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问题 老师，请问您们一下，我有使用McScan的经验，但是McScanX的是由方法有些地方不是很懂？

$$ blastall -i query_file -d database –p blastp –e 1e-10 –b 5 –v 5 –m 8 –o xyz.blast 是什么意思呢？

文章 perl处理文件路径

...用perl的模块来解决则更加迅速、准确。 用到的模块  File::Basename  这里有三种方法：fileparse、basename、dirname。 其用法如下：          ($name,$path,$suffix) = fileparse($fullname,@suffixlist);          $basename = basename($fullname,@suffix...

问题 群体遗传学GWAS课程docker很多命令无法运行

... Number of subPop samples[found in VCF] is 0 sub Group Population szie is too small, SubGroup sample size: 0 ##begin pair-wise R^2 cal. after filter Remain SNP Number :     0 #% number bin is        1 1%......-->100%.......          ALL done Used [perl  ../bin/Plot_XX.pl ] to Pl...

文章 真菌比较基因组组装，三代真菌基因组组装

...Gene predictions and functional annotation For P. noxius, the gene predictor Augustus (ver3.2.1; Stanke, Tzvetkova, & Morgenstern, 2006) was trained on a gene training set of complete core genes from CEGMA (ver2.5; Parra, Bradnam, & Korf, 2007) and subsequently used for manual curation of ...

问题 index.sh构建索引时，其他文件都正常，但是这个unknown_refGeneMrna.fa文件是空的

WARNING: Cannot identify sequence for PH02Gene38415.t1 (starting from hic_scaffold_16:44053792) NOTICE: Finished writting FASTA for 0 genomic regions to unknown_refGeneMrna.fa

文章 TCGA数据库中癌症最新缩写中英文对照表获取方法 Project号 与癌种之间对应关系

...腺癌 TCGA-ESCA Esophageal carcinoma  食道癌 TCGA-GBM Glioblastoma multiforme 胶质母细胞瘤 TCGA-HNSC Head and Neck squamous cell carcinoma 头颈部鳞状细胞癌 TCGA-KICH Kidney Chromophobe 肾染色体 TCGA-KIRC Kidney renal clear cell carcinoma 肾脏肾透...

文章 SCI期刊选择困难症有治了！推荐一款选刊神器！速领！

...后，点击下方Find journals开始筛选期刊，结果如下图，Edit your search下还可以继续修改筛选参数；再下方是筛选出的期刊列表，信息也很直观。 点击具体期刊可以进一步查看该期刊信息，如下图，展示信息很是丰富，像引用指数...

问题 16s分析导入数据遇到同样的问题，请问您解决了吗?

...2022.8/data_2/manifest.ckd.txt is not a(n) PairedEndFastqManifestPhred33V2 file:   Filepath on line 3 and column "forward-absolute-filepath" could not be found ($datadir/AWGB16SAA2134120-38-28_R1.fq.gz) for sample "AWGB16SAA2134132-38-28".

问题 conet构建网络图参数设置

...lt;0.01) detected with both methods (Pearson and Spearman) were included into network analyses to minimize false-positive correlations. ”结果部分提高“A Procrustes analysis based on bacterial OTUs and ARG abundancesshowed that ARGs significantly correlated with the bacterial community comp...

问题 在进行二代测序数据的nt比对时出现了以下报错请问应该怎么解决

Warning: [blastn] Examining 5 or more matches is recommended BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database [/home/yuanqing/shili/dir/nt] in search path [/home/yuanqing/shili/jia::]

文章 【Linux】查看文件中的某几行（中间几行）

...令 # 从第300行开始，显示100行（即显示300~399行） cat filename | tail -n +300 | head -n 100# 显示100行到300行                                                         cat filename| head -n 300 | tail -n ...

文章 计算Kaks时批量提取多对基因的序列

...Float;use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;$in = Bio::SeqIO->new(        -file   => "$ARGV[1]",        -format => 'Fasta');my %gene;while ( my $seq = $in->next_seq() ) {        my ( $id, $sequence, $desc ) = ( $seq->id, $seq->seq, $seq->desc );        $gene{...

问题 Mac中RStudio安装XLConnectJars包出错

...ace()里算'rJava'时.onLoad失败了，详细内容：  调用: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)  错误: 无法载入共享目标对象‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/rJava/libs/rJava.so’：:  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resource...

问题 当保留蛋白编码序列时，为什么会提示有这个报错？检查发现'!'应该是没有输入错误的

原命令：agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl --gff $gff --attribute biotype --value protein_coding -t '!' -o $species.protein_coding.gff3 报错：The test to apply is Wrong: !. We want something among this list: <,>,<=,>=,! or =.

文章 linux查看文件夹大小

...看当前目录和子目录文件夹/文件大小情况 du [OPTION]… [FILE]…-c, --total 累计大小 -d, --max-depth=N 决定统计每个目录的深度 -B, --block-size=SIZE 决定显示文件大小的单位;比如 ‘-BM’，就是MB，'-BK’就是KB -h, --human-readable 以高可读方...