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文章 TCGA数据库介绍

...腺癌CHOLcholangiocarcinoma胆管癌CESCcervical squamous cell carcinoma and  endocervical adenocarcinoma宫颈鳞癌与宫颈腺癌LUADlung adenocarcinoma肺腺癌LIHCliver hepatocellular carcinoma肝细胞癌ACCadrenocortical carcinoma肾上腺皮质癌只有01样本KICHkidney chromophobe肾嫌...

文章 QIIME1格式转换

...IIME1镜像） biom convert -i mat.txt -o otu_table.from_txt.biom --table-type="OTU table" --process-obs-metadata taxonomy --to-hdf5 3.在运用QIIME1脚本进行分类： 不同水平下相对丰度文件： summarize_taxa.py -i otu_table.from_txt.biom -o taxa_summary/relative_abundance --lev...

文章 ls常用参数及ls只列出部分目录或文件

...: ls -al | grep "^d" 命令2: ls -F | grep "/$" -F 文件类型（File type）：-F可以在每一个列举项目之后添加一个符号，例如：/ 表明是一个目录；@ 表明是到其它文件的符号链接；* 表明是一个可执行文件 2.只显示文件 ls -al | grep "^-" ...

文章 linux中查找包含指定内容的文件

...名为.log的文本文件，并找出包含”ERROR”的行  find / -type f -name “*.log” | xargs grep “ERROR”  例子：从当前目录开始查找所有扩展名为.in的文本文件，并找出包含”thermcontact”的行 find . -name “*.in” | xargs grep “thermcontact” ...

问题 在做GWAS关联分析，利用gapit软件报错

Error in file(filename, "r", encoding = encoding) :    cannot open the connection Calls: source -> file In addition: Warning message: In file(filename, "r", encoding = encoding) :   cannot open file '/biosoft/GAPIT3.0/gapit_functions.txt': No such file or directory Execution halted

问题 老师您好，我在文件共享时出现不能共享的问题，具体操作如下：

sudo mount -t vboxsf windows-share /home/manager/share 结果为：/sbin/mount.vboxsf: mounting failed with the error: No such device，该怎么解决，谢谢

问题 请问老师，motif分析之后，html文件打不开，显示如下

not well-formed (invalid token) at line 177, column 44, byte 5589 at /biosoft/miniconda/envs/genefamilyenv/lib/meme-5.1.0/perl/CheckingSAX.pm line 46.Warning: meme_xml_to_html exited abnormally and may have failed to create HTML output.

文章 收藏贴-基因/蛋白功能注释、富集分析在线工具详解

...目前网站接受多种形式的id，包括Entrez Gene ID，RefSeq (RNA and Proteins)， Gene Symbol and aliases，Ensembl (Gene, Transcript, Protein)，UCSC，UniProt。 用户输入需要分析的基因并提交，网站会对提交的基因id进行识别鉴定，之后可以选择分析方式...

问题 请问老师R脚本运行后没有图片输出怎么处理？

Fst和pi一起做选择清除分析，报错：z Fst quantile:  0.7538857 1.410428 1.95557 2.640438  log2 Pi ratio(popa/popb) quantile:  0.4297574 0.8249645 1.297266 4.702742  Error in dev.off() : cannot shut down device 1 (the null device) Execution halted

问题 根据log文件判断进化树最佳模型

...0.850      51 Optimal log-likelihood: -8620.640      52 Proportion of invariable sites: 0.021      53 Gamma shape alpha: 7.556      54 Parameters optimization took 1 rounds (0.100 sec)

问题 老师您好，我在用MEGA11建系统发育树时出现了错误的提示

MEGA failed to parse the input file:Invalid base found:1(in line 4）

文章 Cox与KM生存分析及结果解读

...mula = Surv(time, status) ~ sex, data = lung)  n= 228, number of events= 165        coef exp(coef) se(coef)      z Pr(>|z|)   sex -0.5310    0.5880   0.1672 -3.176  0.00149 **---Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ...

文章 快速解读：3-5分的蛋白质组学文章思路

...大家重点介绍一下转录组测序分析的相关知识。 Question and Answer 1、什么是转录组测序？ 转录组广义上指在某一生理条件下，细胞内所有转录组产物的集合，包括：mRNA、ncRNA、rRNA等；狭义上指所有mRNA的集合。 转录组测序的研...

文章 快速解读：3-5分的蛋白质组学文章思路

...大家重点介绍一下转录组测序分析的相关知识。 Question and Answer 1、什么是转录组测序？ 转录组广义上指在某一生理条件下，细胞内所有转录组产物的集合，包括：mRNA、ncRNA、rRNA等；狭义上指所有mRNA的集合。 转录组测序的研...

文章 数据分析代码2__用法

这个代码有两个主模块，DataFetcher and CountSummarizer 前者使用cr调用，用于从根据参考列提取数据， 比如有一个文件想根据这里的某一列提取行，参考数据如下 使用代码，得到结果 后者使用ex调用，功能复杂一点，用法比较...