找到约 15 条结果

文章 转录本组装软件StringTie的使用说明

转录组分析流程 HISTA + StringTie 组合。其Protocol 发表在Nature Protocol 上“Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown”  其中StringTie 在组装转录本的完整度，精度和速度方面都较以往的cufflinks 有很大的...

问题 作共线性分析的时候，用水稻的bed文件，无法获得水稻的cds，是不是因为水稻的cds.fa文件内是os08t0254300-00，而不像拟南芥的at012358.1这样后缀不一样，所有无法过去它的cds

...入蛋白序列 $in = Bio::SeqIO->new( -file   => "$ARGV[1]", -format => 'Fasta' ); #输出蛋白序列： $out = Bio::SeqIO->new( -file   => ">$ARGV[2]", -format => 'Fasta' ); #读取需要提取基因ID my %keep = (); open IN, "$ARGV[0]" or die "$!"; while...

文章 用R做蛋白互作分析

...r(mar=c(2.1, 0.1, 4.1, 2.1)))) # 绘制前4个聚类图 par(mfrow=c(2,2)) for(i in seq(1:4)){ string_db$plot_network(clustersList[[i]]) } 最后来看看效果吧，是不是在很多文章中见过？，其实在PPI网络构建完之后，还可以对网络进行分析，分析一些子网络...

文章 毕业没那么容易！复旦大学清退12名研究生，其中9名是外籍留学生...

...国外学生毕业的一种标准和证明， 他们同样信奉Publish or perish——不发表，就死亡， 由此可见，国外的研究生发表文章也很重要，也关乎毕业生存大计。 所以说，歪果的留学生来到中国，因为学习年限届满仍未达到我们高校...

问题 我想问一下在进行WGD分析时，要算复制时间，基于物种进化速率的公式：The divergent time of the whole-genome triplication (WGT) event was calculated using the formula divergence dateKs / 2r.

...tions per site per year of synonymous nucleotide substitutions rate (r) for Fraxinus. 我想问一下计算白蜡的进化速率，为什么要选择咖啡，不是有更近的物种嘛，比如：油橄榄、芝麻，为什么不选择这些https://www.cell.com/plant-communications/fulltext/S259...

问题 老师，我想请问一下下面的这个文件里面的数据可以直接用吗？这是下载自对应植物基因组数据库的，就是一些基因在胁迫处理和各个组织器官中的表达量。其次我想问一下有什么方法可以知道这个文件来自那篇文献，这样我觉得有助于理解。

DM_RH_RNA-Seq_FPKM_expression_matrix_for_DM_v4.03_13dec2013_desc.txt.zip

文章 2019年转录组文章该怎么写？

2018已经成为过去，2019年的转录组文章到底该怎么写？难or易？ 这里小编给您带来一篇2019年1月21日发表在BMC Plant Biology（影响因子3.93，中科院分区二区）上的转录组测序文章。该篇文章样品不多，思路明了，分析简单，没有过...

文章 启动子序列提取-EPD真核生物启动子数据库！

...，直接给出了启动子序列信息页面，如下图，可在Sequence Retrieval Tool 下设置启动子序列提取范围，一般转录组起始点前1500-2000bp，设置好点击右侧的GET SEQL即可；还可以在Search Motif Tool项下预测TATA-box等顺式作用元件。 3. 下图是...

文章 R语言数据筛选整理包dplyr 分类汇总

...lter (subset) rows. WHERE group_by() Group the data GROUP BY summarise() Summarise (or aggregate) data - arrange() Sort the data ORDER BY join() Joining data frames (tables) JOIN mutate() Creating New Variables COLUMN ALIAS dplyr中主要方法的使用 filter系列...

文章 GEO在线分析工具--GEO2R进行基因差异表达分析

...在前，处理在后）。 选中样品之后，点击分组（control or tumour），例如案例中control选中了三个样品，tumour选中三个样品，具体见下图。 设定分组之后，点击Top250，可以依据网址的默认设置参数，进行差异分析，并显示分析...

文章 MCscan报错——kpsewhich命令缺失

...-packages/jcvi/graphics/dotplot.py", line 235, in dotplot    sepcolor=sepcolor, minfont=minfont, stdpf=stdpf)  File "/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/jcvi/graphics/dotplot.py", line 79, in plot_breaks_and_labels    th = TextHandler(fig)  File "/bio...

文章 微生物生态研究中常用数据库简介--转载

... 2. SILVA  简介：     SILVA一词起源于拉丁文silva（意为forest），它是一个包含三域微生物（细菌、古菌、真核）rRNA基因序列的综合数据库，其数据库涵盖了原核和真核微生物的小亚基rRNA基因序列（简称SSU，即16S和18SrRNA）和大...

问题 老师，为什么我得到的Fam_gene.list中大多都是独有的，特别是参考基因组，全部都没有同源基因，那么我接下来结构变异与基因结果和保守结构域分析时，无法比对，该怎么往下做呢?

...gene.list却没有？我按照老师的指令awk -F"\t" '{if($0!~/^Fam_N/){for(i=2;i<=113;i++){print $1"\t"$i}}}' PAV_gene.list |sed "s/;$//"|awk -F"\t" '{gsub(";","\n"$1"\t",$0);print}'|awk -F"\t" '{if($2!=""){print}}' > Fam_gene.list得到的这个表，请问是不是哪里需要修改呢...

文章 论文作者署名：导师和学生之间的一场大战

...们得到过本不配得到的作者身份。 贡献相当，拼运气or拼名气？ 围绕论文署名产生的千奇百怪的纠葛，中外比比皆是。 对于贡献相同的作者，并列一作是很常规的做法。 但是这种做法，并不太适用于学生和导师，并且，很...

问题 omicsclass/pan-genome:v1.1镜像OrthoFinder.py报错

... -A muscle \ -T fasttree \ -t 10 \ -a 2 报错如下：Best outgroup(s) for species tree---------------------------------2024-11-15 10:50:56 : Starting STRIDEERROR: Species tree inference failedlocal variable 'speciesTree' referenced before assignment File "/share/work/biosoft/OrthoFinder/OrthoF...