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文章 预测miRNA前体

...precursor       total   seq     seq(norm) 1.2 输出结果 perl make_html2.pl -q expression_analyses/miRBase.mrd -k Rhi_mature.fa -y 24_10_2023_t_11_41_33 \-d -o -i expression_analyses/Rhi_mature_mapped.arf  -l  -M miRNAs_expressed_all_samples_24_10_2023_t_11_41_33.csv \-P -W expression...

文章 预测miRNA前体

...precursor       total   seq     seq(norm) 1.2 输出结果 perl make_html2.pl -q expression_analyses/miRBase.mrd -k Rhi_mature.fa -y 24_10_2023_t_11_41_33 \-d -o -i expression_analyses/Rhi_mature_mapped.arf  -l  -M miRNAs_expressed_all_samples_24_10_2023_t_11_41_33.csv \-P -W expression...

文章 ssGSEA.r 单样本基因集富集分析

...ed]  -o outdir, --outdir outdir                        output file directory [default cwd]  -p prefix, --prefix prefix                        output file name prefix [default demo] 参数说明： -i 基因表达量  ， 建议用TPM标准化之后的数据： IDTC...

文章 生存分析的Cox回归模型(比例风险模型)R语言实现及结果解读

...                      })res <- t(as.data.frame(univ_results, check.names = FALSE))as.data.frame(res) beta HR (95% CI for HR) wald.test p.value age 0.019 1 (1-1) 4.1 0.042 sex -0.53 0.59 (0.42-0.82) 10 0.0015 ph.karno -0.016 0.98...

问题 用 hisat2 建索引时出现 “is not reverse-deterministic, so reverse-determinize...”

...下命令： hisat2-build -p 12 --exon ${EXON} --ss ${SPLICE} ${FASTA_File} ${BASE_NAME} 结果如图所示： 最后系统自动kill掉了建索引的进程，请问这该怎么解决？谢谢！

问题 您好，我在用qiime2进行扩增子测序分析但是导入数据时会一直出现改错误，请问有什么合适的解决办法吗?

There was a problem importing manifest:   manifest is not a(n) PairedEndFastqManifestPhred33V2 file:   Filepath on line 1 and column "forward-absolute-filepath" could not be found ($PWD/home/qiime2/Public/data/dyj/HS15_1.fq.gz) for sample "HS15".

问题 想请问一下，我的代码在前面都是没有报错，但是运行这个代码之后，结果只显示了3个样本名称是为什么？

源代码： ##物种组成分析 qiime taxa barplot \   --i-table ../03.asv_taxonomy/feature-table-final.qza \   --i-taxonomy ../03.asv_taxonomy/taxonomy.qza \   --m-metadata-file $metadata \   --o-visualization taxa-bar-plots.qzv 结果：

问题 请问老师，对基因组数据进行处理，保留最长转录本为何会出现一个基因有两个5端UTR？如截图所示。

...A;gene=LOC105391084;model_evidence=Supporting evidence includes similarity to: 1 mRNA%2C 3 ESTs%2C 46 Proteins%2，按道理讲保留得最长转录本应该只有一个阿？而且就算是这条基因有多个转录本，出现多个utr是正常的，那应该XM也是不一样的，而这个基因...

问题 在virtualbox中导入虚拟电脑的bio-linux的ova失败~老师

...\Bio-Linux-2018-8-23-disk001.vmdk' (VERR_DISK_FULL). 返回 代码:VBOX_E_FILE_ERROR (0x80BB0004)组件:ApplianceWrap界面:IAppliance {8398f026-4add-4474-5bc3-2f9f2140b23e} bio-liux的ova包： 本地电脑E和F盘都有空间 从新删除过bio-liux从新下载过，也从新安装过virtu...

文章 Treemix 软件：群体基因交流分析的得力工具

.... Do a round of global rearrangements after adding all populations  -tf [file of nwk]  Read the tree topology from a file  -m [int] 基因流次数 -root [string]  -se 权重标准误 -bootstrap -noss 关闭亚群个体的矫正，当你的亚群中仅存在一个个体的时候可以使...

问题 老师，使用非ensemble数据库的蛋白质序列和基因组染色体fasta文件脚本要怎么进行修改呢？

...里的pep和toplevel文件下载之后解压总是提示unexpected end of file, 就从其他数据库下载了pep和toplevel的文件， 在除重复的hmmer搜索的转录本ID，多个转录本ID保留一个作为基因的代表的时候，得到了异常的结果，请问我是应该如何修...

文章 java 安装以及环境变量配置

...JAVA_HOME 变量名        JAVA_HOME 变量值        C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_152  你的jdk安装地址 2.配置PATH                               变量名  Path 变量值  %JAVA_HOME%\bin;     注：不同的路径用";" 分隔，注意是英文状态...

文章 非小细胞肺癌（GSE123904）

...et -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE123904&format=file" -O GSE123904_RAW.tartar xvf GSE123904_RAW.tar 准备map.txt文件： LX653PRIMARY_TUMOURLX676PRIMARY_TUMOURLX682PRIMARY_TUMOURLX699METASTASISLX661PRIMARY_TUMOURLX255BMETASTASISLX682NORMALLX701METASTASISLX666METAST...

问题 做有参转录组分析，在进行基因表达定量的时候，出现如下警告，请问老师这是什么原因呀

...ent object: Paired-end read 'A00224:87:H5WHYDSXX:1:2474:9118:3098' aligned to utg9_pilon_pilon_pilon:[3553256,3553424)/+>.24000000 SAM alignment record pairs processed.24100000 SAM alignment record pairs processed.24200000 SAM alignment record pairs processed.Warning: Mate pairing was ambiguous f...

文章 中国学者揭示:不运动不吃药也能瘦！

...刊《Cell Metabolism》上发表了题为“Very-low-protein diets lead to reduced food intake and weight loss， linked to inhibition of hypothalamic mTOR signaling， in mice”的文章，为我们找到了一条不经运动、不吃药就能减肥的科学线索：1％蛋白质饮食可通过...