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文章 IF=5|干眼症微生物多样性分析案例解析

...Li T, et al. Comparison of the Ocular Microbiomes of Dry Eye Patients With and Without Autoimmune Disease. Front Cell Infect Microbiol. 2021;11:716867. Published 2021 Sep 22. doi:10.3389/fcimb.2021.716867

问题 TCGAbiolinks下载“Copy Number Variation”在提取矩阵时报错（在下载miRNA和甲基化数据时也遇到这个问题）， expdat变量不是SummarizedExperiment这个类型，导致assay(expdat)不能提取，请问怎么解决

#  加载需要的包library(SummarizedExperiment)library(TCGAbiolinks) #下载Copy Number Variation数据  query <- GDCquery(project =  "TCGA-CHOL",                     data.category = "Copy Number Variation",                     data.type = "Copy Number Segment")  ...

文章 封装型分面facet_wrap()

...~ 4        20    28 p    # ... with 224 more rows, and 1 more variable: class <chr>> P <-  ggplot(mpg,aes(x = cty, y = hwy)) + geom_point()+ facet_wrap( ~ cyl + drv, nrow = 2 )> print(P) 基于cly 和drv 两列变量进行分面 生...

文章 cactus下载

...因组的时候需要用到Progressive Cactus 参考文章：Dense sampling of bird diversity increases power of comparative genomic 下载： 软件github：https://github.com/ComparativeGenomicsToolkit/cactus 选择的是Pre-compiled Binaries Linux Tarball这个版本： wget https://github....

文章 蛋白序列亚细胞定位 WoLF PSORT

... Wang, W. (2015). Protein Subcellular Location: The Gap Between Prediction and Experimentation. Plant Molecular Biology Reporter, 34(1), 1-10. 更多生物信息课程：https://study.omicsclass.com/index 延伸阅读：获取MOTIF 位置信息矢量图 | 做韦恩图？自己搞定！| Map...

问题 变异注释

老师，您好，我使用annovar注释变异的时候报错：Error: invalid record found in exonic_variant_function file (exonic format error): <line79synonymous SNVLOC119691921:XM_048633226.1#NC_063982.1#16995:exon3:c.C99T:p.L33L,LOC119691921:XM_048633233.1#NC_063982.1#16995:exon3:c.C99T:p.L3...

问题 我在call snp,使用GATK导入db,得到的结果中没有callset.json文件，我一共15条染色体，db文件夹里只有两个染色体的文件夹内容，麻烦老师解答

...--tmp-dir $tmpdir  -R $REF --batch-size 5 \ --reader-threads 5 --max-num-intervals-to-import-in-parallel 5 \ --genomicsdb-workspace-path db --sample-name-map cohort.sample_map

文章 转录组后续实验怎么做？

...献：Characterization of the Asiatic Acid Glucosyltransferase, UGT73AH1, Involved in Asiaticoside Biosynthesis in Centella asiatica(L.) Urban. Int. J. Mol. Sci. 2017, 18, 2630    日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不...

文章 vcftools使用

...度快。 有些奇怪的是需要到网页上查看他的使用参数，Linux上没有参数查看 参考：vcftools使用手册 基本参数 输入参数 –vcf <input_filename> 支持v4.0、v4.1或者v4.2版本的VCF文件 –gzvcf <input_filename> 通过gzipped压缩过的VCF文件 ...

文章 fuzzywuzzy模糊匹配和提取

...组数据，并得出比对结果，比如我这里使用基因 #!/usr/bin/env python3 import pandas as pd from fuzzywuzzy import process # 假设有一个小的基因名称列表，可能是你关注的几个基因 my_genes = pd.DataFrame({ 'My_Gene_Name': ['BRCA1', 'TP53', 'EGFR', 'XYZ'] })...

文章 如何将ENSEMBL ID转换成Gene ID(ENTREZID)或者Symbol

...YMBOL"), keytype="ENSEMBL")'select()' returned 1:many mapping between keys and columns> dim(list)[1] 29140 3> head(list,5) ENSEMBL ENTREZID SYMBOL1 ENSG00000121410 1 A1BG2 ENSG00000175899 2 A2M3 ENSG00000256069 3 A2MP14 ENSG00000171428 9 NAT15 E...

文章 geo_gene_exp_download.r GEO数据自动下载与整理

...92optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -g gse, --gse gse     GEO Series Accession [required]  -f func, --func func  dup gene name expression select func: mean max median                        [default max]  -p palette, --palette palet...

文章 GWAS中P值的筛选阈值原理是什么

..., Cao K, Zhu G, et al. Genomic analyses of an extensive collection of wild and cultivated accessions provide new insights into peach breeding history. Genome biology, 2019, 20(1): 36.

文章 投稿时-SCI期刊文章中图片大小如何设置

... 原文地址：https://www.elsevier.com/authors/author-schemas/artwork-and-media-instructions/artwork-sizing TARGET SIZEImage widthPixels at 300 dpiPixels at 500 dpiPixels at 1000 dpiMinimal size30 mm (85 pt)3545911181Single column90 mm (255 pt)1063177235431.5 column140 mm (397 pt)16542756551...

问题 重复序列分析，去除含有基因序列的库文件时候报错，你们示例数据也有这样的问题

...repeat库，并用RepeatMasker进行重复序列注释】时候 for lib in ModelerAll.lib MITE_LTR.lib Homology.db; do  blastx -query ${lib} -db ${SPROT} -evalue 1e-10 -num_descriptions 10 -num_threads ${threads} -out ${lib}_blast_results.txt  perl $scriptsdir/ProtExcluder1.2/ProtExcluder.pl ${li...