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问题 omicsclass/gene_family同时有latest和V1.0.1两个版本,挂载时出错

Error response from daemon: pull access denied for it, repository does not exist or may require 'docker login': denied: requested access to the resource is denied. 麻烦老师解答一下,之前听docker blast那里挺顺利的,在基因家族分析课这里卡住了

文章 非负矩阵分解(cNMF)

...序,比如2022年7月发表在《Nature Genetics》题为Single-nucleus and spatial transcriptome profiling of pancreatic cancer identifies multicellular dynamics associated with neoadjuvant treatment的文章中,研究者使用共识非负矩阵分解(cNMF)从头学习了跨不同肿瘤的...

文章 玉米遭受亚洲玉米螟为害时所诱导产生的直接和间接的防御反应及其生理生化和分子机制

...米叶片基因表达产生了显著影响。 为害后2-h, 4-h,12-h and 24-h差异基因数分别为 7643 (4547 up;3096 down),9037 (5120 up ;3917 down),10190 (5706 up ; 4484 down) 和10033 (5638 up ;4395 down),明显看到每个时间点产生上调的基因要多于下调。同...

文章 混合线性模型中BLUE值 VS BLUP值

...) #计算遗传力 summary(as2)$varcomp str(dat) 'data.frame': 496 obs. of 9 variables: $ location: Factor w/ 4 levels "ARC","CLY","PPAC",..: 1 1 2 2 3 3 4 4 1 1 ... $ rep : Factor w/ 2 levels "1","2": 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 ... $ block : Factor w/ 8 levels "1","2","3","4",..: 4 6 5 4 8 5 ...

文章 bwa-mem2的用法

...定输出文件 -t 指定线程数 也可以直接在末尾使用 > and 2>来输出sam文件和log日志 和 –M 可以兼容Picard -R 可以指定read group头部,可被添加到输出文件头部

文章 蛋白质定量—MaxQuant软件的使用

...“No fractions”或者”Set fractions”。 3.设置组特定参数Type 中设置使用的标记技术。 4.设置全局参数Sequences 中添加物种蛋白质序列文件。设置Taxonomy ID,输入物种拉丁文名称即可得到。 5.点击开始,启动运行。 好了今天先...

问题 重测序中SNP分析

...件,报错提示如下:--> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index  SNP-Density Plotting. Error in seq.default(0, chorm.maxlen/bp, round(xticks[2])) : ...

问题 重测序中SNP分析

...件,报错提示如下:--> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index  SNP-Density Plotting. Error in seq.default(0, chorm.maxlen/bp, round(xticks[2])) : ...

文章 对水稻做GO和KEGG富集分析,如何获取水稻的数据库?

....eg.db/releases/download/v0.01/org.Osativa.eg.db.tar.gz", repos = NULL,  type="source") 下载不了的可以直接下载压缩包手动安装。 wget -c https://github.com/xuzhougeng/org.Osativa.eg.db/releases/download/v0.01/org.Osativa.eg.db.tar.gzR CMD INSTALL org.Osativa.eg.db.tar.gz #直...

文章 IF=13.8 | 饮食调节山羊肠道微生物的纤维素利用效率

...25年3月 BMC Plant Biology杂志发表了一篇题为“Dietary selection of distinct gastrointestinal microorganisms drives fiber utilization dynamics in goats ”的宏基因组分析文章。” 01 — 研究背景 整个生物界的生物资源是有限的, 反刍动物(如羊)能够...

问题 请教:基因结构分析时,输出的gene_exon_info.gff文件为空。该如何解决?

... ../script/get_gene_exon_from_gff.pl -in1 Carb_anhydrase_removed_redundant_and_confirmed_IDlist.txt -in2 ../Phaeodactylum_tricornutum.ASM15095v2.47.gff3 -out gene_exon_info.gff 图1 图2

问题 当保留蛋白编码序列时,为什么会提示有这个报错?检查发现'!'应该是没有输入错误的

原命令:agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl --gff $gff --attribute biotype --value protein_coding -t '!' -o $species.protein_coding.gff3 报错:The test to apply is Wrong: !. We want something among this list: <,>,<=,>=,! or =.

问题 用R包TCGAbiolinks下载TCGA的miRNA数据报错

... Error in GDCdownload.aux(server, manifest.aux, name.aux, path) :    There was an error in the download process (we might had a connection problem with GDC server). Please run this function it again. Try using method = `client` or setting files.per.chunk to a small number. 把files.per.chun...

问题 动植物泛基因组分析实操课程资料问题

...rl-5.22.1/lib/site_perl/5.22.1/auto/share/dist/AGAT/agat_config.yaml file The test to apply is Wrong: !. We want something among this list: <,>,<=,>=,! or =.[),最终导致运行结果是空的

文章 Graphpad Prism 绘制的直方图美化

...设置界面。 1.Data set 选择直方图中的柱子。 2.Bars and boxes 可以对柱子的填充色,网格,网格颜色,边框粗细,边框颜色进行设置。 3.Error bars 可以对误差线颜色,形状,粗细,显示等进行设置。 4.修改图注,图中...