...-1 reads1.fq -2reads2.fq -S out.sam比对的sam结果中添加了read group信息bowtie2 -p 8 --rg-id sample01 --rg"PL:ILLUMINA" --rg "SM:sample01" -x index -1 reads1.fq -2reads2.fq -S out.sam常用的参数进行比对，可以更改其中的参数获得更好的结果bowtie2 -q --phred33 --sensiti...
...RNA的表达量时，需要知道lncRNA的编号和对应的名称。这些信息可以从GTF文件中提取。提取的话，可以采用如下的代码实现。 #!/usr/bin/perl -w use strict; my $biotype_file = shift @ARGV; my $gtf = shift @ARGV; my $biotype = shift @ARGV; my %biotype_list; ...
...图技能，我们推荐：R语言绘图基础（ggplot2) 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不...
不然没有办法进行深入的分析啊。我要利用以前发表文献的相关信息来写文章。请问咋解决？只能通过下载和已经发表文献推荐的网址来下载基因组数据吗？
...n g,f,f,f,f,f,f,f,f,f,f,r,r,r,r -nastring . -vcfinput 2. 提取必要的信息 for i in *.hg38_multianno.txt do sample=`echo $i|awk -F '.' '{print $2}'` cut -f '1-10' $i|sed '1d'|sed "s/$/\t${sample}/">>all_sample.txt done sed -i '1s/^/Chr\tStart\tEnd\tRef\tAlt\tFu...
...dynamic programming algorithm确认是否是环状RNA，最后加入注释信息，输出结果。 它的优点在于：1、采用了sam格式中的CIGAR值进行分析，从sam文件中扫描PCC信号。2、对于单外显子成环，或者“长外显子1-短外显子-长外显子2”形成的环...
...ss，运行失败就会显示Error，点击Error还会显示具体的错误信息，根据错误指示修改以便后续的分析。 以上就是GSEA分析的具体操作流程，快来get新技能吧！
报错信息提示在运行R时缺失libpcre2-8.so.0这个共享库文件，libpcre2-8.so.0是PCRE（Perl Compatible Regular Expressions）库的一个版本，通常用于支持正则表达式。 解决方法： 1.安装或更新PCRE库。根据你使用的Linux发行版，可以使用相应的...
...ash目录下的 config.yaml里面放着clash的借口,控制参数，链接信息等ip数据库Country.mmdb启动程序后会自动下载,或者在您当前clash目录下 1.下载客户端 执行 cd && mkdir clash 在用户目录下创建 clash 文件夹。 下载适合的 Clash 二...
...Hub搜索物种的拉丁文名称，即可查看是否存在物种的注释信息，以水稻为例, ： require(AnnotationHub) hub <- AnnotationHub() query(hub, "Oryza_sativa") AnnotationHub with 2 records # snapshotDate(): 2017-10-27 # $dataprovider: Inparanoid8, ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/g...
...eria --o-filtered-sequences ref-seqs-Bacteria.qza 仅保留细菌的注释信息命令： qiime rescript filter-taxa --i-taxonomy 99_otu_taxonomy.qza --m-ids-to-keep-file ref-seqs-Bacteria.qza --o-filtered-taxonomy ref-seqs-Bacteria-tax.qza 训练分类器命令： qiime feature-classifier f...
...名称来提取特定的序列，也支持从bed中提取序列。 位置信息文件 ( gene.bed )seqtk subseq data/genome.fa data/gene.bed > out.fa 序列名称（ list：ID列表 ， -l可设定输出的每行长度）seqtk subseq -l 80 data/gene.fa data/list > out.fa 使用 seqtk tri...
...t def fetch_summary_batch(article_ids): """获取一个批次的摘要信息""" try: handle = Entrez.esummary(db="pubmed", id=",".join(article_ids), retmode="xml") summaries = Entrez.read(handle) time.sleep(0.5) # 控制请求频率 return summaries exce...
...都是正常运行： #修改seurat对象的Idents，并添加细胞类型信息到metadata中，并增加mycelltype列 Rscript $scripts/seurat_add_celltype.r -i ../03.seurat_cluster/suture.rds \ -c celltype.tsv -p suture.added.celltype -n mycelltype > obj=readRDS("~/single-cell/1_suture_...
... #MM 报错看不太懂，应该是跟文件有关系，具体输出报错信息的脚本可查看https://github.com/rajewsky-lab/mirdeep2/blob/master/src/miRDeep2_core_algorithm.pl 所以我尝试运行miRDeep2.pl脚本中的命令行，从后往前依次运行找出问题所在。最后发现在...