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文章 最新2区SCI思路解析—杨树TPS/TPP基因家族的系统分析

...发,该文章于2021年7月21日发表于期刊:International Journal of Biological Macromolecules(IF=6.953,中科院分区:2区),下面我们一起看看这篇文章内容。 文章简介 海藻糖在植物的代谢、生长发育和抗逆性等方面发挥着重要作用,而海...

文章 菠萝WRKY基因家族分析

...到基因家族分析当中的基因加倍和复制现象,也就是:tandem duplication和segmental duplication的区别与联系,关于这个问题的解答,我已经在我们组学大讲堂问答网站上进行了详细回答,感兴趣的可以到 www.omicsclass.com 网站上搜索关键...

问题 KNN补值函数knnImputation函数的距离计算问题

...a) ncol <- ncol(data) contAttrs <- which(vapply(data, dplyr::type_sum, character(1)) %in% c("dbl", "int")) nomAttrs <- setdiff(seq.int(ncol), contAttrs) hasNom <- length(nomAttrs) dm <- data if (scale) dm[, contAttrs] <- scale(dm[, contAttr...

文章 ggplot2分面facet_grid调整坐标

...scales=“free"之后,数据分布更合理。 p_box=p_box+facet_grid(.~Type,scales="free")p_box 如果想提升自己的绘图技能,我们推荐:R语言绘图基础(ggplot2) 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分...

问题 老师,求助,转录组差异表达基因分析报错-只有pfd文件没有PNG文件,且PDF打不开

...10.deg_gene_heatmap -o ./ --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index Error in hclust(d, method = method) :   NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 10...

问题 微生物多样性分析课程镜像ampliseq-q2运行出错:there is no package called ‘BiocManager’

...ncountered while running DADA2 in R (return code 1), please inspect stdout and stderr to learn more. Debug info has been saved to /tmp/qiime2-q2cli-err-u8wvbzh9.log 打开日志文件: Error in library(BiocManager, quietly = TRUE) : there is no package called ‘BiocManager’ Calls: .First...

文章 借助perl脚本进行文件整理 | 将按第一列信息整理的文件改成按照第二列信息整理

...有perl脚本如下:print "perl $0  <id_list> <out_file>\n" and die unless(@ARGV==2);open IN,"$ARGV[0]" or die "$!; can't open file $ARGV[0]\n";open OUT,">$ARGV[1]" or die "$!; can't open file $ARGV[1]\n";my%id;my%hash;while(<IN>){        chomp;        my@a=split(/\s/...

文章 微生物与环境因子,代谢物,功能等相关性分析linkET

...)mantel#绘制相关图qcorrplot(correlate(varechem, method = 'spearman'), type = 'upper', diag = FALSE) +  #环境变量矩阵计算 Spearman 相关系数  geom_square() +  #绘制 Spearman 相关系数热图  geom_mark(sep = '\n', size = 2.5, sig.thres = 0.05) +  #显示 Spearman 相关系数...

文章 R语言统计数据范围并用ggplot2绘制柱状图

...ad(x,-1), tail(x,-1), sep="-")  ran[length(ran)]=">100"  ran  }# use the base hist() function to calculate BINs  ,超过100的数值归类到一起;data[data>100]=101MassStat <- with(hist(data, breaks=seq(0, 110, by = 10), plot=FALSE),                 data.frame(N=c...

文章 NCBI下载物种叶绿体或线粒体基因组fasta,gff3,gtf,gb文件等

...为例,在斑胸草雀的参考基因组染色体详细表单中定位到Type列为MT的染色体(线粒体基因组),记下对应的RefSeq(Scaffold序列号)NC_007897.1                                                     (太长了,省略中间部分)    ...

文章 TCGA的ENSEMBL编号转换成gene symbol

...NAME"), OrgDb="org.Hs.eg.db") 'select()' returned 1:1 mapping between keys and columns # 查看转换的结果 > gene_ids ENSEMBL SYMBOL GENENAME 1 ENSG00000000971 CFH complement factor H 2 ENSG00000001084 ...

文章 IF=6.68| HCC肝癌单细胞数据挖掘实践

...现,有些亚类细胞只在肝癌细胞中出现(clusters 8, 13, 16, and 17),其Marker基因为:HCC markers (GPC3, CD24, and MDK)。进一步通过拟时序分析这4个亚类细胞(clusters 8, 13, 16, and 17),得到4个cluster,其中cluster 0是最初始细胞亚类,发现PGLS...

文章 igraph 报错: libglpk.so.36: cannot open shared object file: No such file or directory

** demo ** inst ** byte-compile and prepare package for lazy loading ^A** help *** installing help indices *** copying figures ** building package indices ** installing vignettes ** testing if installed package can be loaded from temporary location Error: package or namespace load failed fo...

问题 问题:"不能为虚拟电脑 Bio-Linux-8.0.7 打开一个新任务",已经按照提示看了自己的虚拟化设置是打开的,但还是下面的结果,求解答!

不能为虚拟电脑 Bio-Linux-8.0.7 打开一个新任务. The virtual machine 'Bio-Linux-8.0.7' has terminated unexpectedly during startup with exit code 1 (0x1). More details may be available in 'D:\软件安装包\VM\Bio-Linux-8.0.7\Logs\VBoxHardening.log'. 返回 代码: E_FAIL (0x80004005)...

文章 PBS 命令

...令—用于队列管理          qmgr -c "create queue batch queue_type=execution"          qmgr -c "set queue batch started=true"          qmgr -c "set queue batch enabled=true"          qmgr -c "set queue batch resources_default.nodes=1"          qmgr -c "set queue b...