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问题 使用悟空云平台进行代谢组数据矫正时报错

其余五种归一化方式均正常，只有QC-RLSC报错显示error in evaluating the argument X in selecting a method for function "t: NA NaNI nf in foreign function call (arg 5)

问题 mcscanx计算kaks问题

...kaks报错如下： manager@bl8vbox[downstream_analyses] sudo perl add_ka_and_ks_to_collinearity.pl -i /home/manager/Desktop/share/mcscanx_kaks_shili/at.collinearity -d /home/manager/Desktop/share/mcscanx_kaks_shili/at.cds -o at.collinearity.kaks [sudo] password for manager:  rm: cannot remove ...

文章 MISA(在线)注释叶绿体基因组SSR

...次我选用misa格式文件，其格式如下所示 ID SSR nr. SSR type SSR size start end Sd 1 p1 (A)11 11 1549 1559 Sd 2 p5 (ATTTA)3 15 4323 4337 Sd 3 p1 (A)10 10 6020 6029 每一列 基因组...

文章 密度图--ggplot2

...c("sample1","sample2"),len=4)dat = data.frame(A,B,C,D,E)names(dat)[1] = c("type")names(dat)[2:5]=Fdat = melt(dat,variable.name="Sample",value.name = "Num")head(dat) 密度图 P_density=ggplot(dat,aes(x=Num))+ geom_density(aes(fill=as.character(dat$Sample),color=as.character(dat$Sample)),alpha = 0.5...

问题 gatk4 HaplotypeCaller报错

...R has occurred: Bad input: We encountered a non-standard non-IUPAC base in the provided input sequence: '13' 请问这个怎么解决呢？

问题 基因家族数据准备运行错误

...1: No ID attribute found  ************** Too much WARNING message we skip the next **************

文章 QIIME1格式转换

...IIME1镜像） biom convert -i mat.txt -o otu_table.from_txt.biom --table-type="OTU table" --process-obs-metadata taxonomy --to-hdf5 3.在运用QIIME1脚本进行分类： 不同水平下相对丰度文件： summarize_taxa.py -i otu_table.from_txt.biom -o taxa_summary/relative_abundance --lev...

文章 比较基因组单拷贝直系同源基因构建进化树基因数量

文献1 ： 20 个 Hu, G., Feng, J., Xiang, X. et al. Two divergent haplotypes from a highly heterozygous lychee genome suggest independent domestication events for early and late-maturing cultivars. Nat Genet 54, 73–83 (2022). https://doi.org/10.1038/s41588-021-00971-3

文章 ls常用参数及ls只列出部分目录或文件

...: ls -al | grep "^d" 命令2: ls -F | grep "/$" -F 文件类型（File type）：-F可以在每一个列举项目之后添加一个符号，例如：/ 表明是一个目录；@ 表明是到其它文件的符号链接；* 表明是一个可执行文件 2.只显示文件 ls -al | grep "^-" ...

问题 你好老师有关网络图绘制的问题

...制OTU与环境因子网络图时，1是用MENA平台分析时在Construct the network模块分析时导入环境因子按照顺序一步步操作会出现一个窗口please upload your file with node annotation here.请问这是上传哪个文档啊，后面怎么操作呢(因为网上看到的博...

文章 TCGA数据库介绍

...腺癌CHOLcholangiocarcinoma胆管癌CESCcervical squamous cell carcinoma and  endocervical adenocarcinoma宫颈鳞癌与宫颈腺癌LUADlung adenocarcinoma肺腺癌LIHCliver hepatocellular carcinoma肝细胞癌ACCadrenocortical carcinoma肾上腺皮质癌只有01样本KICHkidney chromophobe肾嫌...

文章 环境因子分析

...(palette_1) # 色板反向 #绘图 corrplot(env_corr, method = "square", type = "lower", order="AOE",          col = palette_2, tl.pos = "tp", tl.col = "blue", cl.pos = "r",          title = "env corr", mar = c(2,4,4,1)) corrplot(env_corr, method = "number", type = "upper",order="AOE"...

文章 GEO数据库挖掘—WGCNA鉴定骨肉瘤转移相关基因

...12个基因，对该17个样本可以进行准确的分类（accuracy rate of 94.4%，见下图），GSE21257、 GSE32981、GSE14827数据进行验证，GSE14827准确率96.3%，GSE32981准确率95.7%，GSE21257准确率92.3%。 结论 基于筛选分析以及对筛选基因的功能注释结果...

文章 单细胞RNA速率（RNA velocity）分析结果解读

...参考文献 La Manno, G., Soldatov, R., Zeisel, A. et al. RNA velocity of single cells. Nature 560, 494–498 (2018). https://doi.org/10.1038/s41586-018-0414-6 Bergen, V., Lange, M., Peidli, S. et al. Generalizing RNA velocity to transient cell states through dynamical modeling. Nat Biotechnol...

问题 在做GWAS关联分析，利用gapit软件报错

Error in file(filename, "r", encoding = encoding) :    cannot open the connection Calls: source -> file In addition: Warning message: In file(filename, "r", encoding = encoding) :   cannot open file '/biosoft/GAPIT3.0/gapit_functions.txt': No such file or directory Execution halted