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文章 从TCGA数据库中下载指定类型样本的数据

... platform = "Illumina HiSeq", file.type = "results", experimental.strategy = "RNA-Seq", sample.type = "Primary solid Tumor") TCGA数据库中主要有如下几种类型的样本： 如果您想学习TCGA...

文章 subset_column.r 根据ID列表，取对应列的数据：

...ed]  -o outdir, --outdir outdir                        output file directory [default cwd]  -p prefix, --prefix prefix                        output file name prefix [default demo] 参数说明： -i 输入要处理的表格，第一列会都成行名 TCGA-D7-A74A-0...

问题 bedtools intersect -wo -nonamecheck -F 0.1 -a region_merged.bed -b $vcf >var.txt

bedtools  intersect -wo -nonamecheck -F 0.1  -a  region_merged.bed -b $vcf >var.txt ***** ERROR: -b option given, but no database file specified. *****

问题 有参转录组分析，合并样本count值文件报错。

... tumor_rep3_gene.tsv -l tumor_rep3 Traceback (most recent call last):   File "/mnt/data/home/tycloud/RNAseq/scripts/merge_gene_count.py", line 12, in <module>     import pandas as pd ModuleNotFoundError: No module named 'pandas'

文章 如何设置EditPlus/notepad++的默认编码utf-8方式 避免中文乱码

...弹出用户配置对话框然后，在下面的对话框中的左侧选择Files设置项，在右侧面板中选择UTF-8编码即可： 最后点击OK，完成设置！

文章 QIIME1格式转换

...e.from_txt.biom --table-type="OTU table" --process-obs-metadata taxonomy --to-hdf5 3.在运用QIIME1脚本进行分类： 不同水平下相对丰度文件： summarize_taxa.py -i otu_table.from_txt.biom -o taxa_summary/relative_abundance --level 2,3,4,5,6,7 不同水平下绝对丰度文件...

文章 qiime自带的alpha_diversity.py脚本报错

..._species,shannon,chao1,simpson,ace,goods_coverage 在运行时报错 File "/share/work/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/scikit_bio-0.2.3-py2.7-linux-x86_64.egg/skbio/diversity/alpha/_ace.py", line 70, in ace raise ValueError("The only rare OTUs are singletons, so t...

文章 subset_row.r 提供列表，在行上取数据子集

...ed]  -o outdir, --outdir outdir                        output file directory [default cwd]  -p prefix, --prefix prefix                        output file name prefix [default demo] 参数说明： -i 输入要取子集的数据， ID TCGA-D7-A74A-01A-11R-A32D-31 TC...

问题 共线性分析画圈图的时候出现报错Width (0) and height (0) cannot be

Reading control file error: For input string: "1000    //plot width and height (in pixels)"Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: Width (0) and height (0) cannot be <= 0    at java.desktop/java.awt.image.DirectColorModel.createCompatibleWritableRaster(DirectColorMode...

问题 在绘制circos图时 基因组之间的共线性关系无法用条带状表示

....75        color=82,82,82,0.7        crest=0.5        file=/home/manager/share/cir/genome.txt  ribbon=yes  flat=yes         radius=0.88r    <rules>            <rule>                condition=var(intrachr)            &...

文章 pfam数据库介绍及使用

...-coil motifs, regions that typically contain alpha-helices that are coiled together in bundles of 2-7.DisorderedRegions that are conserved, yet are either shown or predicted to contain bias sequence composition and/or are intrinsically disordered (non-globular). 2. clan 对多个family进行相似...

问题 Circos画图时，想把连接的线换成不同的颜色，配置文件怎么改，基因ID的颜色怎么改？

...purity=0.75        color=set2-8-qual-1        crest=0.5        file=/Users/823371123/Desktop/work/SBT/棉花基因家族分析/共线性分析/ghgrga/quan/SBTLickedRegion.tab.txt        radius=0.88r        <rules>            <rule>                color=r...

文章 使用orthomcl分析同源基因时的 mysql数据库操作

...名为user01的用户，并设置密码为123.comgrant all on orthomcl.* to 'user01'@'%';   #赋予user01用户操作orthomcl数据库的所有权限，user01处为用户名，%代表任何主机#flush privileges;   上一条报错可先执行此命令 此外，我们在网易云课堂上...

问题 juicer 报错： Failure during chimera handling of

...报错： awk: calling undefined function and input record number 1116, file /home/data/t090519/JF/20.Jui/juicer/work/splits/JF2.fastq.gz.sam source line number 298***! Failure during chimera handling of /home/data/t090519/JF/20.Jui/juicer/work/splits/JF2.fastq.gz附件为nohup.out信息，报错...

文章 cytoscape-cytoHubba插件的安装与使用

...oHubba插件，进行download 点击Apps-App Manager，点击install from file 找到cytoHubba的存放路径，打开之后就安装好了 3.cytoHubba插件使用 打开cytoscape导入网络之后，在Apps点击cytoHubba 1、首先选择左边的cytoHubba进入工作页面 2、选target netw...