文章 linux删除某用户下所有的进程命令

1. ps列出用户的pid，然后依次kill掉，比较繁琐 kill -9 `ps -uf username |awk '{ print $2 }'|grep -v PID` 或 ps -ef | grep username | awk '{ print $2 }' | xargs kill -9 2. pkill方式 pkill -9 -u username 3. killall方式 killall -u username

文章 TCGA数据库重大更新-数据如何下载？

...biolinks") #一个方法，可以将ensembl ID 转换成 gene name ensemblToName<-function(expr,gene.info){ expr=as.data.frame(expr) #顺序保持一致 gene.info<-as.data.frame(gene.info) row.names(gene.info)<-gene.info$gene_id gene.info<-gene.info[rownames(expr),] sample.i...

文章 如何使用 wget 下载一个目录下的所有文件

...下： wget -r -np -nH -R index.html http://url/including/files/you/want/to/download/ 各个参数的含义： -r : 遍历所有子目录 -np : 不到上一层子目录去 -nH : 不要将文件保存到主机名文件夹 -R index.html : 不下载 index.html 文件

问题 老师在利用perl提取大豆转路本的一天cds时候脚本应该怎么修改，我用的是组学大讲堂基因家族分析的视频，大豆转录本没有.1 或者.2现在导致提取不了cds序列

修改脚本

问题 您好，我在用qiime2进行扩增子测序分析但是导入数据时会一直出现改错误，请问有什么合适的解决办法吗?

There was a problem importing manifest:   manifest is not a(n) PairedEndFastqManifestPhred33V2 file:   Filepath on line 1 and column "forward-absolute-filepath" could not be found ($PWD/home/qiime2/Public/data/dyj/HS15_1.fq.gz) for sample "HS15".

问题 关于比较转录组的实验设计

我想通过转录组学对耐寒和不耐寒2个作物品种进行研究，在正常状态下，2个品种生长没差异，经过冷处理后表现明显不同。从有效性和成本来考虑，取处理前后2个点（即4个组）做全转录组分析是否可行？另外，关于生物学重...

文章 cmplot调整四周空白区域的大小

...mer参数以调整四周空白区域的大小 用法类似 mar <- c(2, 2, 2, 8)CMplot( snp, plot.type = "d", bin.size = opt$binsize, chr.den.col = color, main = opt$main, file.name = opt$name, file = "jpg", file.output = TRUE, verbose = TRUE, mar = mar)

问题 GFF文件不能获取基因与mRNA的对应关系文件

老师，我是gff文件，不是gff3文件， 运行命令"perl ../script-1/mRNAid_to_geneid.pl Paab.1_0b.gff1 mRNA2geneID.txt"得到的文件夹是空的，只有列名，按照https://www.omicsclass.com/article/816方法处理还是不行，请问上面原因啊？

文章 正则常见技巧

... 示例： <div>这是内容1</div><div>这是内容2</div> 贪婪匹配：使用<div>.*</div>将匹配整个文本，因为.和*会尽量匹配更多的内容。 非贪婪匹配：使用<div>.*?</div>，这将仅匹配<div>这是内容1&...

问题 麻烦求助，在使用ncbi_gff_2_Ensembl_gff.pl这个脚本的时出现报错显示：cant find the string terminator "Usage end"...in line 10

问题 请问在提取对大豆进行共线性分析，在提取一条大豆转录本的cds时候脚本怎么修改，大豆转录本没有.1或者.2用的是组学大讲堂基因家族分析课程的的提供的脚本

问题 docker创建共享文件夹失败，docker run rm it -v D:\gwas anlysisl:work omicsclass/pop-evol-gwas:v1.2命令后出现invalid reference format怎么解决

文章 Linux重定向以及nohup不输出的方法

...出将结果、消息或其他内容输出到终端上显示给用户。 2：标准错误信息输出(stderr)，默认情况下，它也与终端设备连接，用于输出错误、警告和其他与程序执行相关的问题。 通常情况下，标准输出和标准错误输出会直接输出...

文章 eQTL分析之协变量计算

...del,as.matrix(expr))#设置想要推断的隐藏因子的数目#The number of PEER factors was selected as function of sample size (N):#15 factors for N < 150#30 factors for 150 ≤ N < 250#45 factors for 250 ≤ N < 350#60 factors for N ≥ 350PEER_setNk(model,15)PEER_getNk(model)#根据...

问题 这个脚本如果直接从ensamble下载cds和pep还需要去提取吗，是不是可以直接转换格式

...ecies in Anser_brachyrhynchus Equus_caballus Homo_sapiens Mus_musculus Oryctolagus_cuniculus Ovis_aries_rambouillet Sus_scrofa.Sscrofa;do      genome=$datadir/$species.genome.fa.gz   gff=$datadir/$species.gff.gz   #保留蛋白编码基因   agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl --...