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文章 6分SCI（医学类）-按这个思路很好发！

...可见cg13652336, cg25123470和cg06038133为风险因子，而cg05254747 and cg04907664为保护因子。 模型性能评估 为了评估预后预测模型的性能，以预测模型在数据集上预测值的中位值为阀值将样本分成高风险和低风险两组，两组样本采用KM分...

文章 胃癌免疫侵润预后Signature数据挖掘-糖酵解

...，最终：1,140 patients for analysis, including 337 patients from TCGA and 803 patients from GEO。糖酵解相关基因集：从Molecular Signatures Database v4.0数据库中筛选与糖酵解相关的基因集5个：BIOCARTA_GLYCOLYSIS_PATHWAY, GO_GLYCOLYTIC_PROCESS,HALLMARK_GLYCOLYSIS,KEGG_GLY...

问题 用TBtools绘制两个物种的进化树+motif+基因结构三连图时报错问题

...误： =======================================================A Big Warniing====================================================== IDs that you used as input do       NOT present in gff/gtf file.      Examples of valid IDs is showed as bellowedGuess FileType is:GTFtranscript:AT1G03987.1tr...

文章 enrichGSEA_pip.r GSEA富集分析

...04optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -a all.deg.file, --all.deg.file all.deg.file                        all diff express gene list file,must include log2FC                        column, required  -g gmtfile, --gmtfile gmtfil...

文章 空间转录组细胞共定位分析结果解读 MISTy分析

...多个不同的“视角”来捕捉不同尺度上的相互作用： Intraview（Intrinsic） ：聚焦于单个spot内部的分子表达，即spot自身的特征。 Juxtaview ：关注邻近spot对目标spot的影响，即局部微环境中的spot间相互作用。 Paraview ：考虑更广泛...

文章 泌尿感染（UTIs）宏基因组分析

... Wallace MA, Burnham CD, Dantas G. Substantial overlap between symptomatic and asymptomatic genitourinary microbiota states. Microbiome. 2022 Jan 17;10(1):6. doi: 10.1186/s40168-021-01204-9. PMID: 35039079; PMCID: PMC8762997.

问题 重测序

...令就不报错，这是怎么回事？ sh: -I: command not found warning, cmd:     -I $workdir/3.map/result/${i}.sorted.dedup.bam \ failed with ret: 32512, going to retry. sh: -c: line 0: unexpected EOF while looking for matching `"' sh: -c: line 1: syntax error: unexpected end of file sh...

问题 R分析KEGG报错两处：绘制富集的pathway和KEGG富集结果气泡图

...     = 'hsa', +                    pvalueCutoff = 0.05) Reading KEGG annotation online: Reading KEGG annotation online: > head(kegg)                ID                           Description GeneRatio  BgRatio       pvalue     p.adjust       q...

文章 IF=5|干眼症微生物多样性分析案例解析

...Li T, et al. Comparison of the Ocular Microbiomes of Dry Eye Patients With and Without Autoimmune Disease. Front Cell Infect Microbiol. 2021;11:716867. Published 2021 Sep 22. doi:10.3389/fcimb.2021.716867

问题 TCGAbiolinks下载“Copy Number Variation”在提取矩阵时报错（在下载miRNA和甲基化数据时也遇到这个问题）， expdat变量不是SummarizedExperiment这个类型，导致assay(expdat)不能提取，请问怎么解决

#  加载需要的包library(SummarizedExperiment)library(TCGAbiolinks) #下载Copy Number Variation数据  query <- GDCquery(project =  "TCGA-CHOL",                     data.category = "Copy Number Variation",                     data.type = "Copy Number Segment")  ...

文章 封装型分面facet_wrap()

...~ 4        20    28 p    # ... with 224 more rows, and 1 more variable: class <chr>> P <-  ggplot(mpg,aes(x = cty, y = hwy)) + geom_point()+ facet_wrap( ~ cyl + drv, nrow = 2 )> print(P) 基于cly 和drv 两列变量进行分面 生...

文章 蛋白序列亚细胞定位 WoLF PSORT

... Wang, W. (2015). Protein Subcellular Location: The Gap Between Prediction and Experimentation. Plant Molecular Biology Reporter, 34(1), 1-10. 更多生物信息课程：https://study.omicsclass.com/index 延伸阅读：获取MOTIF 位置信息矢量图 | 做韦恩图？自己搞定！| Map...

问题 变异注释

老师，您好，我使用annovar注释变异的时候报错：Error: invalid record found in exonic_variant_function file (exonic format error): <line79synonymous SNVLOC119691921:XM_048633226.1#NC_063982.1#16995:exon3:c.C99T:p.L33L,LOC119691921:XM_048633233.1#NC_063982.1#16995:exon3:c.C99T:p.L3...

问题 我在call snp,使用GATK导入db,得到的结果中没有callset.json文件，我一共15条染色体，db文件夹里只有两个染色体的文件夹内容，麻烦老师解答

...--tmp-dir $tmpdir  -R $REF --batch-size 5 \ --reader-threads 5 --max-num-intervals-to-import-in-parallel 5 \ --genomicsdb-workspace-path db --sample-name-map cohort.sample_map

文章 在线绘制基因染色体位置图

...置图的在线网站——MapGene2Chrom。网站地址：http://mg2c.iask.in/mg2c_v2.1/。 输入文件准备 绘制染色体位置图需要准备两个文件：基因位置文件和染色体长度文件。基因位置文件格式如下： AT1G06180.1    1889408 1891158 Chr1    AT1G08810.1...