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问题 单细胞高级分析代码的报错求助

...象的Idents，并添加细胞类型信息到metadata中，并增加mycelltype列 Rscript $scripts/seurat_add_celltype.r -i ../03.seurat_cluster/suture.rds \ -c celltype.tsv -p suture.added.celltype -n mycelltype > obj=readRDS("~/single-cell/1_suture_stem_cell_analysis/04.cell_type_ann/sut...

文章 R脚本绘制多层环形饼图

...alues <- data.frame(Percentage = round(data[,2]/sum(data[,2]) * 100,2), Type = factor(data[,1]),percent=lbls ) #创建因子 values$percent <- factor(values$percent, levels = values$percent) #获得lab.yops列，该列为图中label的显示位置 values <- values %>% arrange(desc(Type...

问题 三代纠错软件lordec安装问题

我在安装lordec时报如下错误： Install the project... -- Install configuration: "" -- Installing: /usr/local/HDF_Group/HDF5/1.8.18/examples CMake Error at cmake_install.cmake:41 (file):   file INSTALL cannot make directory   "/usr/local/HDF_Group/HDF5/1.8.18/examples": No such file ...

问题 关于RNAseq的docker分析中获取基因长度报错问题

...h_from_gtf.py", line 51, in <module>    if kvs['gene_id'] in geneL and kvs['transcript_id'] in geneL[kvs['gene_id']]:KeyError: 'gene_id'gtf如下：请教老师如何解决这个问题，不胜感激！

文章 pennCNV软件linux系统安装

...e/work/perl/perl-v5.14.2 -Accflags='-fPIC' make make install Note that in the command above, -fPIC is needed for x86_64 system, and -Duseithreads are highly recommended to enable threading functionality in Perl (though not used in PennCNV per se). 然后再把这个版本的perl添加到PATH...

文章 R 安装包：configure: error: proj_api.h not found in standard or given locations.

hecking for strings.h... yeschecking for sys/stat.h... yeschecking for sys/types.h... yeschecking for unistd.h... yeschecking for gdal.h... yeschecking GDAL: linking with --libs only... yeschecking GDAL: /usr/share/gdal/pcs.csv readable... nochecking GDAL: checking whether PROJ is available for link...

文章 叶绿体或线粒体重复序列圈图绘制

...ink.p.txt文件。 二、输入文件准备 1.染色体文件 karyotype.txt 其中第1、2、5列是固定的，关于颜色可直接指定，也可用色板 2.SSR及TRF文件 #首先准备染色体长度文件chr.txt如下 mt 367808 #用bedtools以500kb为滑窗，沿chr.tx...

文章 桑基图绘制

...c("Species", "Class","Price")) +#规定横坐标位置  scale_fill_brewer(type = "qual", palette = "Set3") +#规定填充颜色  ggtitle("Iris data")+  theme_bw()+  theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))+#标题居中  theme(legend.position = "none")#取消图例 图像如下： ...

问题 老师，我正在做泛基因家族分析中结构变异与基因结构和保守结构域分析，

...分析，前面得到的结构变异表达量差异文件demo.ID_SV_t.test_and_wilcox.tsv如下图一，只有两个基因有差异，且表达量均很低（二图）。接下来，利用其中一个做保守结构域分析由于Fam_gene.list文件（三图）中，该家族编号仅对应一条基...

文章 玉米遭受亚洲玉米螟为害时所诱导产生的直接和间接的防御反应及其生理生化和分子机制

...米叶片基因表达产生了显著影响。 为害后2-h, 4-h,12-h and 24-h差异基因数分别为 7643 (4547 up；3096 down)，9037 (5120 up ；3917 down)，10190 (5706 up ； 4484 down) 和10033 (5638 up ；4395 down)，明显看到每个时间点产生上调的基因要多于下调。同...

问题 omicsclass/gene_family同时有latest和V1.0.1两个版本，挂载时出错

Error response from daemon: pull access denied for it, repository does not exist or may require 'docker login': denied: requested access to the resource is denied. 麻烦老师解答一下，之前听docker blast那里挺顺利的，在基因家族分析课这里卡住了

文章 bwa-mem2的用法

...定输出文件 -t 指定线程数 也可以直接在末尾使用 > and 2>来输出sam文件和log日志 和 –M 可以兼容Picard -R 可以指定read group头部,可被添加到输出文件头部

文章 非负矩阵分解（cNMF）

...序，比如2022年7月发表在《Nature Genetics》题为Single-nucleus and spatial transcriptome profiling of pancreatic cancer identifies multicellular dynamics associated with neoadjuvant treatment的文章中，研究者使用共识非负矩阵分解（cNMF）从头学习了跨不同肿瘤的...

文章 混合线性模型中BLUE值 VS BLUP值

...) #计算遗传力 summary(as2)$varcomp str(dat) 'data.frame': 496 obs. of 9 variables: $ location: Factor w/ 4 levels "ARC","CLY","PPAC",..: 1 1 2 2 3 3 4 4 1 1 ... $ rep : Factor w/ 2 levels "1","2": 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 ... $ block : Factor w/ 8 levels "1","2","3","4",..: 4 6 5 4 8 5 ...

文章 蛋白质定量—MaxQuant软件的使用

...“No fractions”或者”Set fractions”。 3.设置组特定参数Type 中设置使用的标记技术。 4.设置全局参数Sequences 中添加物种蛋白质序列文件。设置Taxonomy ID，输入物种拉丁文名称即可得到。 5.点击开始，启动运行。 好了今天先...