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文章 qiime2 安装-使用国内镜像避免网络原因报错：

...024.10-py310-linux-conda.yml conda env create -n qiime2-amplicon-2024.10 --file qiime2-amplicon-2024.10-py310-linux-conda.yml 注意这里的文件需要修改一下，镜像源修改为国内的清华镜像，其他不变： channels:  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/qi...

文章 什么是MD5

...该软件后，对下载回来的文件用专门的软件（如Windows MD5 Check等）做一次MD5校验，以确保我们获得的文件与该站点提供的文件为同一文件。 具体来说文件的MD5值就像是这个文件的“数字指纹”。每个文件的MD5值是不同的，如果...

文章 Python中运行时出现SyntaxError报错

...在Python中运行时出现 SyntaxError: Non-ASCII character ‘\xe9’ in file 异常……   经过查询找到原因：Python的默认编码文件是用的ASCII码，你将文件存成了UTF-8也没用。 解决办法很简单： 只要在文件开头加入 # -- coding: UTF-8 -- 或者 #codi...

问题 扩增子：真菌ITS分析unite不匹配

...7.qza \    --p-trim-length -1 \    --p-sample-stats \    --p-jobs-to-start 10 \    --p-min-reads 1 \    --o-representative-sequences deblur-repset-seqs.qza  \    --o-table deblur-table.qza \    --o-stats deblur-stats.qza 报错如下                     There was ...

问题 关于RNAseq的docker分析中获取基因长度报错问题

... -p gene_length；报错信息为： Traceback (most recent call last):  File "../scripts/get_gene_length_from_gtf.py", line 51, in <module>    if kvs['gene_id'] in geneL and kvs['transcript_id'] in geneL[kvs['gene_id']]:KeyError: 'gene_id'gtf如下：请教老师如何解决这个问题...

文章 perl的内置函数scalar

...度，但是，在scalar的说明里面并没有这一项。 Forces EXPR to be interpreted in scalar context and returns the  value of EXPR. 中文含义：强制表达式EXPR在标量上下文进行解释。 假如，我定义了一个数组@arr=("one","two","three")，该数组在标量环境...

问题 作共线性分析的时候，用水稻的bed文件，无法获得水稻的cds，是不是因为水稻的cds.fa文件内是os08t0254300-00，而不像拟南芥的at012358.1这样后缀不一样，所有无法过去它的cds

...:SeqIO; use Bio::Seq; #读入蛋白序列 $in = Bio::SeqIO->new( -file   => "$ARGV[1]", -format => 'Fasta' ); #输出蛋白序列： $out = Bio::SeqIO->new( -file   => ">$ARGV[2]", -format => 'Fasta' ); #读取需要提取基因ID my %keep = (); open IN, "$...

问题 在使用R语言read.table的时候，一直提示“'row.names'里不能有重复的名字”

使用的代码如下 rawdata=read.table(rawdata_file, header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE,row.names = 1) 文件大概是这个样子的，就是按照课程中的基因表达量提取的方法得到的文件 我知道他的意思好像是第一列有重复的数值，但总共有超过20000行...

文章 NCBI 蛋白数据库分库

... 17 MB and contains two columns:  the protein's gi  and taxid.#Divisions file (division.dmp):#       division id                             -- taxonomy database division id#       division cde                            -- GenBank division code (three characte...

文章 shebang介绍及用法

...的，而不是读就可以了，因此需要手动设置权限 chmod 755 file_name 然后你就可以直接使用该文件了，如 如果是常用的还可以链接到你你环境里有的路径，那就不需要路径了，直接输入文件名就能启动 除了直接设置结对路径...

文章 关于Cytoscape利用蛋白质互作网络分析info文件绘制网络图过程中节点String_id转换成GeneID 或者Symbol问题

...过程中，将整理后的deg_mapped对应的文件，作为Table导入，File——Import——Table——File，设定识别节点为String_id。之后在控制面板，Style下，修改节点Node的label显示，设置显示为输入table的Gene或者Symbol列即可让图片上节点显示的标...

问题 基因组注释：10.PASA_update，根据fa和gff文件生成pep或者cdna

基因组注释：10.PASA_update，根据fa和gff文件生成pep或者cdna文件，一直显示： No such file or directory at /share/work/biosofTransDecoder/TransDecoder-v5.5.0/util/../PerlLib/GFF3_utils2.pm line 37, <$filehandle> line 112.

文章 eQTplot包绘图报错解决：“Caused by error in `db_collect()`”

...装的dbplyrremove.packages("dbplyr")#重新安装指定版本的dbplyrdevtools::install_version("dbplyr", version = "2.3.4") 问题解决:） https://stackoverflow.com/questions/77370659/error-failed-to-collect-lazy-table-caused-by-error-in-db-collect-using

文章 TCGA癌症数据库挖掘发表的大文章CNS级别汇总2019

...inal marker publications by cancer type. Supplemental and associated data files are located in the GDC.2008Comprehensive genomic characterization defines human glioblastoma genes and core pathwaysExit DisclaimerNature. 2008;455(7216):1061-1068. doi:10.1038/nature07385 2011Integrated genomic analys...

问题 老师们好，在生成gvcf文件合并vcf文件时，出现这种警告信息，请问是什么原因，如何处理啊？

... at Chromosome hic_scaffold_1 position 9583478 (TileDB column 9583477) has too many genotypes in the combined VCF record : 1081 : current limit : 1024 (num_alleles, ploidy) = (46, 2). Fields, such as  PL, with length equal to the number of genotypes will NOT be added for this sample for this locati...