问题 如何从重测序的原始数据中提取某个基因序列？

请问老师，手里有很多样本的重测序数据，想把某个基因的序列全部提取出来，是可以直接从比对文件中，按照染色体的位置提取？还是说可以根据基因ID进行提取呢？我知道vcf文件是不可以的，vcf文件里是SNP的信息。

问题 单细胞测序数据进行细胞通讯分析

进行猪样本的单细胞测序数据进行细胞通讯分析时，cellphonedb method statistical_analysis meta.tsv normalize.data.tsv \   --counts-data hgnc_symbol   --iterations=100 --threads=1，这个代码里面 --counts-data hgnc_symbol 中的"hgnc_symbol"需要修改吗？改为什么...

文章 饼图pie-ggplot2

...点是饼图的排布是按照aes(fill）的因子顺序确定的。譬如数据如下 > dat  type Num1    A  902    B  343    C  564    D  995    E  15 必须根据数据先确定mapping 中aes(fill)的因子顺序，譬如这里会按照dat$type 填充，...

话题 pacbio 三代全长转录组数据分析流程

文章 如何将ENSEMBL ID转换成Gene ID(ENTREZID)或者Symbol

...77201 127064 OR2T12 相关课程：TCGA-差异基因分析、GEO芯片数据挖掘、GEO芯片数据标准化、TCGA临床数据生存分析、TCGA-转录因子分析、TCGA-ceRNA调控网络分析 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家...

问题 R语言农艺性状表型数据与环境关联互作代码分析

您好，我想申请一下这里的涉及的表型示例数据？ 请问方便分享吗？ 我的邮箱：276398980@qq.com 感谢

问题 重测序数据可以用来做基因家族的共线性分析

我看在比较基因组或者基因家族鉴定中有这一部分的分析，请问老师，手头上只有重测序的数据，又想看看某个基因家族是否扩张和加倍的话，可以怎么入手呢? ?

问题 请问有没有二穗短柄草的表达量数据库？

请问有没有二穗短柄草的表达量数据库？

问题 对基因家族比对结果验证，不同数据库的反馈差异很多，求解惑

...到的所有序列都未得到有效验证，如下图： 但CDD和pfam数据库的验证显示，分析得到的序列结果基本都通过了验证 请问这样大的差异，结果是否还可用？为什么差别这么大呢？smart也用的是最新版数据库。

问题 无法下载TCGA数据，怎么弄

我实在是无法解决这个报错 老师能远程帮我下载一下吗，我就是根据课程的代码弄得，

文章 rainbow函数取色

...分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGC...

问题 请问个人怎么才能下载到TCGA的组学，临床和WSI影像数据？

请问个人怎么才能下载到所有的TCGA的组学，临床和WSI影像数据？

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE146771)

数据介绍： 来自谷歌翻译： 单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 是定义肿瘤细胞多样性的强大工具，但其在剖析免疫调节疗法潜在机制方面的应用很少。我们对结直肠癌患者的免疫和基质群体进行了 scRNA-seq 分析，确定了特定的巨噬细胞...

问题 老师，我现在肠道菌群送检的数据有两个批次，用的引物序列不一样，在去除引物的操作中是分为两组去除吗，还是在一起去除两次，去除后如何合并两组处理后的数据

问题 TCGA用R数据下载错误

老师能远程帮我下载一下吗，我就是根据课程的代码弄得，