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文章 docker clash 配置

...ker service:$ sudo mkdir -p /etc/systemd/system/docker.service.d Create a file named /etc/systemd/system/docker.service.d/http-proxy.conf that adds the HTTP_PROXY environment variable: [Service] Environment="HTTP_PROXY=http://127.0.0.1:7890" Environment="HTTPS_PROXY=http://127.0.0.1:7890" F...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 进行转录本的合并

...N] [--allow_5merge] config_file {norm_fl,norm_nfl,norm_nfl_amb,count_fl,count_nfl,count_nfl_amb} 输入文件需要一个配置文件即可。 1. 制备配置文件 该脚本的运行需要配置文件,配置文件的格式...

文章 immunedeconv 包安装错误: download from 'https://api.github.com/repos/icbi-lab/immunedeconv/tarball/HEAD' failed

...Downloading GitHub repo icbi-lab/immunedeconv@HEADError in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet,  :  download from 'https://api.github.com/repos/icbi-lab/immunedeconv/tarball/HEAD' failed 可以用Rstudio安装包: 以管理员身份打开Rstudio:   然...

文章 TCGA和GEO套路文章解说

...目:Expression profiles analysis identifies anovel three-mRNA signature to predict overall survival in oral squamous cellcarcinoma期刊:Am J Cancer Res分数:3.2疾病:口腔鳞细胞癌(OSCC) 文章思路: 利用GSE13601,GSE30784, GSE37991三个mRNA芯片表达数据以及TCGA中OS...

文章 18年上半年,利用GEO/TCGA数据库发表文章超过1000+

...CI论文:如: 1:An integrated lncRNA, microRNA and mRNA signature to improve prognosis prediction of colorectal cancer ,该文采用TCGA数据库中结直肠癌及癌旁组织的mRNA,lncRNA,miRNA进行差异表达,获得显著变化的分子,用于构建生存分析模型,获得...

文章 在使用miRDeep进行miRNA预测的时候报错

...e.arf none -d  -g 100000 -l 500  -m 11 -v -P -n d 报错: The debug file is called error.output.mrd_04_09_2023_t_17_09_26 查看 error.output.mrd_04_09_2023_t_17_09_26 报错文件: > The candidate has been discarded because the structure is inconsistent with Dicer processing: no matu...

文章 Linux 服务器 安装Jupyter notebook 并开启远程访问

一. centos下安装jupyter notebook1. 使用Anaconda安装conda install jupyter notebook 2. 使用pip安装pip install jupyter notebook 二. Jupyter notebook 配置1. 生成配置文件jupyter notebook --generate-config 2. 创建密码使用python中的passwd()创建密码,终端输入ipython...

文章 ggplot2图片保存

... https://www.omicsclass.com/article/92   的图片保存为例 pdf(file = "p.pdf",width =12,height = 9)print(p)dev.off()png(filename = "p.png",width = 1200,height = 900,res = 300)print(p)dev.off() 但是ggplot2自带一个图片保存函数ggsave(),一句命令可以保存文...

文章 circos当中的颜色介绍

...sion of color vl{name} - very light l{name} - light {name} - default tone d{name} - dark vd{name} - very dark vvd{name} - very very dark 另外,还支持梯度设置颜色,和上面提到的方法等价,例如把红颜色分成7等分,那么vvlred可以表示成reds-7-seq-1,具...

文章 叶绿体或线粒体重复序列圈图绘制

...></ticks> <links> #共线性links <link> file=link.f.txt bezier_radius=0r # #设置贝塞尔曲线半径,该值设大后曲线扁平。 #bezier_radius_purity=0.75 color=yellow #crest=0.5 radius=0.85r #设置link半径 thi...

问题 我在使用SSR引物设计时,使用课程视频里面的脚本和示例文件,跑出来的结果文件里面是空的,提示好像是路径的问题?

...CLUDED_REGION=201,10 PRIMER_ERROR=thermodynamic approach chosen, but path to thermodynamic parameters not specified =

文章 RDA CCA 分析Hellinger转化问题

...table.txt', sep = '\t', row.names = 1, stringsAsFactors = FALSE, check.names = FALSE)otu_hel <- decostand(otu, method = 'hellinger') pca_sp1 <- rda(otu, scale = FALSE)      #使用 Hellinger 转化前的数据pca_sp2 <- rda(otu_hel, scale = FALSE)    ...

文章 circos|修改不同染色体之间区块block及连线link的颜色

...  bezier_radius_purity=0.75     crest=0.5     ribbon=yes     file=./genome.blocklink.txt #输入文件     radius=0.98r     <rules>         <rule>             condition = var(intrachr)             show = no    #通过设置 ...

文章 plot单独画出pheatmap返回的聚类结果(聚类树)

...ow),type="fan") typea character string specifying the type of phylogeny to be drawn; it must be one of "phylogram" (the default), "cladogram", "fan", "unrooted", "radial" or any unambiguous abbreviation of these.cladogramunrootedradial …… 如果想提升自己的绘图技能,我们...

文章 世界500强常用的管理方法和工具推荐

...DCA循环 Plan:制定目标与计划 Do:任务展开,组织实施 Check:对过程中的关键点和最终结果进行检查 Action:纠正偏差,对成果进行标准化,并确定新的目标,制定下一轮计划 意义:每一项工作,都是一个pdca循环,都需要计划...