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问题 老师，您好，我按照课程执行重测序里面的变异结果统计与绘图，其中indel可以正常执行，但是snp运算没有结果，请问老师是什么原因呢？

...我按照课程执行重测序里面的变异结果统计与绘图，其中indel可以正常执行，但是snp在运行perl $scriptdir/vcf_start.pl -vcf snp.unknown_multianno.vcf -type snp时总是出错，显示Use of uninitialzed value in division (/) at /work/scripts/vcf_stat.pl line 313.还有Il...

文章 linux下Circos安装

... tar xvfz circos-0.67-pre4.tgz 然后进去circos-0.67-pre4目录下的bin目录 cd  circos-0.67-pre4/bin 检查所需模块： ./circos -modulesok       1.26 Carpok       0.40 Cloneok       2.63 Config::Generalok       3.40 Cwdok      2.145 Data::Dumperok       2.55 Digest::...

文章 ggplot中用字符窜传递变量名称列名等

...erflow.com/questions/22309285/how-to-use-a-variable-to-specify-column-name-in-ggplot 用get  或者 !! 方法 方法： ggplot( rates.by.groups, aes(x=name, y=rate, colour= get(column), group=get(column) ) ) ggplot( rates.by.groups, aes(x=name, y=rate,...

问题 docker pull下载镜像出现：error pulling image configuration: received unexpected HTTP status: 500 Internal Server Error

... [root@VM_0_16_centos ~]# docker pull docker.io/omicsclass/gene-familyUsing default tag: latestTrying to pull repository docker.io/omicsclass/gene-family ...latest: Pulling from docker.io/omicsclass/gene-familyab5ef0e58194: Already exists3afe06e85076: Already existsc1efb2f31722: Already exists06e3b...

文章 ICGC数据库的数据下载

...GC数据库（https://daco.icgc.org/），即国际癌症基因组联盟（International Cancer Genome Consortium），数据库中收集了50种不同癌症类型或不同亚型的肿瘤数据，其中包括基因表达数据，体细胞突变数据（单核苷酸突变和拷贝数变异），以...

问题 老师，您好，找不到临床数据该如何解决？

.../Volumes/HUBGENE/TCGA/methylation/lab/GDC/TCGA_OV_methylation.txt" > clin_file <- "/Volumes/HUBGENE/TCGA/methylation/lab/Clinical/GDC/TCGA_OV_clinical.txt" > work_dir <- "/Volumes/HUBGENE/TCGA/methylation/lab" > p_cutoff <- 0.05 > top_n_select <- 50 > # 工作目录...

文章 二倍体杂合基因组组装策略

...n approach for removing secondary haplotigs during diploid genome assembly and scaffolding | BMC Bioinformatics | Full Text (biomedcentral.com) De novo assembly of haplotype-resolved genomes with trio binning | Nature Biotechnology

问题 cc1plus: error: unrecognized command line option "-std=gnu++11"

...rce* package ‘later’ ... ** package ‘later’ successfully unpacked and MD5 sums checked ** using staged installation Running configure script -latomic linker flag not needed. ** libs g++ -std=gnu++11 -I"/share/work/biosoft/R/R-v3.6.1/lib64/R/include" -DNDEBUG -pthread -DSTRICT_R_HEADERS...

问题 老师您好，我是刚接触生物网络分析的小白，在我做otu table 共存网络分析时出现下面这种情况：

...码： Abu=read.table('family_nor.out',header=T)Abu<-as.matrix(Abu)#Min support filtering for each taxaAbu[Abu<0.01]<-0#Filter taxa by abundance sumAbu<-Abu[which(rowSums(Abu)>10),]#Filter taxa by Occupancytable<-Abutable[table>0]<-1table1<-Abu[which(rowSums(table)>=10...

问题 R语言，KNN补值函数impute.knn函数

...drop(rep(1, p) %*% is.na(x))  #matrix multiplication   #count NA number in each sample   if (any(col.nas > colmax * p)) {        stop(paste("a column has more than", format(round(colmax * 100)), "% missing values!"))   }   x <- knnimp(x, k, maxmiss = rowmax, maxp = maxp)   #???...

文章 cnv_dumbbell_plot.r 绘制哑铃图ggplot2包

...e/1572 optional arguments: -h, --help show this help message and exit -c CNV_DATA, --cnv_data CNV_DATA input cnv data file path[required] -g GENE_SYMBOL, --gene_symbol GENE_SYMBOL Enter the file path that contains the gene ...

文章 用AI写代码批量整理GEO数据库中的单细胞数据

...s://www.doubao.com/thread/w19bbe94b644bac3d 给我的命令： #!/bin/bash# 遍历当前目录下所有以 GSM 开头的文件for file in GSM*; do # 提取 _ 到最后一个数字的内容 identifier=$(echo "$file" | sed 's/.*_\([^_]*[0-9]\).*/\1/') if [ -n "$identifier" ]; then ...

问题 genome-annotation的docker转singularity的容器后，rmblast使用报错。

...ocker里面能正常使用。但由于是在HPC服务器上跑，只支持singularity，因此将docker容器转化为singularity的沙盘后运行。发现多个涉及repeatmasker的脚本不能正常运行，原因是repeatmasker没有配置rmblast。于是手动cofigure，提示错误。原因是...

问题 动植物基因组组装课程，结构注释部分，运行braker.pl出错

... braker.pl --species=$species \    --genome=$contig \    --softmasking \    --bam=rnaseq.bam \    --cores=$threads \    --useexisting   \    --gff3 --skip_fixing_broken_genes 系统提示： Failed  to create new species with new_species.pl, check write permissions in /shar...

文章 《Nature》发文描述几百万年间柑橘如何从喜马拉雅山到我们的餐桌

...”和口感好的新品种。 参考文献：《Genomics of the origin and evolution of Citrus》 Nature原文地址：https://www.nature.com/articles/nature25447 授权转载自cnbeta.com