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文章 subset_row.r 提供列表，在行上取数据子集

...ed]  -o outdir, --outdir outdir                        output file directory [default cwd]  -p prefix, --prefix prefix                        output file name prefix [default demo] 参数说明： -i 输入要取子集的数据， ID TCGA-D7-A74A-01A-11R-A32D-31 TC...

问题 共线性分析画圈图的时候出现报错Width (0) and height (0) cannot be

Reading control file error: For input string: "1000    //plot width and height (in pixels)"Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: Width (0) and height (0) cannot be <= 0    at java.desktop/java.awt.image.DirectColorModel.createCompatibleWritableRaster(DirectColorMode...

问题 在绘制circos图时 基因组之间的共线性关系无法用条带状表示

....75        color=82,82,82,0.7        crest=0.5        file=/home/manager/share/cir/genome.txt  ribbon=yes  flat=yes         radius=0.88r    <rules>            <rule>                condition=var(intrachr)            &...

问题 juicer 报错： Failure during chimera handling of

...报错： awk: calling undefined function and input record number 1116, file /home/data/t090519/JF/20.Jui/juicer/work/splits/JF2.fastq.gz.sam source line number 298***! Failure during chimera handling of /home/data/t090519/JF/20.Jui/juicer/work/splits/JF2.fastq.gz附件为nohup.out信息，报错...

问题 Circos画图时，想把连接的线换成不同的颜色，配置文件怎么改，基因ID的颜色怎么改？

...purity=0.75        color=set2-8-qual-1        crest=0.5        file=/Users/823371123/Desktop/work/SBT/棉花基因家族分析/共线性分析/ghgrga/quan/SBTLickedRegion.tab.txt        radius=0.88r        <rules>            <rule>                color=r...

文章 pfam数据库介绍及使用

...-coil motifs, regions that typically contain alpha-helices that are coiled together in bundles of 2-7.DisorderedRegions that are conserved, yet are either shown or predicted to contain bias sequence composition and/or are intrinsically disordered (non-globular). 2. clan 对多个family进行相似...

文章 cytoscape-cytoHubba插件的安装与使用

...oHubba插件，进行download 点击Apps-App Manager，点击install from file 找到cytoHubba的存放路径，打开之后就安装好了 3.cytoHubba插件使用 打开cytoscape导入网络之后，在Apps点击cytoHubba 1、首先选择左边的cytoHubba进入工作页面 2、选target netw...

文章 预测miRNA前体

...precursor       total   seq     seq(norm) 1.2 输出结果 perl make_html2.pl -q expression_analyses/miRBase.mrd -k Rhi_mature.fa -y 24_10_2023_t_11_41_33 \-d -o -i expression_analyses/Rhi_mature_mapped.arf  -l  -M miRNAs_expressed_all_samples_24_10_2023_t_11_41_33.csv \-P -W expression...

文章 预测miRNA前体

...precursor       total   seq     seq(norm) 1.2 输出结果 perl make_html2.pl -q expression_analyses/miRBase.mrd -k Rhi_mature.fa -y 24_10_2023_t_11_41_33 \-d -o -i expression_analyses/Rhi_mature_mapped.arf  -l  -M miRNAs_expressed_all_samples_24_10_2023_t_11_41_33.csv \-P -W expression...

文章 ssGSEA.r 单样本基因集富集分析

...ed]  -o outdir, --outdir outdir                        output file directory [default cwd]  -p prefix, --prefix prefix                        output file name prefix [default demo] 参数说明： -i 基因表达量  ， 建议用TPM标准化之后的数据： IDTC...

问题 用 hisat2 建索引时出现 “is not reverse-deterministic, so reverse-determinize...”

...下命令： hisat2-build -p 12 --exon ${EXON} --ss ${SPLICE} ${FASTA_File} ${BASE_NAME} 结果如图所示： 最后系统自动kill掉了建索引的进程，请问这该怎么解决？谢谢！

文章 生存分析的Cox回归模型(比例风险模型)R语言实现及结果解读

...                      })res <- t(as.data.frame(univ_results, check.names = FALSE))as.data.frame(res) beta HR (95% CI for HR) wald.test p.value age 0.019 1 (1-1) 4.1 0.042 sex -0.53 0.59 (0.42-0.82) 10 0.0015 ph.karno -0.016 0.98...

问题 您好，我在用qiime2进行扩增子测序分析但是导入数据时会一直出现改错误，请问有什么合适的解决办法吗?

There was a problem importing manifest:   manifest is not a(n) PairedEndFastqManifestPhred33V2 file:   Filepath on line 1 and column "forward-absolute-filepath" could not be found ($PWD/home/qiime2/Public/data/dyj/HS15_1.fq.gz) for sample "HS15".

问题 想请问一下，我的代码在前面都是没有报错，但是运行这个代码之后，结果只显示了3个样本名称是为什么？

源代码： ##物种组成分析 qiime taxa barplot \   --i-table ../03.asv_taxonomy/feature-table-final.qza \   --i-taxonomy ../03.asv_taxonomy/taxonomy.qza \   --m-metadata-file $metadata \   --o-visualization taxa-bar-plots.qzv 结果：

问题 在virtualbox中导入虚拟电脑的bio-linux的ova失败~老师

...\Bio-Linux-2018-8-23-disk001.vmdk' (VERR_DISK_FULL). 返回 代码:VBOX_E_FILE_ERROR (0x80BB0004)组件:ApplianceWrap界面:IAppliance {8398f026-4add-4474-5bc3-2f9f2140b23e} bio-liux的ova包： 本地电脑E和F盘都有空间 从新删除过bio-liux从新下载过，也从新安装过virtu...