...workdir mkdir dada2 echo dada2 start date cd dada2 qiime dada2 denoise-paired \ --i-demultiplexed-seqs $workdir/demux.qza \ --p-n-threads 1 \ --p-trim-left-f 29 --p-trim-left-r 18 \ --p-trunc-len-f 0 --p-trunc-len-r 0 \ --o-table dada2-table_biom.qza \ --o-representative-sequen...
这一步提取后只有一个，请问是什么原因，是不是不适合进行泛基因组分析了 示例数据中的好像还包含26个玉米自交系之外的材料
....24.tar.gzcd /minimap2-2.24make 二、Minimap2的使用 Minimap2 是一个通用的序列比对程序，同时适用于二代和三代数据，可将 DNA 或 mRNA 序列与大型参考数据库进行比对。 典型用例包括： 1、将 PacBio 或 Oxford Nanopore 基因组读数映射到...
...所谓有益，也都只是在特定条件下， 毕竟对于人类20000个基因来说，有6000个是未知功能或者我们知之甚少的。 而那些被媒体/科普人称为的基因突变又大多落在这6000个基因里， 如果哪一天他们潜在的负面作用被发现/产生，我...
GWAS关联分析课程推荐：https://bdtcd.xetslk.com/s/RCGWQ 全基因组关联分析（Genome wide association study，GWAS）是对多个个体在全基因组范围的遗传变异（标记）多态性进行检测，获得基因型，进而将基因型与可观测的性状，即表型，进...
1. 我下载了基因组注释的7个数据库（database.tar.gz.0到database.tar.gz.6），上传到服务器，cat database.tar.gz.* > database.tar.gz后，解压缩失败 2. 我换了一个电脑下载，换了一个硬盘上传，结果也是一样
...制以及阈值设置，之后可根据分析结果，了解venn图每一个区域内注释到的基因的情况。 1、途径1-选中样品，右键选中venn diagrams 在弹出框中选中mapping进行分析 2、在主界面选中show data using venn diagrams, 弹出的窗口中确定样品...
目录结构windows系统，硬盘分区管理，包含c盘、d盘，每一个盘符下面包含若干个目录，目录中包含不同文件，并有光驱。linux所有设备以目录方式管理(一个光驱就是挂载在某个目录下面)，目录有一个统一根目录 “/”,所有的目...
...对于Bonferroni校正阈值有几点不太理解。有的文献阈值是p=1/n(n为标记数），有的文献是p=0.05/n(n为标记数），还有一些文献内容里面标记数是10的7次方，然后基于0.05的Bonferroni校正，p值达到10的-13次方。请问这么小的p值是怎么算出...
我有两个水稻的突变体，分别是用EMS诱导突变的，和tDNA插入突变的，目前都构建了F2代，呈现出明显的3:1分离，应该是个质量性状。请问采用什么测序手段能够比较好的做出定位区间呢？
...阵结构类似下方显示结果： > design A BGSM1626001 1 0GSM1626002 1 0GSM1626003 1 0GSM1626010 0 1GSM1626011 0 1GSM1626012 0 1attr(,"assign")[1] 1 1attr(,"contrasts")attr(,"contrasts")$`description`[1] "contr.treatment" 其0 1表示有无，可以理...
...品种或品种间表型多样性的理解，结合选择消除分析，来更好地理解控制表型变异的基本生物学意义。例如，在狗(所有陆生脊椎动物中体型多样性最大的物种)中，研究人员试图在最小和最大的品种之间进行选择消除分析。发现...
在运用Linux系统命令，KA/KS，计算重复串联基因时，出现的duplication_gene文件，应该是A&B，再出现它的重复B&A，但初次之外，我生成的文件，A&B出现后，又出现A&B,且两次数值还不一样
您好，我在做GWAS分析的时候，使用了MLM、FarmCPU和Blink三种模型，从QQ-plot图看，MLM拟合较好且膨胀系数为1.02，但FarmCPU和Blink都出现了较早的上偏，膨胀系数都大于1.2。我已经将PCA前5个主成分作为协变量进行群体结构校正了，请...