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文章 vcf文件annovar的注释结果绘制瀑布图maftools分析

...38 -out  154 -remove -protocol \ refGene,cosmic70,nci60,esp6500siv2_all,clinvar_20210501,1000g2015aug_all,1000g2015aug_eas,1000g2015aug_sas,avsnp150,gwasCatalog,ljb26_all,cytoBand,dgvMerged,phastConsElements100way,genomicSuperDups -operation g,f,f,f,f,f,f,f,f,f,f,r,r,r,r -nastring . -vcfinput 2....

问题 clustalw2多序列比对，序列输入不进去

在linux系统下,我输入clustalw2命令, 返回以下提示:********************************************************************** CLUSTAL 2.1 Multiple Sequence Alignments  **********************************************************************     1. Sequence Input From Disc     2. Mu...

文章 immunedeconv 包安装错误： download from 'https://api.github.com/repos/icbi-lab/immunedeconv/tarball/HEAD' failed

remotes::install_github("icbi-lab/immunedeconv")Downloading GitHub repo icbi-lab/immunedeconv@HEADError in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet,  :  download from 'https://api.github.com/repos/icbi-lab/immunedeconv/tarball/HEAD' failed 可以用Rstudio安装包： ...

文章 BaiduPCS-Go 报错 | 上传文件失败, 分片上传—合并分片文件: 遇到错误, 远端服务器返回错误, 代码: 31352, 消息: commit superfile2 failed

...使用BaiduPCS-Go上传文件时报错： [1] ↑ 1.03GB/1.03GB 1.81MB/s in 39s ............[1] 上传文件失败, 分片上传—合并分片文件: 遇到错误, 远端服务器返回错误, 代码: 31352, 消息: commit superfile2 failed, 重试 1/3 [1] 准备上传: /share/nas1/bam [1] 上传...

问题 单细胞高级分析代码的报错求助

...lltype.tsv -p suture.added.celltype -n mycelltype > obj=readRDS("~/single-cell/1_suture_stem_cell_analysis/04.cell_type_ann/suture.added.celltype.rds") > DefaultAssay(obj) [1] "RNA" > marker <- c("Mmp9","Cd68","Pclaf","Smc2","Cd79a","Cd79b","Nt5e","Cd44", + "Cdk6","Runx2...

文章 win10装docker desktop提示Installation failed: Containers Windows Feature is not available

在装docker的过程中如有以下报错 解决方法：新建containers.cmd，编辑内容如下，以管理员身份运行，执行完后按照提示重启电脑 pushd "%~dp0"dir /b %SystemRoot%\servicing\Packages\*containers*.mum >containers.txtfor /f %%i in ('findstr /i . con...

文章 docker启动报错：Error starting daemon: SELinux is not supported with the overlay2 graph driver on this ke

... systemctl start dockersystemctl status docker -l 报错：Error starting daemon: SELinux is not supported with the overlay2 graph driver on this kernel. Either boot into a newer kernel or disable selinux in docker (--selinux-enabled=false) 解决方案： 意思是说：此linux的内核...

文章 TCGA数据分析ceRNA的套路

ceRNA( Competing endogenous RNA) 是真核生物体内存在一种多个RNA分子竞争性的与miRNA结合，从而形成的一种相互调节机制。 今天给大家介绍一篇ceRNA研究套路的文章《comprehensive analysis of a long noncoding rna-associated competing endogenous rna network ...

文章 基因家族分析如何能发到cells？！

...eals A Novel Member Involved in Arbuscular Mycorrhizal Phosphate Transport and Immunity. Yi Zhang at all. Cells, 2019 05 22; 8(5) . 总有同学咨询基因家族分析类文章可以投哪些期刊，闲暇之余，小编就整理了一下接收过基因家族分析类文章的期刊，供...

问题 在学习基因组重测序过程中，执行变异结果统计与绘图展示的命令报错

...-vcf snp.unknown_multianno.vcf -type snp perl $scriptdir/vcf_stat.pl -vcf indel.unknown_multianno.vcf -type indel 报错：2024-03-26 10:56:32:    Rscript /work/my_reseq/scripts/barplot.r -i /work/my_reseq/5.var_ann/SNP_gene_ann.stat -o /work/my_reseq/5.var_ann -n SNP_gene_ann --> Q&A fo...

文章 不同物种基因组之间的比对与可视化

...对于大规模基因组比对，一些优化的算法如Bowtie、BWA、minimap2等更为常用。3.比对执行： 使用选择的比对算法将两个或多个基因组的序列进行比对。这通常涉及将一个基因组的序列（查询序列）与另一个基因组的序列（参考序列...

文章 单细胞转录组-inferCNV拷贝数变异分析介绍

...mn indicates the annotation matching to each cell from the input provided, and there should not be any mix since the cells have been clustered by the same annotation. 第一列色柱根据分析时group_by_cluster参数设置的不同(True/False)会对结果产生差异: 如果group_by_cluster = F...

文章 bedtools安装报错cc1plus: error: unrecognized command line option "-std=c++11"

...releases 安装方法：https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/installation.html $ wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.25.0/bedtools-2.25.0.tar.gz $ tar -zxvf bedtools-2.25.0.tar.gz $ cd bedtools2 $ make 源码安装，直接make，会报错如下：我的gcc...

文章 施一公：如何提高英文的科研写作能力

...，John告诉我，“Spend 45 minutes every day reading Washington Post, and you will be cruising with your written English in two years”(每天花45分钟读《华盛顿邮报》,两年后你的写作能力会得心应手)。这条建议正合我意 - 我原本就对新闻感兴趣！于是，...

问题 问题："不能为虚拟电脑 Bio-Linux-8.0.7 打开一个新任务",已经按照提示看了自己的虚拟化设置是打开的，但还是下面的结果，求解答！

不能为虚拟电脑 Bio-Linux-8.0.7 打开一个新任务. The virtual machine 'Bio-Linux-8.0.7' has terminated unexpectedly during startup with exit code 1 (0x1). More details may be available in 'D:\软件安装包\VM\Bio-Linux-8.0.7\Logs\VBoxHardening.log'. 返回 代码: E_FAIL (0x80004005)...