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问题 基因家族分析,提取一个物种信息后,再次取提取另一物种cds 用基因的ID,作为序列的ID,总是无法运行,显示脚本不存在,但是LL查看脚本是存在的。

Can't open per1 script ''/work/gene_family/scripts//get_gene_longest_fa.p1'':No such file or directory

文章 碰到奇葩审稿人怎么办?这位作者靠怒怼审稿人登上SCI期刊!

... 但是表面上还是要优雅地回一句: Thank you very much for your helpful comments and giving us the opportunity for further revisions. 毕竟干咱们这一行的,多少都得有点口是心非的技能不是。 生物女学霸,一个自称学霸其实很渣的生物汪,努...

问题 关于TCGA的下载,学了课程还是遇到点问题,求老师指点

...写,请老师看看是这样么? GDCdownload(query = sample_download,files.per.chunk=6, method='client') data <- GDCprepare(query=sample_download) data_expr <- assay(data)    因为我最终需要的是结直肠癌腺癌基因表达数据。我也想过先结肠癌、直肠癌一...

文章 微生物多样性16S计算物种累计曲线

... sep = "\t",row.names=1) all <- specaccum(otu, method = "random") png(file="spe.png",h=2000,w=2000,res=300) plot(all, ci.type = "poly", col = "blue", lwd = 2, ci.lty = 0, ci.col = "lightblue", main = "Species Accumulation Curves", xlab = "Number of samples", ylab = "Number of species")...

问题 docker安装后,windows与虚拟机之间的数据如何挂载?

...rk -it omicsclass/gene-family:v1.0”,结果显示如下: “Unable to find image ‘omicsclass/gene-family:v1.0’ locally”,然后就又开始pull基因家族的学习资料。 我只好终止它。卡在这里,很困惑,明明已经下载过基因家族的资料。 于是,查了...

文章 merge_metadata_genexpdata.r 在metadata中添加基因表达数据

...ata, --metadata metadata                        input metadata file path with suvival time [required]  -g expset, --expset expset                        input gene expression set file [required]  -b by, --by by        input sample ID column name in metadata [required] ...

问题 做有参转录组分析,在进行基因表达定量的时候,其中一个转录组出现如下错误,看不太懂,想请教一下老师问题如何解决

...irs processed.Error occured when processing SAM input (record #42564640 in file /bioData/run_data/lixp/work/SZ_yangtao1/2.alignment/hisat2/yangtaozhitiao1.bam):  Maximum alignment buffer size exceeded while pairing SAM alignments.  [Exception type: ValueError, raised in __init__.py:671]

问题 docker安装出错了

Docker.Core.DockerException:Failed to start   在 Docker.Engines.LinuxkitDaemonStartup.<WaitAsync>d__5.MoveNext() 位置 C:\workspaces\main-merge\src\github.com\docker\pinata\win\src\Docker.Engines\LinuxkitDaemonStartup.cs:行号 54--- 引发异常的上一位置中堆栈跟踪的末...

问题 genome-annotation的docker转singularity的容器后,rmblast使用报错。

...asker/RepeatMasker-4.1.4/Libraries/test/RepeatPeps.libKeep MBits: TMaximum file size: 1000000000Bsh: line 1: 14163 Bus error               (core dumped) /share/work/biosoft/rmblast/latest/bin/makeblastdb -dbtype nucl -in /share/work/biosoft/RepeatMasker/RepeatMasker-4.1.5/Libraries/tes...

问题 基因组比对

...ilies shared between ash and 10 other species (Supplementary Table 10). In total, 279,603 proteins (77.14% of the input sequences) clustered into 27,222 groups, of which 4,292 contained sequences from all species, 3,266 were angiosperm-specific and 462 Eudicot-specific. Patterns of gene-family shari...

文章 MCScanX 在biolinux上安装及使用

...完成之后,就可以解压安装了: unzip MCScanX.zipcd MCScanX make 因为/biosoft 为root的目录,所以遇到权限问题时在命令前面加sudo 之后再运行就没问题了; 如果安装过程中报错,可参照:https://www.omicsclass.com/article/104 二、基因家族...

文章 全基因组加倍/复制介绍(whole genome duplication, WGD)

...一串红(Salvia splendens)基因组文章中,选取了柚木(Tectona grandis )、葡萄(grape)来做ks分析。结果如下图,从Ks峰图和进化树可以看出:(1)葡萄和一串红在Ks值约 1.6 处核心双子叶植物共有的全基因组三倍化事件;(2)柚木...

文章 FigTree进化树批量修改ID

...要一个表头),文件为TAB分隔文本文件,如下: 3、通过File导入 import Annotations 4、完成导入后,在左侧 Tip Labels栏中将怎加一列信息,例如此处的NewName(即前期文件中对应新ID列的内容) 5、将Tip Labels 显示(Display)选择成你设...

文章 eclipse下搭建shell脚本编辑器--安装开发shell的eclipse插件shelled

... 2、安装“shelled”插件 在http://sourceforge.net/projects/shelled/files/latest/download下载ShellEd的zip包 以archive,即zip包的方式设置数据源: 在shell文件上点右键->open with->选择shell script Editor,发现打开的SHELL的文件已经语法高亮: 有...

文章 小白也能画漂亮的热图--赐你一个非编程热图工具

...存成Tab键分隔的文本格式进行使用哦! 数据载入通过File,点击Load Data开始(如下图A),跳转到数据导入窗口,选择准备的txt文件,进行导入(如下图B),同时设置图片颜色变化、是否进行注释以及绘图数据区域。 数据...