使用XP-CLR检测基因组中的选择信号

使用XP-CLR检测基因组中的选择信号


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分析文件准备方法介绍:

如果不会编程,上述xpclr的输入文件还是不好准备的,这里教大家利用plink准换生成.geno 文件;由于xpclr一次只能运行一条染色体,所以这里举例第一条染色体运行:


## 生成pop1亚群 geno文件
#样品名字变成两列方便plink转换生成.geno 文件:
awk '{print $1 "\t" $1}'  pop1.txt > pop1.keep.txt
plink --vcf $workdir/00.filter/clean.sorted.vcf.gz \
    --keep pop1.keep.txt  --chr 1  --out  Chr1.pop1  \
    --recode 01 transpose -output-missing-genotype 9  \
    --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:# --keep-allele-order
cut -d " " -f 5- Chr1.pop1.tped  | awk '{print $0" "}' > Chr1.pop1.geno
## 生成pop2亚群 geno文件
awk '{print $1 "\t" $1}'  $datadir/pop2.txt > pop2.keep.txt
plink --vcf $workdir/00.filter/clean.sorted.vcf.gz \
    --keep pop2.keep.txt  --chr 1  --out  Chr1.pop2  \
    --recode 01 transpose -output-missing-genotype 9  \
    --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:# --keep-allele-order
cut -d " " -f 5- Chr1.pop2.tped  | awk '{print $0" "}' > Chr1.pop2.geno

## 生成snp位置信息文件
zcat clean.sorted.vcf.gz|awk '$1=="1" {print " "$1":"$2 "\tChr01\t" $2/100000000 "\t" $2 "\t"  $4 "\t" $5 }' >  Chr01.snp
## 运行xpclr分析
XPCLR  -xpclr  Chr1.pop1.geno Chr1.pop2.geno  Chr01.snp Chr01.out  -w1 0.005 200 2000 Chr01 -p0 0.95
## 替换染色体名称
sed 's/^0/Chr01/'  Chr01.out.xpclr.txt


得到的结果文件中,每一列分别代表 chr# grid# #ofSNPs_in_window physical_pos genetic_pos XPCLR_score max_s,XPCLR_score 是算出的 XP-CLR 分数。


  • 发表于 2020-09-28 14:21
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  • 分类:遗传进化

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