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问题 做有参转录组分析,在进行基因表达定量的时候,出现如下问题,请问老师这是什么原因呀

100000 GFF lines processed.200000 GFF lines processed.300000 GFF lines processed.400000 GFF lines processed.500000 GFF lines processed.Error occured when processing GFF file (line 546354 of file /bioData/run_data/lixp/work/GZ_yangtao2/2.alignment/stringtie/stringtie_merged.gtf):  Feature Yangtao200...

文章 perl中对数组字符串取交集,并集,差集包

我们有时候要对两个数据取一下交集和并集,union,intersect,diff等操作,虽然自己写脚本也能实现,但是已经有包了,为啥不用别人写好的包呢,这里介绍一个包就是解决这个问题的:Array::Utils  还发附带其他功能,很好用: ...

问题 老师您好,我想请问在进行kaks分析时clustalw比对出现下面的问题怎么解决啊?

...lignment now Slow/Accurate的时候就显示图片这种ERROR:No sequences in memory.Load sequences first,如果我要是直接用那个w.sh文件里的那个echo命令那个,我虚拟机里的命令行界面就一直在加载,不停,我后来就暂停掉了,虽然也出现了文件,但是...

文章 怎样画多物种基因家族共线性分析图?

...应个景,给大家带来一篇2023年初发表题为《Identifi cation and phylogenetic analysis of R2R3-MYB subfamily in Brassica napus》的文章,但本文今天重点给大家介绍这篇文章中作者是如何展示油菜R2R3-MYB基因家族的进化关系的,这也是文章中最有特...

文章 肠道微生物诊断慢性肾病-随机森林分析文献复现 IF=15分文章

...y : 0.8933 ## 95% CI : (0.8006, 0.9528)## No Information Rate : 0.64 ## P-Value [Acc > NIR] : 6.162e-07 ## ## Kappa : 0.7758 ## ## Mcn...

问题 您好,想请教一下 linux中 R语言安装magick的包装不上的问题

报错:Error: package or namespace load failed for ‘magick’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):  无法载入共享目标对象‘/usr/local/lib64/R/library/00LOCK-magick/00new/magick/libs/magick.so’::   /usr/local/lib64/R/library/00LOCK-magick/00new/magick/libs/magick.so: undef...

文章 shell脚本报错——value too great for base

使用linx shell编程时遇到进制问题的报错“value too great for base”: for a in {001..009}; do b=$(printf "%03d" $(($a+1))) if [[ -f "./$a.cds" ]] && [[ -f "./$b.cds" ]]; then echo "python3 -m jcvi.compara.catalog ortholog NH$a NH$b --cscore=.99 --no_strip_names" fi done ...

文章 IF=4.3|棉花GT64基因家族的泛基因组分析及对黄萎病的表达响应

...logy 杂志发表了一篇题为“Pan-genome analysis of GT64 gene family and expression response to Verticillium wilt in cotton”的泛基因家族文章。” 该文章对8种棉花中GT64基因进行全面鉴定和系统分析,并研究了基因对黄萎病的表达响应。 01 — 家族...

文章 TCGA的ENSEMBL编号转换成gene symbol

...NAME"), OrgDb="org.Hs.eg.db") 'select()' returned 1:1 mapping between keys and columns # 查看转换的结果 > gene_ids ENSEMBL SYMBOL GENENAME 1 ENSG00000000971 CFH complement factor H 2 ENSG00000001084 ...

问题 bam文件排序时出错

Runtime.totalMemory()=5838471168 To get help, see http://broadinstitute.github.io/picard/index.html#GettingHelp Exception in thread "main" htsjdk.samtools.util.RuntimeIOException: Problem writing temporary file file:///work/my_reseq/tmp/sortingcollection.2676215835069172723.tmp.  Try setting TMP_...

文章 IF=6.68| HCC肝癌单细胞数据挖掘实践

...现,有些亚类细胞只在肝癌细胞中出现(clusters 8, 13, 16, and 17),其Marker基因为:HCC markers (GPC3, CD24, and MDK)。进一步通过拟时序分析这4个亚类细胞(clusters 8, 13, 16, and 17),得到4个cluster,其中cluster 0是最初始细胞亚类,发现PGLS...

问题 有参转录组分析,合并样本count值文件报错。

...t):   File "/mnt/data/home/tycloud/RNAseq/scripts/merge_gene_count.py", line 12, in <module>     import pandas as pd ModuleNotFoundError: No module named 'pandas'

问题 构建泛基因列表,提取最长转录本这一步,运行几个小时之后没有结果是怎么回事?

...在构建泛基因集列表时,做提取最长转录本这一步,for i in `cat ID.txt`;do    $script/agat_sp_keep_longest_isoform.pl --gff $datadir/${i}.gff -o gff/${i}.longest_isoform.gff3 ; done     由于我的基因组较多,113个,所以先做了这一步。运行了好几个小时...

问题 老师们好,在生成gvcf文件合并vcf文件时,出现这种警告信息,请问是什么原因,如何处理啊?

...scaffold_1 position 9583478 (TileDB column 9583477) has too many genotypes in the combined VCF record : 1081 : current limit : 1024 (num_alleles, ploidy) = (46, 2). Fields, such as  PL, with length equal to the number of genotypes will NOT be added for this sample for this locatio

文章 绘制展示基因在样本中表达量与数量的柱状图

...e/1552 optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i exp_data, --exp_data exp_data input data file path[required] -l legend.position, --legend.position legend.position Sets the location of the ...