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文章 R语言-Cox比例风险模型

... 同样还是用到以下两个包： library("survival") library("survminer") 计算Cox模型主要用到的是coxph()函数，但需要先用Surv()函数产生一个生存对象；另外coxph()函数支持的方法有：exact，breslow以及exact，默认是exact 以lung数据集为例，看...

问题 执行fastqc $datadir/*.gz -o $workdir/1.fastqc报错

...据质控这一节时候，执行上述命令报错，报错为 Exception in thread "Thread-3" java.lang.OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded at java.lang.String.toCharArray(String.java:2899) at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.BasicStats.processSequence(BasicStats.java:123) at uk.ac.babrah...

问题 在RStudio中安装WGCNA包后调用WGCNA包提示错误

运行 install.packages("WGCNA") 后提示安装GO.db，IRanges，S4Vectors，Biobase，BiocGenerics，DBI，AnnotationDbi等一些列包，手动安装好这些包后 运行 library(WGCNA) 载入需要的程辑包：dynamicTreeCut 载入需要的程辑包：fastcluster 载入程辑包：‘f...

文章 遗传图绘制：

代码参考：https://cran.r-project.org/web/packages/LinkageMapView/vignettes/LinkageMapView.html library(LinkageMapView)#示例数据data(carrot)head(carrot)carrot=carrot[order(carrot$group),]outfile="genetic_map_ruler.pdf"lmv.linkage.plot(carrot,outfile,ruler = TRUE,lg.col = "lightblue1")ou...

问题 WGCNA中性状与模块相关性图总出现colorMatrix[, c] : incorrect number of dimensions错误

之前一切运行正常 Error in colorMatrix[, c] : incorrect number of dimensions 我就不知道哪里出问题了。求助 啊

问题 在用tassel对vcf进行sort时报的错，有哪位大佬知道怎么操作吗

...的错，有哪位大佬知道怎么操作吗 ERROR net.maizegenetics.plugindef.ThreadedPluginListener - Out of Memory: SortGenotypeFilePlugin could not complete task: Current Max Heap Size: 29809 Mb Use -Xmx option in start_tassel.pl or start_tassel.bat to increase heap size. Included with tassel ...

文章 R语言跑循环，如何跳过报错信息？

...数： for () {   err = try(想要执行的函数体)}#比如：for (i in 1:length(flies)) {   err = try(eQTpLot(GWAS.df = GWASdata, eQTL.df = eQTLdata , Genes.df = genedata, gene =max_r_gene,           gbuild = "hg19",  trait = phe, tissue = "all" , CollapseMethod = "min",LD.df = LDdata...

文章 2区SCI赏析—木麻黄中MYB基因家族鉴定及其在盐胁迫中的响应

...，IF=3.497）题为“Genome-wide analysis of MYB transcription factors and their responses to salt stress in Casuarina equisetifolia.”的基因家族分析文章，看看它是如何发到2区期刊的。 文章简介 MYB是植物中最大的转录因子家族之一，是一类能与真核基...

问题 你好，我是初次接触网络分析绘图，在R中运行以下代码总是报错

...[which(rowSums(table)>=1),]  Abu<-table.generalist总是出现Error in V<-(*tmp*, value = *vtmp*) : invalid indexing这种报错，我想可能是数据格式的问题，但是具体是什么问题也不知道，能麻烦不吝赐教吗，感谢

问题 群体遗传学GWAS课程docker很多命令无法运行

[root@4d714c8732b0  14:14:49 /work/my_gwas2/04.LDdecay]# PopLDdecay -InVCF  ../00.filter/all.varFilter.vcf.gz -SubPop popid.txt -MaxDist 500 -OutStat ld.stat the Number of subPop samples[found in VCF] is 0 sub Group Population szie is too small, SubGroup sample size: 0 ##begin pair-wise R^2 cal...

问题 重测问题

...再你们服务器上运行一些重测序命令的时候，例如，for i in $(cat $workdir/data/data.txt); do echo "RUN CMD: fastp --thread 50 --qualified_quality_phred 10 \    --unqualified_percent_limit 50 \    --n_base_limit 10 \    -i $datadir/${i}_1.fastq.gz \    -I $datadir/${i}_...

问题 运行go_enrich.r报错

...OG/go_enrich.r -l Private.gene.list -d eggnog/GO_orgdb/ -o Private.go WARNING: ignoring environment value of R_HOME --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/in...

文章 numpy从文件直接读入得到数组对象

...据读取与写出； 测试数据：https://archive.ics.uci.edu/ml/machine-learning-databases/iris/ import numpy as npimport osos.chdir("D://python_script//")a = np.loadtxt("iris.data", dtype = float64, delimiter=',', usecols = [0, 1, 2, 3])print(a)b = np.loadtxt("iris.data", dtype = "S", d...

问题 MCSCANX共线性图代码报错,看了其他提问和回答没能解决。

报错信息：Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException at family_circle_plotter.paint(family_circle_plotter.java:197) at family_circle_plotter.main(family_circle_plotter.java:334) 有看到相同的问题，于是检查了自己文件内容格式及路径 AT.gff  以及 AT...

文章 菠萝WRKY基因家族分析

...到基因家族分析当中的基因加倍和复制现象，也就是：tandem duplication和segmental duplication的区别与联系，关于这个问题的解答，我已经在我们组学大讲堂问答网站上进行了详细回答，感兴趣的可以到 www.omicsclass.com 网站上搜索关键...