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文章 subset_row.r 提供列表，在行上取数据子集

...IDoptional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i input, --input input                        input data matrix data [required]  -m idlist, --idlist idlist                        input idlist [required]  -c colname, --colname colname ...

文章 linux下samtools安装指南

...zipcd htslib-develop 安装指令：  autoconf       #Generate the configure script, if needed./configure    #Optional, needed for choosing optional functionalitymakemake install 在./configure过程中可能会报错，原因是有些库或包没安装，根据报错信...

问题 用Docker进行单细胞测序数据合并时，执行合并代码时候，报错。

...码时候，出现这个问题：Error in gzfile(file, "rb") : cannot open the connection Calls: MergeObject -> lapply -> FUN -> readRDS -> gzfile In addition: Warning message: In gzfile(file, "rb") :   cannot open compressed file ' -p', probable reason 'No such file or directory' Exec...

文章 GEO数据库的搜索下载数据技巧

...因表达的数据时，比如组织、细胞等等，在这里ADD想要的type就行。 4、数据下载介绍 选中其中一个感性的标题点击： 之后得到数据介绍页面： 数据介绍及下载详解见：https://www.omicsclass.com/article/1100

问题 blast2go报错，升级blast ncbi-blast-2.3.0+ 到 ncbi-blast-2.6.0+ 报错

Can not parse BLAST XML because can not find information about the used version!

问题 使用tassel对vcf文件进行 -SortGenotypeFilePlugin 基因型排序时自动锅炉掉了我的两条contig，这个问题怎么解决呀？

我要做Gwas分析，需要生成hapmap文件，但是我直接用vcf转hapmap会报错Please first use SortGenotypeFilePlugin to correctly order the file.所以我就用tassel去排序然后可以正常生成hapmap文件了，但是我的两条比较小的contig不见了

文章 Graphpad Prism绘制折线图

...），点击折线图图标，并把样本数设为3，同时设置为Mean and Error ,如下图： 2、在Data栏中输入以下数据，软件就会自动帮你算出均值（Mean）和误差值（Error），并做好折线图了。 3、点击Data3，即可看到折线图。 4、双击...

文章 修改Docker本地镜像与容器的存储位置的方法

...class ~]# docker info | grep "Docker Root Dir" WARNING: You're not using the default seccomp profile Docker Root Dir: /var/lib/docker 解决这个问题，最直接的方法当然是挂载分区到这个目录，但是我的数据盘还有其他东西，这肯定不好管理，所以采用修...

问题 您好，我在用qiime2进行扩增子测序分析但是导入数据时会一直出现改错误，请问有什么合适的解决办法吗?

There was a problem importing manifest:   manifest is not a(n) PairedEndFastqManifestPhred33V2 file:   Filepath on line 1 and column "forward-absolute-filepath" could not be found ($PWD/home/qiime2/Public/data/dyj/HS15_1.fq.gz) for sample "HS15".

问题 在Rstudio安装WGCNA数据包时有程辑包不能获得，直接输入了> install.packages("WGCNA")代码下载的。文中有图

根据WGCNA课程中给的script进行操作的。上面两张图分别显示了run了> install.packages("WGCNA")和# Load the WGCNA package library(WGCNA)之后的代码。 请求帮助，非常感谢！

问题 老师，转录组差异基因报错，求助，谢谢

...r 0.05 --fc 2 -p J1_vs_J2 --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index Loading required package: ggplot2 Loading required package: edgeR Loading required p...

问题 t2t基因组，转录组数据注释

...度高 需要加参数 --jaccard_clip  ; 连特异性文库： --SS_lib_type RF Trinity  --genome_guided_bam rnaseq.bam  \ --genome_guided_max_intron 100000 --max_memory 300G --CPU $threads \ --output trinity_gg_out --full_cleanup  # Trinity denovo 组装##  如果是真菌细菌小基因...

问题 请问三倍体重测序数据可否用于2n配子形成机制的研究

...，主要有两者类型，FDR和SDR： 第一次减数分裂发生重组(the first divisionrestitution,FDR):主要发生在减数分裂后期I，类似于有丝分裂，第一次减数分裂失败而第二次减数分裂正常。由于前期有梁色体发生交换，FDR型2n配了传递了亲本7...

文章 统计不同样品-生物学重复基因表达量数据合并和绘图统计

...5])sapply(data_list,length)data<-Venn(data_list)v1=plot(data,doWeight=F,type="ellipses")data_list=list(GDAF2=geneNames[meanFpkm$GDAF2>0.5],GDAF5=geneNames[meanFpkm$GDAF5>0.5],GDAF11=geneNames[meanFpkm$GDAF11>0.5],GDAF16=geneNames[meanFpkm$GDAF16>0.5])data<-Venn(data_list)v2=plot(da...

文章 三代组装软件Flye安装及使用

...量（根据自己的安装路径进行添加）vim ~/.bashrcPATH=/opt/biosoft/GENOME/Flye-flye/bin/：$PATHsource ~/.bashrc 二、使用 Flye常用选项参数： --pacbio-raw：设置 pacbio 原始数据所在路径--pacbio-corr：设置纠错后 pacbio 数据所在路径--nano-raw：设置 nan...