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文章 转录组后续实验怎么做？

...献：Characterization of the Asiatic Acid Glucosyltransferase, UGT73AH1, Involved in Asiaticoside Biosynthesis in Centella asiatica(L.) Urban. Int. J. Mol. Sci. 2017, 18, 2630    日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不...

文章 vcftools使用

...度快。 有些奇怪的是需要到网页上查看他的使用参数，Linux上没有参数查看 参考：vcftools使用手册 基本参数 输入参数 –vcf <input_filename> 支持v4.0、v4.1或者v4.2版本的VCF文件 –gzvcf <input_filename> 通过gzipped压缩过的VCF文件 ...

文章 fuzzywuzzy模糊匹配和提取

...组数据，并得出比对结果，比如我这里使用基因 #!/usr/bin/env python3 import pandas as pd from fuzzywuzzy import process # 假设有一个小的基因名称列表，可能是你关注的几个基因 my_genes = pd.DataFrame({ 'My_Gene_Name': ['BRCA1', 'TP53', 'EGFR', 'XYZ'] })...

文章 如何将ENSEMBL ID转换成Gene ID(ENTREZID)或者Symbol

...YMBOL"), keytype="ENSEMBL")'select()' returned 1:many mapping between keys and columns> dim(list)[1] 29140 3> head(list,5) ENSEMBL ENTREZID SYMBOL1 ENSG00000121410 1 A1BG2 ENSG00000175899 2 A2M3 ENSG00000256069 3 A2MP14 ENSG00000171428 9 NAT15 E...

文章 geo_gene_exp_download.r GEO数据自动下载与整理

...92optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -g gse, --gse gse     GEO Series Accession [required]  -f func, --func func  dup gene name expression select func: mean max median                        [default max]  -p palette, --palette palet...

文章 GWAS中P值的筛选阈值原理是什么

..., Cao K, Zhu G, et al. Genomic analyses of an extensive collection of wild and cultivated accessions provide new insights into peach breeding history. Genome biology, 2019, 20(1): 36.

文章 投稿时-SCI期刊文章中图片大小如何设置

... 原文地址：https://www.elsevier.com/authors/author-schemas/artwork-and-media-instructions/artwork-sizing TARGET SIZEImage widthPixels at 300 dpiPixels at 500 dpiPixels at 1000 dpiMinimal size30 mm (85 pt)3545911181Single column90 mm (255 pt)1063177235431.5 column140 mm (397 pt)16542756551...

问题 重复序列分析，去除含有基因序列的库文件时候报错，你们示例数据也有这样的问题

...repeat库，并用RepeatMasker进行重复序列注释】时候 for lib in ModelerAll.lib MITE_LTR.lib Homology.db; do  blastx -query ${lib} -db ${SPROT} -evalue 1e-10 -num_descriptions 10 -num_threads ${threads} -out ${lib}_blast_results.txt  perl $scriptsdir/ProtExcluder1.2/ProtExcluder.pl ${li...

文章 At core/community/optimal_modularity.c:87 : GLPK is not available, Unimplemented function call

group <-  cluster_optimal(net)   Error in cluster_optimal(net) :   At core/community/optimal_modularity.c:87 : GLPK is not available, Unimplemented function call Execution halted 解决办法： 在使用igraph的测试用例时，发生GLPK相关的报错：> g <- make_g...

文章 biolinux虚拟机不能为虚拟机打开一个新任务，或者一直黑屏解决办法

报错信息：不能为虚拟电脑 Bio-Linux-8.0.7 打开一个新任务.VT-x is disabled in the BIOS for all CPU modes (VERR_VMX_MSR_ALL_VMX_DISABLED).返回 代码: E_FAIL (0x80004005)组件: ConsoleWrap界面: IConsole {872da645-4a9b-1727-bee2-5585105b9eed} 报错截图： ...

文章 blastn使用方法及结果详解

一、blastn使用 1. 建库 makeblastdb -in xxx.fa -dbtype nucl 2. 进行序列比对 blastn -query yyy.fa -db xxx.fa -out out.txt -evalue 1e-5 -outfmt 6 -db: 指定blast搜索用的数据库，同建库步骤的序列 -query:用来查询的输入序列，fasta格式 -out：输出结果...

文章 转录本组装软件StringTie的使用说明

...ipt-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown”  其中StringTie 在组装转录本的完整度，精度和速度方面都较以往的cufflinks 有很大的提升。 StringTie 使用说明:   stringtie <input.bam ..> [-G <guide_gff>] [-l &l...

文章 使用XP-CLR检测基因组中的选择信号

视频课程推荐：https://study.omicsclass.com/index 分析文件准备方法介绍： 如果不会编程，上述xpclr的输入文件还是不好准备的，这里教大家利用plink准换生成.geno 文件；由于xpclr一次只能运行一条染色体，所以这里举例第一条染色...

文章 lm()多元回归分析结果解读

...‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1Residual standard error: 0.5099 on 34 degrees of freedomMultiple R-squared:  0.9383,    Adjusted R-squared:  0.9328 F-statistic: 172.3 on 3 and 34 DF,  p-value: < 2.2e-16 mySummary = summary(myModel) mySummary[1]或mySummar...

文章 seqkit序列处理神器的常用命令

...单行fastq文件scat            real time recursive concatenation and streaming of fastx filesseq             转换序列(反向，补充，提取ID…)shuffle         随机序列sliding         序列滑窗提取，支持环形基因组sort            按id/名称/...