.cog-genomics.org/plink/1.9/ (C) 2005-2017 Shaun Purcell, Christopher Chang   GNU General Public License v3 Logging to plink_pca.log. Options in effect:   --allow-extra-chr  ...

文章 利用biopython将cds序列翻译成蛋白序列

...le=2) Seq('MAIVMGRWKGAR*', HasStopCodon(IUPACProtein(), '*')) 密码子表信息见:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi 更多python编程可以学习:python语言入门到精通 批量运行示例代码: from Bio.Seq import Seqfrom Bio import SeqIOfrom Bio.Alphabe...

文章 Sci-hub一键下载文献-真香!内有详细设置教程!

...的下载安装地址(注意关键词需写正确)。 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解...

文章 几个样品的转录组文章很难发了?这篇文章一定能给您启示

...装得到了55588条unigenes,N50为1772bp,其中42458条得到了注释信息。 差异基因注释统计: MeJA处理组相对于对照组检测到5767个上调基因(筛选标准FC>2,FDR<0.01,下同),YE处理组相对于对照组检测到5767个上调基因4482。对差异基...

文章 胃癌预后signature数据挖掘-自噬基因

...)中分析自噬相关基因(ARG)。本研究的目的是使用生物信息学分析来分析 GC 中的 ARG,筛选 GC 患者与胃癌相关的预后biomarker。 文章: Front Genet (IF: 3.258; Q1). 2021 Feb22;12:615834. doi:10.3389/fgene.2021.615834. 数据来源: TCGA数据库...

文章 如何绘制SNP密度图

...记也从SSR变成了SNP;无论是重测序还是转录组都会生成SNP信息,下面,小编教你画一个高逼格的SNP标记在不同的染色体的分布密度图(如下图所示): 该图使用 CMplot 包来绘制,不过需要用到R语言,想学习R语言的小伙伴可...

文章 当了项目经理,你才知道的10件事!

...,当众被领导批评,那个尴尬。项目经理对于问题的所有信息和数据要收集完整,熟知问题发生的前因后果,从全局看问题。只反馈问题,一问三不知,那是基层员工才干的活。 8、当了项目经理,你才知道,项目经理很难。 ...

文章 进化树美化操作详解- iTOL

...面板,之后可以在Editing下方参数中修改局部的Branch或Label信息。 接下来放上一些官方展示的进化树美化图: 四、结果导出 如果没有付费订阅iTOL,美化完成后需要将结果及时导出,因为iTOL只会保存账号下的原始树文件,二...

文章 使用MCscan进行多物种共线性分析与绘图

...为共线性可视化准备两个配置文件:包含全部物种染色体信息的seqids文件,以及绘图的布局文件(layout文件)。 前两种文件的格式想必大家已经十分熟悉了(物种CDS 和GFF文件准备,以及利用python版mcscan工具做物种间的比较分析,...