找到约 15 条结果

问题 求助，有没有用过smudgeplot做过倍性分析的大佬，对psmudgeplot.py plot参数有疑惑，请问应该然后解决，感谢🙏

smudgeplot.py plot kmcdb_L"$L"_U"$U"_pairs.tsv usage: smudgeplot plot [-h] [-o O] [-c C] [-t TITLE] [-ylim YLIM] [-col_ramp COL_RAMP] [--invert_cols]                        infile smudgefile n smudgeplot plot: error: the following arguments are required: smudgefile, n

问题 在virtualbox中导入虚拟电脑的bio-linux的ova失败~老师

... 导入虚拟电脑 E:\Bio-Linux-2018-8-23.ova失败. Could not create the imported medium 'F:\bio-linux\Bio-Linux-2018-8-23-disk001.vmdk'. VMDK: cannot write allocated data block in 'F:\bio-linux\Bio-Linux-2018-8-23-disk001.vmdk' (VERR_DISK_FULL). 返回 代码:VBOX_E_FILE_ERROR (0x80BB0004)组...

问题 WGCNA分析进行模块和性状相关性分析时，trait文件如何做？

...：选取了两个大豆品种做转录组分析，分别是：大籽粒Wandou 28 (V1)，小籽粒Peixian Layanghuang (V2)，取样时期为三个时期：seed set (S1), seed growth (S2), and early seed maturation (S3)，其中前两个时期的取样部位分别为：Seed pod with whole seed（S1...

文章 HGMD人类变异数据库ANNOVAR注释使用转换格式

...;print OUT "#Chr\tStart\tEnd\tRef\tAlt\tHGMD\n";}while (<FH>) {m/^#/ and next; s/[\r\n]+$//;my @field  = split(/\t/, $_); my$HGMD="HGMDID=$field[7];"; my$info="$HGMD$field[12]";#$info=~ s/;/\\x3b/g;#$info =~ s/,/\\x2c/g;#$info=~ s/=/\\x3d/g; print OUT join ("\t", @field[0..4], $info), "\n...

问题 vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode --recode-IN.............els |gzip - > clean.vcf.gz这一步输出的vcf.gz文件，用 bcftools query -l clean.vcf.gz | wc -l查看样本名出现报错

Failed to read from clean.vcf.gz: unknown file type 0 这是为什么呢

问题 tophat2建立索引报错：Error: gtf_to_fasta returned an error.

...] Checking for Bowtie index files (genome)..        Found both Bowtie1 and Bowtie2 indexes.[2019-04-28 05:49:44] Checking for reference FASTA file[2019-04-28 05:49:44] Building transcriptome data files transcriptome_data/known        [FAILED] Error: gtf_to_fasta returned an error.

文章 安装R包的几种方法

...rib/Archive/rvcheck/rvcheck_0.1.8.tar.gz"install.packages(url,repos = NULL,type = "source") 3.R包下载到本地后安装 download.file("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/rvcheck/rvcheck_0.1.8.tar.gz","rvcheck_0.1.8.tar.gz") install.packages("rvcheck_0.1.8.tar.gz",repos = NULL) ...

文章 trinity的下载与安装

...加到环境变量中。 trinity的使用方法 命令：Trinity.pl --seqType fq --JM 50G --left reads_1.fq --right reads_2.fq --CPU 6 几个重要参数介绍： –seqType 支持输入数据格式为 fq 或者 fa –JM 内存设置 新版本v2.4.0没有这一参数，由–max_memory代替 组装...

文章 endnote 插入文献 变成临时 大括号{} 不自动更新文献

... 其实很简单，只需要选好style，再更新一下Update Citations and Bibliography，就可以了如下 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基...

文章 Graphpad Prism一张图中绘制多个直方图

...开新的Data Table方法为 "File" 下 "打开"  ->  "New Data table and..."。 2.数据填好后，双击"Layouts" 选择布局方式。 选中后界面中会出现三个方框，如下图所示： 我们可以直接将直方图拖到对应的方框中，或双击方框选择直方...

文章 转录组如何与其他实验手段结合？（第二篇文献）

...献： Kim OT at all. A Novel Multifunctional C-23 Oxidase, CYP714E19, Is Involved in Asiaticoside Biosynthesis. Plant Cell Physiol. 2018 Mar 22. 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不畅的个性化分析，求人不如...

文章 基因家族分析课程更新2.0

...参考文献： Zhang, Z., Xiao, J., Wu, J., Zhang, H., Liu, G., Wang, X. and Dai, L. (2012) ParaAT: A parallel tool for constructing multiple protein-coding DNA alignments, Biochem Biophys Res Commun, 419(4):779-7 trimAl: a tool for automated alignment trimming in large-scale phylogenetic analyse...

问题 在建立索引时出错，输出文件都是0KB

...-Line-Syntax-Transition-For-Users-(Pre-Transition) ********** ********** The command line looks like this in the new syntax: ********** **********    CreateSequenceDictionary -R elepant_grass_genome.fa -O elepant_grass_genome.dict ********** 13:02:26.574 INFO  NativeLibraryLoader - Load...

文章 vim显示行号、跳转到指定行或列

...于跳转到当前行某一列的一个命令 (To screen column [count] in the current line)，| 表示当前行的第0列 (行首) (2)正常模式下输入命令 $ 跳转光标到当前行的行尾； (3)正常模式下输入vim命令 0nl 或 n| 跳转到当前行的第 n 列。 表示先...

文章 扩增子序列直接物种注释代码

...Match 3 Species\tMatch 3 Identity" f.write(header + '\n') # Write the results for result in results: f.write('\t'.join(result) + '\n')