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文章 Treemix 软件：群体基因交流分析的得力工具

.... Do a round of global rearrangements after adding all populations  -tf [file of nwk]  Read the tree topology from a file  -m [int] 基因流次数 -root [string]  -se 权重标准误 -bootstrap -noss 关闭亚群个体的矫正，当你的亚群中仅存在一个个体的时候可以使...

问题 请问老师，对基因组数据进行处理，保留最长转录本为何会出现一个基因有两个5端UTR？如截图所示。

...A;gene=LOC105391084;model_evidence=Supporting evidence includes similarity to: 1 mRNA%2C 3 ESTs%2C 46 Proteins%2，按道理讲保留得最长转录本应该只有一个阿？而且就算是这条基因有多个转录本，出现多个utr是正常的，那应该XM也是不一样的，而这个基因...

问题 老师，使用非ensemble数据库的蛋白质序列和基因组染色体fasta文件脚本要怎么进行修改呢？

...里的pep和toplevel文件下载之后解压总是提示unexpected end of file, 就从其他数据库下载了pep和toplevel的文件， 在除重复的hmmer搜索的转录本ID，多个转录本ID保留一个作为基因的代表的时候，得到了异常的结果，请问我是应该如何修...

文章 java 安装以及环境变量配置

...JAVA_HOME 变量名        JAVA_HOME 变量值        C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_152  你的jdk安装地址 2.配置PATH                               变量名  Path 变量值  %JAVA_HOME%\bin;     注：不同的路径用";" 分隔，注意是英文状态...

文章 非小细胞肺癌（GSE123904）

...et -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE123904&format=file" -O GSE123904_RAW.tartar xvf GSE123904_RAW.tar 准备map.txt文件： LX653PRIMARY_TUMOURLX676PRIMARY_TUMOURLX682PRIMARY_TUMOURLX699METASTASISLX661PRIMARY_TUMOURLX255BMETASTASISLX682NORMALLX701METASTASISLX666METAST...

文章 使用orthomcl分析同源基因时的 mysql数据库操作

...名为user01的用户，并设置密码为123.comgrant all on orthomcl.* to 'user01'@'%';   #赋予user01用户操作orthomcl数据库的所有权限，user01处为用户名，%代表任何主机#flush privileges;   上一条报错可先执行此命令 此外，我们在网易云课堂上...

问题 做有参转录组分析，在进行基因表达定量的时候，出现如下警告，请问老师这是什么原因呀

...ent object: Paired-end read 'A00224:87:H5WHYDSXX:1:2474:9118:3098' aligned to utg9_pilon_pilon_pilon:[3553256,3553424)/+>.24000000 SAM alignment record pairs processed.24100000 SAM alignment record pairs processed.24200000 SAM alignment record pairs processed.Warning: Mate pairing was ambiguous f...

文章 vim显示行号、跳转到指定行或列

...r，是vim普通模式下用于跳转到当前行某一列的一个命令 (To screen column [count] in the current line)，| 表示当前行的第0列 (行首) (2)正常模式下输入命令 $ 跳转光标到当前行的行尾； (3)正常模式下输入vim命令 0nl 或 n| 跳转到当前行...

文章 中国学者揭示:不运动不吃药也能瘦！

...刊《Cell Metabolism》上发表了题为“Very-low-protein diets lead to reduced food intake and weight loss， linked to inhibition of hypothalamic mTOR signaling， in mice”的文章，为我们找到了一条不经运动、不吃药就能减肥的科学线索：1％蛋白质饮食可通过...

文章 如何预测蛋白质保守结构域？-InterPro在线工具使用详解

...ID、GO term ID、关键词等。3. 按结构域查找：点击Add Domain to include按钮，填写结构域Pfam ID，即可查询Pfam数据库中含该结构域的蛋白，并且还可以通过点击Add Domain to exclude按钮，添加不包含某结构域条件进行快速筛选。结果展示Inte...

文章 ls常用参数及ls只列出部分目录或文件

...令1: ls -al | grep "^d" 命令2: ls -F | grep "/$" -F 文件类型（File type）：-F可以在每一个列举项目之后添加一个符号，例如：/ 表明是一个目录；@ 表明是到其它文件的符号链接；* 表明是一个可执行文件 2.只显示文件 ls -al | grep "^-"...

问题 R分析KEGG报错两处：绘制富集的pathway和KEGG富集结果气泡图

...保存 > setwd(paste(work_dir,"KEGG",sep="/")) > write.table(kegg, file = "KEGG_enrichment_stat.txt",sep="\t", row.names =F, quote = F) > #KEGG富集结果气泡图 > pdf(file = "kegg_dotplot.pdf",width=24, height=18) > dotplot(kegg,title="Enrichment KEGG_dot") wrong orderBy par...

问题 MUMmer共线性分析报错suffix tree construction failed: textlen=712946597 larger than maximal textlen=536870908

...: PREPARING DATA 2,3: RUNNING mummer AND CREATING CLUSTERS # reading input file "nucmer.ntref" of length 712946597 # construct suffix tree for sequence of length 712946597 # (maximum reference length is 536870908) # (maximum query length is 4294967295) # process 7129465 characters per dot /usr/bin/m...

文章 barplot()R语言绘制状图

...ader = T,row.names = 1,sep="\t")d<-as.matrix(t(d))barplot(d)box("l")pdf(file = "bar.pdf",h=7,w=14)cc=c("#e41a1c","#377eb8","#4daf4a")par(mar=c(5,20,4,2))p=barplot(d,beside = TRUE,width = 1,xlab = "Relative abundance",bty = "n", col = cc,border = NA,horiz = T,xaxs="i",names.arg = NULL,axisnames=F)...

文章 docker pull下载镜像出现：error pulling image configuration: received unexpected HTTP status: 500 Internal Server Error

...镜像是出现网络错误，或者下载很缓慢： [root@VM_0_16_centos ~]# docker pull docker.io/omicsclass/gene-familyUsing default tag: latestTrying to pull repository docker.io/omicsclass/gene-family ...latest: Pulling from docker.io/omicsclass/gene-familyab5ef0e58194: Already exists3afe06e...