问题 老师您好，我在做泛基因家族分析中存在缺失分析得到的基因家族泛基因编号文件和泛基因列表一样，不知道为什么

老师您好，我在做泛基因家族分析中存在缺失分析，下面是基因家族列表这是通过泛基因集构建得到的泛基因列表， 下面是整理格式后的结果 下一步是获得该家族基因的泛基因编号，grep -f foxtail_millet.GRASgene.list foxtail_millet.pa...

问题 泛基因家族分析-SV和表达量

老师你好，有个问题我一直不理解。 #删除一些不需要的基因的表达量（B73的一些基因在其他物种中不存在同源基因） perl $scriptsdir/grep_famgene_fpkm.pl WRKY_gene_fpkm.xls ../03.PAV/PAV_gene.list WRKY_gene_fpkm.filter.xls ${ref} 以上这个命令。 1....

文章 Evolview绘制进化树时添加热图

...一下：1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结...

问题 请教老师，Gemma分析时的报错问题？

[root@iZ2e]# ./gemma-0.98.5-linux-static-AMD64 -bfile c -k output/result1.sXX.txt -lmm 1 -p p.txt -c c.txt GEMMA 0.98.5 (2021-08-25) by Xiang Zhou, Pjotr Prins and team (C) 2012-2021 ERROR: Enforce failed for file_kin output/result1.sXX.txt: open file in src/param.cpp at line 934 in CheckParam

文章 基于perl 提取基因家族内的串联重复基因对

基于MCScanX串联重复分析结果中的tandem文件，提取属于特定基因家族内的串联重复基因对。 脚本文件名   get_tandem_gene.pl ，运行命令为： perl get_tandem_gene.pl  -id hqs.id  -tandem ganlan.tandem  -name hqs -od ./  命令解释： get...

问题 在基因家族分析的第四节课中，我得到的比对序列数量和视频讲解中的数量不一样

问题 在ncbi里转录组分析里的名称和Ensembl里检索的名称对应不上怎么办

问题 MCScanX分析时 transcript_id与基因组蛋白序列ID不一致，不能获得对应的.pep文件

基因组.protein.faa文件 新准备的转录组ID.gff文件 提取对应的序列蛋白失败 transcript_id与基因组蛋白序列ID不一致

文章 25天破解“粮食杀手”草地贪夜蛾基因组

...强力的解毒能力和农药抗性有关。 通过更进一步的群体分析预测我国境内的草地贪夜蛾可能是从非洲入侵（注：这里原文说是invaded from Africa，但新华每日电讯的稿件说是从美国飞入）。这些族群信息、基因组特性、入侵预测都...

文章 关于CodeML分析中四种常见模型假设

...同义替换和非同义替换速率以及检测序列是否经受正选择分析中受到广泛应用。对于一棵系统发育进化树，在考虑其不同序列间（site）和不同支系间（branch）的ω值不相同，主要分为四种模型假设。 1. 枝模型（Branch model）：假...

问题 单倍型报错

...te.hap(hapSummary, file = "hapSummary.txt")##### 2.单倍型结果可视化分析# 以表格形式展示各单倍型的基因型pdf("HapTable.pdf",width=8,height=6)plotHapTable(hapSummary,             # 单倍型结果             hapPrefix = hapPrefix,  # 单倍型名称前...

问题 老师您好，在做GWAS分析的时候，性状数据不是连续的数字，是0，1这种，这样的数据也可以按照上课讲的流程分析吗？性状数据没有多年数据，在后续的分析步骤中，不定义tassel_trait这个变量可以吗？

文章 串联重复基因 tandem和segmental的区别与联系

...程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学...

文章 GEO、TCGA多数据库联合挖掘胰腺导管腺癌预后关键基因

...目前主要致死的癌症之一。如何结合多个公开数据库数据分析和挖掘此类癌症临床诊断和预后的关键基因呢？这里就给大家介绍一篇文献：基于共表达分析鉴定胰腺导管腺癌进展与预后的10个关键基因。 数据来源基于GEO数据库...

问题 老师，麻烦您帮我看一下我在做共线性分析时用到vlookup, 方法跟您的一样，就是筛不出来

共线性分析vlookup.docx