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问题 问题："不能为虚拟电脑 Bio-Linux-8.0.7 打开一个新任务",已经按照提示看了自己的虚拟化设置是打开的，但还是下面的结果，求解答！

不能为虚拟电脑 Bio-Linux-8.0.7 打开一个新任务. The virtual machine 'Bio-Linux-8.0.7' has terminated unexpectedly during startup with exit code 1 (0x1). More details may be available in 'D:\软件安装包\VM\Bio-Linux-8.0.7\Logs\VBoxHardening.log'. 返回 代码: E_FAIL (0x80004005)...

文章 多分组venn图绘制脚本

...，只能用原始的包，脚本如下 #!/share/work/biosoft/R/latest/bin/Rscriptargs <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)library(venn)library(VennDiagram)library(purrr)# 读取命令行参数input_file <- args[1]output_prefix <- args[2]# 读取数据文件, 不转换列名venn_dat <- r...

文章 tripal搭建基因组数据库网站

... this server.  解决办法见：https://tripal4.readthedocs.io/en/latest/install/docker.html 常见错误2： The website encountered an unexpected error. Please try again later.PDOException: SQLSTATE[08006] [7] FATAL: no pg_hba.conf entry for host "::1", user "drupaladmin", database "sitedb",...

问题 (ERR): "--dta" does not exist Exiting now ...为什么hisat2有这个选项却报错

...是clean_data所以跳过质控直接做map,修改了代码如下 for i in SRR9113321 SRR9113322 SRR9113323 SRR9113324 SRR9113325 SRR9113326 SRR9113327 SRR9113328 SRR9113329 SRR9113330 SRR9113331 SRR9113332 SRR9113333; do echo "RUN CMD: hisat2 -p 1 --rg-id=${i} --rg SM:${i} --rg LB:${i} --rg PL:...

文章 circos改变某两条染色体之间的距离

...在etc/image.generic.conf文件中，定义了参照的radius radius of inscribed circle in imageradius         = 1500p 所以我们在配置文件中定义的radius  = 0.80r， 实际等于0.8 * 1500 = 1200 像素。 染色体之间的间距通过spacing 这个block 进行定义，default...

文章 WGCNA 根据KME值筛选hub基因

...ity)值来筛选hub基因：Hub genes are those that show most connections in the network as indicated by their high KME (eigengene connectivity) value 代码部分很简单，输出所有的基因与模块的KME矩阵，然后筛选每个模块中kme最大的前几个基因就是hub基因： #m...

文章 施一公：如何提高英文的科研写作能力

...，John告诉我，“Spend 45 minutes every day reading Washington Post, and you will be cruising with your written English in two years”(每天花45分钟读《华盛顿邮报》,两年后你的写作能力会得心应手)。这条建议正合我意 - 我原本就对新闻感兴趣！于是，...

文章 GATK ERROR MESSAGE

...样一个问题： 运行命令： /share/work/biosoft/java/jre1.8.0_73/bin/java -XX:ParallelGCThreads=5 -Xmx50g -Djava.io.tmpdir=SNP_Analysis/tmp -jar /share/work/biosoft/GATK/3.6/GenomeAnalysisTK.jar -T SplitNCigarReads -R Donkey_Hic_genome.20180408.fa -I 9.SNP_Analysis/donkey1.bam.dedupped.bam ...

文章 blast+在linux上的用法

blast+在Linux的用法 下面简要介绍一下BLAST+的使用： 建库 makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname -title dbtitle -logfile filename 参数说明: -dbtype：数据库类型，prot或nucl -parse_seqids：解析序列标识（建议加上） -out：数据库...

问题 GWAS分析排序后出现sortPositions: false keepDepth: false的报错并且没有结果输出是什么原因

... Song B, Buckler ES. The Practical Haplotype Graph, a platform for storing and using pangenomes for imputation. Bioinformatics. 2022 Aug 2;38(15):3698-3702. doi: 10.1093/bioinformatics/btac410. PMID: 35748708; PMCID: PMC9344836. [main] INFO net.maizegenetics.pipeline.TasselPipeline - Tassel Pipelin...

问题 xpclr 软件不能运行

...cle/1334#python 版本的xpclr,结果说明见：  https://github.com/hardingnj/xpclrfor i in Chr1 Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7;do  #不同的染色体分别计算    xpclr --format vcf --input $workdir/00.filter/clean.vcf.gz \        --samplesA ../wild_popid.txt --samplesB ../cultivate...

问题 我使用的服务器，由于文件很多，在使用FOR循环的时候一直出错，老师可以帮忙看一下是哪里有语法错误吗？

/public/singularity exec /public/reseq.sif  for i in FP180000114BR_L01_142 FP180000114BR_L01_143 FP180000114BR_L01_144 FP180000114BR_L01_146 FP180000114BR_L01_147 FP180000114BR_L01_148; do  echo "RUN CMD: fastp --thread 30 --qualified_quality_phred 10 \     --unqualified_percent_limit 50 \ ...

文章 如何下载TCGA中指定Primary Site的样本数据

...们的《TCGA差异表达分析》课程中，我们介绍了采用TCGAbiolinks 去下载GDC上的TCGA数据。但是最近有学员想基于“Primary Site” 筛选一下样本，只对其中的一种类型进行分析。 如下图所示： 我查看了一下TCGAbiolinks的文档，发现该软...

文章 微生物多样性分类柱状图按照分组进行排序脚本升级；tax_bar_plot.r

#!/usr/bin/Rscript#############################################################################北京组学生物科技有限公司#author huangls#date 2020.07.29#version 1.1  增加样本按照fastmap的分组排序功能#学习R课程：#R 语言入门与基础绘图：# https://bdtcd.xet...

文章 awk正则表达式使用外部变量

...量，先在变量外加双引号，再加单引号即可,如： for i in read write print; do cat file.txt | awk '{ if ($7~/'"$i"'/) {print $0} }'| wc -l ; done 在写shell脚本时，经常会使用到awk程序。但是有些复杂的逻辑，可能需要在awk中使用在shell中定义...