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文章 Python虚拟环境解决不兼容问题

...v？  安装Vitualenv 非常的简单，使用pip 安装即可： $ pip install virtualenv 3. 如何使用Virtualenv ？  # 创建虚拟环境 $ pwd /Users/zhangqiuxue # 查看一下当前的python $ which python /usr/bin/python # 创建工作目录，方便以后关联虚拟环境 $ mkdir...

问题 单细胞测序数据分析#相同细胞不同处理之间差异B细胞差异时报错

执行此代码：Rscript $scripts/seurat_FindMarkers.r --rds  $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \  -p FindMarkers.deg.B  --group.by   "stim"   --ident.1 "stim"  --ident.2 "ctrl"    --subset.ident "B" \  --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25  后报错：Error...

文章 perl中while循环+each函数遍历哈希易错点

...遇到一个比较奇怪的错误，程序大概是这样的： while(<IN>){my @line = split("\t",$_);my ($chr,$start,$end) = split(/[\:\-]/,$line[2]);while(my($key,$value) = each %region){my($a,$b,$c) = split(/[\:\-]/,$key);next if($a ne $chr);print "1\n" if($line[0] eq "BjuB010898");if(($st...

文章 R语言绘图-绘制漂亮的数学公式或者拉丁字母等在图当中

...： y <- function(x) log(x) + sqrt(x) + x^(1/3) plot(y, 1, 1000, main = expression(paste("This is a formula ",y == log(x) + sqrt(x) + sqrt(x, 3))),      lwd = 3,       col = "blue") 要想组合出自己想要的复杂公式，那么就得知道，公式表示方法和显示结果...

问题 老师您好，今天利用docker进行基因家族分析进入组学大讲堂虚拟机时报错，之前一直正常

C:\Program Files\Docker\Docker\resources\bin\docker.exe: error during connect: Post http://%2F%2F.%2Fpipe%2Fdocker_engine/v1.40/containers/create: open //./pipe/docker_engine: The system cannot find the file specified. In the default daemon configuration on Windows, the docker client must be run...

问题 在virtualbox中导入虚拟电脑的bio-linux的ova失败~老师

报错信息： 导入虚拟电脑 E:\Bio-Linux-2018-8-23.ova失败. Could not create the imported medium 'F:\bio-linux\Bio-Linux-2018-8-23-disk001.vmdk'. VMDK: cannot write allocated data block in 'F:\bio-linux\Bio-Linux-2018-8-23-disk001.vmdk' (VERR_DISK_FULL). 返回 代码:VBOX_E_FILE_ERROR ...

文章 Treemix 软件：群体基因交流分析的得力工具

...件的整理。 # 1.根据LD过滤，这一步会得到下面的ld.prune.inplink --vcf treemix.vcf.gz --indep-pairwise 50 10 0.2 --out ld --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:# --keep-allele-order## 根据ld.prune.in提取过滤后的位点，并且生成freq文件。## 此处还需要treemix....

文章 R语言逻辑运算符与算术运算符

...两个向量。示例代码：v <- c( 2,5.5,6); t <- c(8, 3, 4); print(v+t); 执行上面示例代码，得到以下结果 -[1] 10.0 8.5 10.0 减法(-)， 将一个向量减去另一个向量。示例代码：v <- c( 2,5.5,6); t <- c(8, 3, 4); print(v-t); 执行上面示例代码，得...

文章 绘制生存曲线图

...整合到 exprSet, 其格式如下： bcr_patient_barcode time status LINC01587 XXbac_B461K10.4 1 TCGA-2W-A8YY 148 0 3.981761 23.89057 2 TCGA-4J-AA1J 226 0 37.491171 19.63823 3 TCGA-BI-A0VR 1505 0 10.891560 3.63052 4 TCGA-BI-A0VS...

文章 libgomp.so.1: version `GOMP_4.5' not found 报错

...面报错： Error: package or namespace load failed for ‘ChIPseeker’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...): unable to load shared object '/share/work/biosoft/R/R-v4.2.0/lib64/R/library/data.table/libs/data_table.so':  /share/work/biosoft/lib/libgomp.so.1: version `GOMP_4.5' not found (re...

文章 进化树中如何添加分组圆环

...的格式： DATASET_COLORSTRIP#lines starting with a hash are comments and ignored during parsingSEPARATOR TABDATASET_LABEL color_strip2STRIP_WIDTH 25MARGIN 0BORDER_WIDTH 1BORDER_COLOR #000SHOW_INTERNAL 0DATA160232    #efff2213773    #efff2256636    #efff22111955    #efff222...

文章 topGO分析结果说明

...原因，是体现使用的KS检验方法。 Annotated : number of genes in go.db which are annotated with the GO-term.Significant : number of genes belonging to your input which are annotated with the GO-term.Expected : show an estimate of the number of genes a node of size Annotated would have if...

文章 pfam上不去 打开后搜索没有反应

...d browser, this site will not function correctly. Please enable javascript and reload the page, or switch to a different browser. 我们看到网页上提示JavaScript有问题，因此在网上一顿搜索解决办法，该打开的都打开的了，换各种浏览器试一下，但是最后还...

文章 叶绿体基因做跨物种系统发育分析

...Z, Xu S, et al. Transcriptome analyses provide insights into the phylogeny and adaptive evolution of the mangrove fern genus Acrostichum[J]. Scientific reports, 2016, 6: 35634.

文章 删除向量中指定的元素（借助向量中元素索引）

...素，可以用循环来完成 > C=A> a=c("a","b","g")> for(i in a){C=C[-which(C==i)]}> C[1] "c" "e" "d" "d" "f" "e"