在我们的《TCGA-基因差异表达分析》课程和《TCGA-ceRNA网络分析》的课程中，我们都介绍了针对TCGA的转录组数据，进行基因的差异表达分析。当时我们介绍的都是采用edgeR 软件包进行的分析， 有学员问我，采用DESeq2 和limma 的方法...
...果如下表： 疾病相关基因查找： 首先作者通过SNP芯片分析发现，三姐妹各自基因组上有3.3Mb区域同源纯合 chromosome 20p13-p12.3，而在这个区域内没有报道过与POF相关的任何基因，因此作者做全外显子测序（WES）分析，在该区域...
...程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学...
...中与重金属响应相关的关键基因。 2.关键差异基因筛选分析 分别对这11组数据用limma包做差异表达分析，筛选条件为：corrected P-value < 0.05 and |log2FC| > 1。11组数据筛选了很多差异基因，这里就不再赘述分别是多少了。 查...
在NCBI上下载了一个冷门物种（芦笋）的GFF文件和CDS文件（如图1所示），但是这个CDS文件中的注释让我比较恼火，GFF文件中的任意识别ID（除了GeneID）都无法对应CDS文件中某个识别ID（如图2，包括transcript_ID,Protein_ID）那我如何提...
DCA曲线 DCA曲线，即决策曲线分析法（Decision Curve Analysis）,是用来帮助确定高风险患者进行干预，而低风险患者避免干预（避免过度医疗），即评价患者获益程度的一种评估方法。下图是2016年柳叶刀发表的一篇文章，文中首次进...
... \ --theme chinese 建议用vscode写markdown文件，安装图片插入插件 自动上传： paste image 自动生成封面： convert -size 900x506 \ gradient:'#1a1a1a'-'#2d2416' \ -font Helvetica -pointsize 48 -fill '#d4a853' -gravity Center \ -annotate +0-20 "安装指南" \...
有一份分析好的FPKM值，要是可以直接绘制基因表达量热图就不从头分析了。
...错的替代品的，比如这个pip_search， 简单就能看到软件版本，相关的其他软件版本及描述，最新上传日期，而且整洁美观这些内容一般够用了，但如果还需要更详细的，直接点表格上方链接跳转至pypi search的网站直接用pip安装...
...uant软件的使用这篇文章中分享了Maxquant软件的使用方法。分析完成后会产生很多的结果文件，第一次使用的同学可能会很困惑，这里再给大家介绍一下如何查看其结果文件。 结果解读 1.如果参数中路径没有额外设置，那么在原...
...数估计的同时实现变量（因素）的选择，较好的解决回归分析中的多重共线性问题，并且能够很好的解释结果。 一、LASSO简要介绍 随着科技的进步，收集数据的技术也有了很大的发展。因此如何有效地从数据中挖掘...
...I 应用于另一个热门领域——微生物组研究。那么利用 AI 分析微生物组数据都做出了什么新结果呢？ 1.微生物组或可预测人的实际年龄（南昌大学徐振江） mSystems——[IF:6.519] Human Skin, Oral, and Gut Microbiomes Predict Chronological Age...
R包pROC可以进行ROC曲线分析，涉及的主要函数是roc函数和plot.roc函数： 以自带数据为例： > library(pROC)> data("aSAH")> head(aSAH,10) gos6 outcome gender age wfns s100b ndka29 5 Good Female 42 1 0.13 3.0130 ...
... 02/研究方法 本文没有高深的实验技术，也没有复杂的分析方法，只是对选取的样本进行了iTRAQ蛋白质组学检测，并进行了相应的生物信息学分析。 03/研究结果之蛋白质鉴定及差异分析 作者通过iTRAQ分析，共鉴定出6285个蛋白...