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文章 R语言中转换成dummy dummy-variables 虚拟变量

...则需要对定性因素（或分类变量）进行虚拟编码（dummy coding），将其转为虚拟变量，可以考虑将虚拟变量引入回归模型来解决此类问题。 那么我们在数据分析时，面对这种情况应该如何操作呢？因此，本期内容主要就这一问题...

文章 PICRUSt2扩增子功能预测与差异比较分析

...ine.py -i feature_table_tax.biom -m picrust2_out_pipeline/marker_predicted_and_nsti.tsv.gz -f picrust2_out_pipeline/EC_predicted.tsv.gz \ -o EC_metagenome_out --strat_outadd_descriptions.py -i EC_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv.gz -m EC \ -o EC_met...

文章 HKT 基因家族分析-家族成员只有个位数10个以内该如何发文

...家族成员，完成基因家族分析：     杂志：Ecotoxicology and Environmental SafetyIF： 3.9 HKT基因家族成员在9个物种中的鉴定流程 进化树分析-分类 通过MEGA进行多序列比对，HKT家族成员根据序列相似性分为5大类 基因结构-Motif分析 ...

文章 小尺度的种群历史分析——∂a∂i原理解析

...ion map provides insights into the genetic basis of cucumber domestication and diversity”，在这个文章中，作者对来自印度、西双版纳、欧洲和东亚四个地方的黄瓜进行了种群分化的研究，同时通过遗传多样性和选择性清除定位了与驯化密切相关...

文章 NCBI下载SRR并转换为fastq文件

文献链接：Population-genomic analyses reveal bottlenecks and asymmetric introgression from Persian into iron walnut during domestication | Genome Biology | Full Text (biomedcentral.com) 数据可用性：The entire genome resequencing data have been deposited at GenBank under the accession PRJ...

文章 基因组重复序列分类 转座子

...转座子讲解视频： https://dls.ym.edu.tw/course/hb/lec07-chromosome-and-genome.html https://www.youtube.com/playlist?list=PLubKl2ZLAkpp-LLpS1SUbXjLR7LZf0I9E

文章 muscle软件介绍

1、软件介绍MUSCLE(Multiple Protein Sequence Alignment)是一款蛋白质水平多序列比对的软件，在速度和精度上都优于 ClustalW。在进行多序列比对的时候，大多数情况下可以优先使用 MUSCLE。有本地版和在线版，在线版网址如下：http://www.ebi....

文章 某网络小说作者：我要去发篇Nature了，小说停更。。。。

...2-4分之间挑选了3个，希望对大家有帮助。 1，Biochemical and Biophysical Research Communications，简称 BBRC IF: 2.559 (连续5年基本都在2.5左右) 中国来源稿件：42.56%(友好但没泛滥) 生物化学与分子生物学(4区) 版面费：可以选择不OA就不用付...

文章 可变剪切在癌症中的研究

...思路！ 此篇文章是2018年11月发表在医学2区期刊Frontiers in Oncology（IF=4.416）上，作者共下载了330个结肠癌转录组数据，深入分析了与结肠癌预后相关的关键可变剪切事件！ 研究思路 从TCGA数据库下载转录组数据，采用SpliceSeq进...

文章 绘制Upset 图

...local({r <- getOption("repos")r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"options(repos=r)})# 依赖包列表：自动加载并安装package_list <- c("ggplot2","UpSetR","devtools")# 判断R包加载是否成功来决定是否安装后再加载for(p in package_list){if(!suppr...

文章 TCGA SNV 体细胞突变下载

...#############################################package_list <- c("TCGAbiolinks","tidyverse","maftools")for(p in package_list){  if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))){    if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TR...

文章 R语言数据筛选整理包dplyr 分类汇总

... 275.8 180 3.07 3.730 17.60  0  0    3    3 sample_n() and sample_frac()按行随机选取数据子集 sample_n() and sample_frac() 分别是按固定多少行随机选取，一个是按行数的比例选取； > sample_n(mtcars,10)    mpg cyl  disp  hp drat    ...

文章 OTU互作网络分析用MENA

...，在几个小时候后再继续后续分析。 从主页Search datasets and networks，查看分析的结果，计算完成后，会显示状态为"Done"，单击对应的结果，进行网络构建。 RMT计算结果，选择合适的相关性阈值构建网络（如下图）。网站会自...

文章 MUSCLE软件介绍

1、软件介绍 MUSCLE(Multiple Protein Sequence Alignment)是一款蛋白质水平多序列比对的软件，在速度和精度上都优于 ClustalW。在进行多序列比对的时候，大多数情况下可以优先使用 MUSCLE。有本地版和在线版，在线版网址如下：http://www.eb...

文章 OthroFinder-物种同源基因分析工作原理

Orthofinder是做直系同源基因分析时常用软件，除此之外，还可以使用OrthoMCL，今天主要介绍Orthofinder软件的工作流程。 1. Orthofinder发表的工作流程如上图：     1.1 （a）将所有物种的全部蛋白序列通过序列比对和调用MCL聚类实...