找到约 15 条结果

文章 make Cladogram with microbiomemarker

...上代码： if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) { install.packages("BiocManager") } ​ BiocManager::install("microbiomeMarker") ​ library(microbiomeMarker) library(ggplot2) ​ #方便起见，直接使用该包自带的数据，构建一个phyloseq格式的数据 ​ data...

问题 Linux中FOR循环做BWA比对报错[main_samview] fail to read the header from "-".

按照重测序课程中的命令 for i in CB2 CB3; do echo  "RUN CMD: bwa mem  Prunus_dulcis.T2T.assembly.fa ${i}_1.fq.gz \ ${i}_2.fq.gz -t 10 -M \ -R '@RG\tID:${i}\tLB:${i}\tPL:ILLUMINA\tSM:${i}' \ |samtools view -bS -h - > ${i}.bam" nohup bwa mem  Prunus_dulcis.T2T.assembly.fa ${i}_...

问题 win10专业版是已激活的正版（见图1）却没有hyper-v选项（见图2），使用代码（见如下文本）进行重新安装也显示找不到文件（见图3）

pushd "%~dp0"dir /b %SystemRoot%\servicing\Packages\*Hyper-V*.mum >hyper-v.txtfor /f %%i in ('findstr /i . hyper-v.txt 2^>nul') do dism /online /norestart /add-package:"%SystemRoot%\servicing\Packages\%%i"del hyper-v.txtDism /online /enable-feature /featurename:Microsoft-Hyper-V-All /LimitAc...

问题 R脚本画相关性散点图时报错

使用课程中的R语言脚本画图时，提示报错如下 Error in `[.data.frame`(metadata, , opt$cor_name) : 选择了未定义的列 Calls: print ... scales_add_defaults -> lapply -> FUN -> [ -> [.data.frame 我的数据为两列污染数据，类似： 已转为tsv格式 源...

问题 根据课程基因组重测序的脚本，进行片段inner size，片段选择是否异常和测序深度与覆盖度统计均未能生成pdf文件，直接弹出如下对话框和如下命令

 Exception in thread "main" java.awt.AWTError: Can't connect to X11 window server using 'localhost:12.0' as the value of the DISPLAY variable.

问题 CombineGVCFs报错：htsjdk.samtools.SAMFormatException: Did not inflate expected amount

...染色体）。 我的GATK版本是4.3.0.0，运行脚本如下 gatk CombineGVCFs --java-options "-Xms100g -Xmx100g -XX:ParallelGCThreads=4" --use-jdk-inflater true --use-jdk-deflater true --reference /path/to/part.fasta $(for i in {001..300}; do echo "--variant /path/to/part_gvcf/${i}.g.vcf.gz " ;...

文章 不同物种基因组之间的比对与可视化

...对于大规模基因组比对，一些优化的算法如Bowtie、BWA、minimap2等更为常用。 3.比对执行： 使用选择的比对算法将两个或多个基因组的序列进行比对。这通常涉及将一个基因组的序列（查询序列）与另一个基因组的序列（参考序...

文章 IF=13.8 | 青藏高原人群肠道微生物生物标志物的荟萃分析及微生物群衍生的丁酸盐在高海拔适应中的功能

... identifying gut microbial biomarkers of Qinghai-Tibet Plateau populations and the functionality of microbiota-derived butyrate in high-altitude adaptation”的文章，该文章找到了可能与高原适应相关的肠道微生物标志物，并揭示了丁酸在减轻高原环境造成的肠道...

文章 perl中的列表与数组

...this", "is","a", "string"); # 结果为"this is a string"@list = ("words","and");$string = join("::", @list, "colons"); #结果为"words::and::colons"@array = split(/::/,$string); # @array = ("words","and", "colons") now -------------------------------------------------------如果把标量认为...

文章 perl或者python代码：批量修改进化树中基因ID或者物种ID名字 nwk文件

...： import re,os tree="(chicken,((mouse,rat),(chimp,human)));" names=re.findall(r"[a-zA-Z0-9_]+",tree) f=open("newtree.nwk","w") for i in names: if not re.match(r'\d+$',i): tree=tree.replace(i,i+"#1") f.write(tree+"\n") f.close() perl实现替换： $tree="(chicken,((mous...

文章 vcf文件annovar的注释结果绘制瀑布图maftools分析

...38 -out  154 -remove -protocol \ refGene,cosmic70,nci60,esp6500siv2_all,clinvar_20210501,1000g2015aug_all,1000g2015aug_eas,1000g2015aug_sas,avsnp150,gwasCatalog,ljb26_all,cytoBand,dgvMerged,phastConsElements100way,genomicSuperDups -operation g,f,f,f,f,f,f,f,f,f,f,r,r,r,r -nastring . -vcfinput 2....

问题 clustalw2多序列比对，序列输入不进去

在linux系统下,我输入clustalw2命令, 返回以下提示:********************************************************************** CLUSTAL 2.1 Multiple Sequence Alignments  **********************************************************************     1. Sequence Input From Disc     2. Mu...

文章 immunedeconv 包安装错误： download from 'https://api.github.com/repos/icbi-lab/immunedeconv/tarball/HEAD' failed

remotes::install_github("icbi-lab/immunedeconv")Downloading GitHub repo icbi-lab/immunedeconv@HEADError in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet,  :  download from 'https://api.github.com/repos/icbi-lab/immunedeconv/tarball/HEAD' failed 可以用Rstudio安装包： ...

文章 BaiduPCS-Go 报错 | 上传文件失败, 分片上传—合并分片文件: 遇到错误, 远端服务器返回错误, 代码: 31352, 消息: commit superfile2 failed

...使用BaiduPCS-Go上传文件时报错： [1] ↑ 1.03GB/1.03GB 1.81MB/s in 39s ............[1] 上传文件失败, 分片上传—合并分片文件: 遇到错误, 远端服务器返回错误, 代码: 31352, 消息: commit superfile2 failed, 重试 1/3 [1] 准备上传: /share/nas1/bam [1] 上传...

问题 单细胞高级分析代码的报错求助

...lltype.tsv -p suture.added.celltype -n mycelltype > obj=readRDS("~/single-cell/1_suture_stem_cell_analysis/04.cell_type_ann/suture.added.celltype.rds") > DefaultAssay(obj) [1] "RNA" > marker <- c("Mmp9","Cd68","Pclaf","Smc2","Cd79a","Cd79b","Nt5e","Cd44", + "Cdk6","Runx2...