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文章 IF=8.86|肝癌免疫相关lncRNA预后标志物文献解读

...leic Acids(IF: 8.86)Immune-Related lncRNA to Construct Novel Signature and Predict the Immune Landscape of Human Hepatocellular Carcinoma 背景介绍 1.尽管肝细胞癌 (HCC) 发生率与死亡率很高,其致病因素繁多,但HCC 的药物治疗也取得了相当大的进展,尤其...

文章 CRISPR基因编辑MC-3T3细胞系—骨相关研究的神器-源井生物

...gh the Deletion of the Transcription Factor Rorb in Mice. Journal of Bone and Mineral Research, 33(4) 2018, 720–731. 注明 | 文章是源井生物原创,转载请注明。 关 注 供 纵 昊 “源井生物”,了解更多基因编辑相关资讯。

文章 R语言“had non-zero exit status”安装报错

在windows或者R语言安装某些R包时,出现以下报错: In install.packages(...) : installation of package ‘muscle’ had non-zero exit status 导致这个状态的原因有: 1.包加载安装过程中编译不能通过,因此执行安装加载通过不了。 2.library中路...

文章 用R做蛋白互作分析

...实现这样的目标,方法有多种。一般比较常见的是采用STRING 这个网站,在网站上分析。其实采用R包STRINGdb也可以实现。代码参考如下: ############################################################ # 安装STRINGdb 软件包 # source("https://bioconductor.o...

文章 这种机器学习算法已经在微生物分析中成功应用

...的投票多少而定。 随机森林应用 在R语言中,我们调用randomForest包中的randomForest()函数来实现随机森林算法。 首先安装这个R包 install.packages("randomForest")  安装成功后,导入randomForset包 library(randomForset) 之后需要读入准备好...

问题 R语言分析GEO数据,您好老师,19年参加培训的时候就是用的R3.6.1,自己运行出现如下报错

> boxplot(AffyBatch,col = cols,xaxt="n") Error in getCdfInfo(object) : Could not obtain CDF environment, problems encountered: Specified environment does not contain HuRSTA-2a520709 Library - package hursta2a520709cdf not installed Bioconductor - hursta2a520709cdf not available > options(Bi...

文章 Horticulture Research | 基因组变异揭示了莲花的种群历史和生物适应性

...re Research》上发表了“Genomic variation reveals demographic history and biological adaptation of the ancient relictual, lotus (Nelumbo Adans.)”。该论文组装了高质量的‘太空莲3号’基因组,研究了莲突变积累系(MA)的基因组变异,并基于野莲资源的重...

文章 大数据分析 Hbase Shell命令

第一部分:Hbase基础查看 1. Hbase版本查看 hbase(main):008:0> version 2.2.3, r6a830d87542b766bd3dc4cfdee28655f62de3974, 2020年 01月 10日 星期五 18:27:51 CST Took 0.0002 seconds 2. Hbase状态查看命令shell hbase(main):009:0> status 1 active master, 0 backup masters, 1 s...

文章 近期常用命令记录——比对并提取fq,ncbi下载并转化为fq,序列提取等

...atq文件 1.二代数据比对  bwa-mem2 #检索引并比对bwa-mem2 index reads.fabwa-mem2 mem -t 20 reads.fa 1.clean.fq.gz >alignment.sam#sam文件转化为bam文件samtools sort -@ 4 -O bam -o align1.sorted.bam alignment1.sam#bam文件索引samtools index align1.sorted.bam#提取比对...

文章 qiime2 18S 分类器构建

...s-filt.qza  \    --i-taxa 18S_SILVA132_99_taxonomy.qza \    --p-rank-handles 'silva' \    --p-mode 'uniq' \    --o-dereplicated-sequences 18S_SILVA132-nr99-seqs-derep-uniq.qza \    --o-dereplicated-taxa 18S_SILVA132-tax-derep-uniq.qza#全长分类器构建qiime feature-classifier fit-clas...

问题 请问老师有根据基因ID一次性提取UTR,EXON,INTRON的脚本吗?

...大讲堂基因家族分析课程里给的脚本貌似只能提取EXON和INTRON,请问能给一个把UTR也提取出来的脚本吗?谢谢! 编程太菜,一时半会儿琢磨不出来 T_T||| 我试了组学大讲堂之前提供的一个脚本貌似不行,.....https://www.omicsclass.com/a...

文章 生成OTU方法如何选择,OTU/ASV?

...Sequence Patterns 2.UNOISE2: improved error-correction for Illumina 16S and ITS amplicon sequencing 3.DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data 此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,有兴趣可以了解一下: 1.docker 生物信息工具安装...

文章 怎样提高论文投稿命中率?这些“潜规则“你一定要知道!

...: 这篇论文是2016年4月发表在Physica A: Statistical Mechanics and its Applications上。 (学霸姐姐内心os:看到没,又是4月,请叫我神算子。。。) 感兴趣的朋友可以自己去看一下,这篇文章有详细的数据分析,还算是一个比较严谨的一...

问题 这个脚本如果直接从ensamble下载cds和pep还需要去提取吗,是不是可以直接转换格式

for species in Anser_brachyrhynchus Equus_caballus Homo_sapiens Mus_musculus Oryctolagus_cuniculus Ovis_aries_rambouillet Sus_scrofa.Sscrofa;do      genome=$datadir/$species.genome.fa.gz   gff=$datadir/$species.gff.gz   #保留蛋白编码基因   agat_sp_filter_feature_by_attribute_value...

文章 2024最新版《基因家族分析实操》直播培训开始报名了!

...ch、International Journal of Biological Macromolecules、Industrial Crops and Products 上不乏该类文章。 目前来看,基因家族分析加qPCR+亚细胞定位实验基本就可以发到二区期刊,如果有更多的功能验证实验比如转基因等,那就可以冲一区...