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问题 R语言，KNN补值函数impute.knn函数

...drop(rep(1, p) %*% is.na(x))  #matrix multiplication   #count NA number in each sample   if (any(col.nas > colmax * p)) {        stop(paste("a column has more than", format(round(colmax * 100)), "% missing values!"))   }   x <- knnimp(x, k, maxmiss = rowmax, maxp = maxp)   #???...

文章 cnv_dumbbell_plot.r 绘制哑铃图ggplot2包

...e/1572 optional arguments: -h, --help show this help message and exit -c CNV_DATA, --cnv_data CNV_DATA input cnv data file path[required] -g GENE_SYMBOL, --gene_symbol GENE_SYMBOL Enter the file path that contains the gene ...

文章 用AI写代码批量整理GEO数据库中的单细胞数据

...s://www.doubao.com/thread/w19bbe94b644bac3d 给我的命令： #!/bin/bash# 遍历当前目录下所有以 GSM 开头的文件for file in GSM*; do # 提取 _ 到最后一个数字的内容 identifier=$(echo "$file" | sed 's/.*_\([^_]*[0-9]\).*/\1/') if [ -n "$identifier" ]; then ...

问题 genome-annotation的docker转singularity的容器后，rmblast使用报错。

...ocker里面能正常使用。但由于是在HPC服务器上跑，只支持singularity，因此将docker容器转化为singularity的沙盘后运行。发现多个涉及repeatmasker的脚本不能正常运行，原因是repeatmasker没有配置rmblast。于是手动cofigure，提示错误。原因是...

问题 动植物基因组组装课程，结构注释部分，运行braker.pl出错

... braker.pl --species=$species \    --genome=$contig \    --softmasking \    --bam=rnaseq.bam \    --cores=$threads \    --useexisting   \    --gff3 --skip_fixing_broken_genes 系统提示： Failed  to create new species with new_species.pl, check write permissions in /shar...

文章 《Nature》发文描述几百万年间柑橘如何从喜马拉雅山到我们的餐桌

...”和口感好的新品种。 参考文献：《Genomics of the origin and evolution of Citrus》 Nature原文地址：https://www.nature.com/articles/nature25447 授权转载自cnbeta.com

问题 Linux中FOR循环做BWA比对报错[main_samview] fail to read the header from "-".

按照重测序课程中的命令 for i in CB2 CB3; do echo  "RUN CMD: bwa mem  Prunus_dulcis.T2T.assembly.fa ${i}_1.fq.gz \ ${i}_2.fq.gz -t 10 -M \ -R '@RG\tID:${i}\tLB:${i}\tPL:ILLUMINA\tSM:${i}' \ |samtools view -bS -h - > ${i}.bam" nohup bwa mem  Prunus_dulcis.T2T.assembly.fa ${i}_...

文章 make Cladogram with microbiomemarker

...上代码： if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) { install.packages("BiocManager") } ​ BiocManager::install("microbiomeMarker") ​ library(microbiomeMarker) library(ggplot2) ​ #方便起见，直接使用该包自带的数据，构建一个phyloseq格式的数据 ​ data...

问题 win10专业版是已激活的正版（见图1）却没有hyper-v选项（见图2），使用代码（见如下文本）进行重新安装也显示找不到文件（见图3）

pushd "%~dp0"dir /b %SystemRoot%\servicing\Packages\*Hyper-V*.mum >hyper-v.txtfor /f %%i in ('findstr /i . hyper-v.txt 2^>nul') do dism /online /norestart /add-package:"%SystemRoot%\servicing\Packages\%%i"del hyper-v.txtDism /online /enable-feature /featurename:Microsoft-Hyper-V-All /LimitAc...

问题 R脚本画相关性散点图时报错

使用课程中的R语言脚本画图时，提示报错如下 Error in `[.data.frame`(metadata, , opt$cor_name) : 选择了未定义的列 Calls: print ... scales_add_defaults -> lapply -> FUN -> [ -> [.data.frame 我的数据为两列污染数据，类似： 已转为tsv格式 源...

问题 根据课程基因组重测序的脚本，进行片段inner size，片段选择是否异常和测序深度与覆盖度统计均未能生成pdf文件，直接弹出如下对话框和如下命令

 Exception in thread "main" java.awt.AWTError: Can't connect to X11 window server using 'localhost:12.0' as the value of the DISPLAY variable.

问题 CombineGVCFs报错：htsjdk.samtools.SAMFormatException: Did not inflate expected amount

...染色体）。 我的GATK版本是4.3.0.0，运行脚本如下 gatk CombineGVCFs --java-options "-Xms100g -Xmx100g -XX:ParallelGCThreads=4" --use-jdk-inflater true --use-jdk-deflater true --reference /path/to/part.fasta $(for i in {001..300}; do echo "--variant /path/to/part_gvcf/${i}.g.vcf.gz " ;...

文章 不同物种基因组之间的比对与可视化

...对于大规模基因组比对，一些优化的算法如Bowtie、BWA、minimap2等更为常用。 3.比对执行： 使用选择的比对算法将两个或多个基因组的序列进行比对。这通常涉及将一个基因组的序列（查询序列）与另一个基因组的序列（参考序...

文章 IF=13.8 | 青藏高原人群肠道微生物生物标志物的荟萃分析及微生物群衍生的丁酸盐在高海拔适应中的功能

... identifying gut microbial biomarkers of Qinghai-Tibet Plateau populations and the functionality of microbiota-derived butyrate in high-altitude adaptation”的文章，该文章找到了可能与高原适应相关的肠道微生物标志物，并揭示了丁酸在减轻高原环境造成的肠道...

文章 perl中的列表与数组

...this", "is","a", "string"); # 结果为"this is a string"@list = ("words","and");$string = join("::", @list, "colons"); #结果为"words::and::colons"@array = split(/::/,$string); # @array = ("words","and", "colons") now -------------------------------------------------------如果把标量认为...